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万見
- PDB-7dti: Solution structure of the complex between RNA polymerase subunit ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7dti
タイトルSolution structure of the complex between RNA polymerase subunit RPB6 and TFIIH p62 PH domain
要素
  • DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2
  • General transcription factor IIH subunit 1
キーワードNUCLEAR PROTEIN / RNA polymerase / general transcription factor
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA Polymerase III Chain Elongation / RNA Polymerase III Transcription Termination / Cytosolic sensors of pathogen-associated DNA / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 1 Promoter / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 3 Promoter / RNA Polymerase III Abortive And Retractive Initiation / transcription factor TFIIH core complex / transcription factor TFIIH holo complex / Abortive elongation of HIV-1 transcript in the absence of Tat ...RNA Polymerase III Chain Elongation / RNA Polymerase III Transcription Termination / Cytosolic sensors of pathogen-associated DNA / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 1 Promoter / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 3 Promoter / RNA Polymerase III Abortive And Retractive Initiation / transcription factor TFIIH core complex / transcription factor TFIIH holo complex / Abortive elongation of HIV-1 transcript in the absence of Tat / MicroRNA (miRNA) biogenesis / FGFR2 alternative splicing / nuclear thyroid hormone receptor binding / RNA Polymerase I Transcription Termination / Viral Messenger RNA Synthesis / Signaling by FGFR2 IIIa TM / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE during HIV infection / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / Formation of the Early Elongation Complex / Formation of the HIV-1 Early Elongation Complex / mRNA Capping / PIWI-interacting RNA (piRNA) biogenesis / HIV Transcription Initiation / RNA Polymerase II HIV Promoter Escape / Transcription of the HIV genome / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / mRNA Splicing - Minor Pathway / RNA Polymerase I Transcription Initiation / transcription by RNA polymerase I / Pausing and recovery of Tat-mediated HIV elongation / Tat-mediated HIV elongation arrest and recovery / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / HIV elongation arrest and recovery / Pausing and recovery of HIV elongation / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / Tat-mediated elongation of the HIV-1 transcript / tRNA transcription by RNA polymerase III / Formation of HIV-1 elongation complex containing HIV-1 Tat / RNA polymerase I complex / RNA polymerase III complex / Formation of HIV elongation complex in the absence of HIV Tat / RNA polymerase II, core complex / RNA Polymerase II Transcription Elongation / Formation of RNA Pol II elongation complex / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / Inhibition of DNA recombination at telomere / mRNA Splicing - Major Pathway / nucleotide-excision repair / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / RNA Polymerase I Promoter Escape / Transcriptional regulation by small RNAs / NoRC negatively regulates rRNA expression / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / Transcription-Coupled Nucleotide Excision Repair (TC-NER) / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / fibrillar center / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / Dual incision in TC-NER / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / Estrogen-dependent gene expression / transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
TFIIH p62 subunit, N-terminal / TFIIH subunit Tfb1/GTF2H1 / TFIIH p62 subunit, N-terminal domain / BSD domain / BSD domain superfamily / BSD domain / BSD domain profile. / domain in transcription factors and synapse-associated proteins / DNA-directed RNA polymerase, subunit RPB6 / Archaeal Rpo6/eukaryotic RPB6 RNA polymerase subunit ...TFIIH p62 subunit, N-terminal / TFIIH subunit Tfb1/GTF2H1 / TFIIH p62 subunit, N-terminal domain / BSD domain / BSD domain superfamily / BSD domain / BSD domain profile. / domain in transcription factors and synapse-associated proteins / DNA-directed RNA polymerase, subunit RPB6 / Archaeal Rpo6/eukaryotic RPB6 RNA polymerase subunit / DNA-directed RNA polymerase, 14-18kDa subunit, conserved site / RNA polymerases K / 14 to 18 Kd subunits signature. / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase, subunit omega/Rpo6/RPB6 / RNA polymerase Rpb6 / RPB6/omega subunit-like superfamily / PH-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
General transcription factor IIH subunit 1 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Okuda, M. / Nishimura, Y.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2022
タイトル: Three human RNA polymerases interact with TFIIH via a common RPB6 subunit.
著者: Okuda, M. / Suwa, T. / Suzuki, H. / Yamaguchi, Y. / Nishimura, Y.
履歴
登録2021年1月5日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年8月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2
B: General transcription factor IIH subunit 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,3622
ポリマ－27,3622
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: isothermal titration calorimetry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2 / RNA polymerases I / II / and III subunit ABC2 / DNA-directed RNA polymerase II subunit F / DNA- ...RNA polymerases I / II / and III subunit ABC2 / DNA-directed RNA polymerase II subunit F / DNA-directed RNA polymerases I / and III 14.4 kDa polypeptide / RPABC14.4 / RPB14.4 / RPB6 homolog / RPC15


分子量: 14773.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: POLR2F, POLRF / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P61218
#2: タンパク質 General transcription factor IIH subunit 1


分子量: 12588.593 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GTF2H1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2K6V299

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic22D 1H-15N HSQC
1143isotropic22D 1H-15N HSQC
122isotropic22D 1H-13C HSQC
1154isotropic22D 1H-13C HSQC
132isotropic22D 1H-13C HSQC aromatic
1164isotropic22D 1H-13C HSQC aroma
141isotropic13D CBCA(CO)NH
1173isotropic13D CBCA(CO)NH
151isotropic13D CBCANH
1183isotropic13D CBCANH
161isotropic13D HNCO
1193isotropic13D HNCO
171isotropic13D HN(CA)CO
1203isotropic13D HN(CA)CO
1101isotropic13D HNCA
1213isotropic13D HNCA
1111isotropic13D HN(CO)CA
1223isotropic13D HN(CO)CA
181isotropic13D HBHA(CO)NH
1233isotropic13D HBHA(CO)NH
191isotropic13D HBHANH
1243isotropic13D HBHANH
1121isotropic23D 1H-15N NOESY
1253isotropic23D 1H-15N NOESY
1132isotropic23D 1H-13C NOESY
1264isotropic23D 1H-13C NOESY

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution10.38 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] RPB6, 0.38 mM TFIIH p62, 90% H2O/10% D2O13C15N_RPB6-p62_H2O90% H2O/10% D2O
solution20.38 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] RPB6, 0.38 mM TFIIH p62, 100% D2O13C15N_RPB6-p62_D2O100% D2O
solution30.38 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] TFIIH p62, 0.38 mM RPB6, 90% H2O/10% D2O13C15N_p62-RPB6_H2O90% H2O/10% D2O
solution40.38 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] TFIIH p62, 0.38 mM RPB6, 100% D2O13C15N_p62-RPB6_D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.38 mMRPB6[U-100% 13C; U-100% 15N]1
0.38 mMTFIIH p62natural abundance1
0.38 mMRPB6[U-100% 13C; U-100% 15N]2
0.38 mMTFIIH p62natural abundance2
0.38 mMTFIIH p62[U-100% 13C; U-100% 15N]3
0.38 mMRPB6natural abundance3
0.38 mMTFIIH p62[U-100% 13C; U-100% 15N]4
0.38 mMRPB6natural abundance4
試料状態詳細: 20mM KPB, 5mM d-DTT, 25mM NaCl / イオン強度: 25 mM / Label: condition_1 / pH: 6.8 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCE III HDBrukerAVANCE III HD6001
Bruker AVANCE III HDBrukerAVANCE III HD9502

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解析

NMR software
名称開発者分類
NMRDrawDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
NMRViewJohnson, One Moon Scientificpeak picking
NMRViewJohnson, One Moon Scientificchemical shift assignment
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clorestructure calculation
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 5
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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