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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7dqj | ||||||
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タイトル | E. coli GyrB ATPase domain in complex with 3,4-Dihydroxyacetophenone | ||||||
![]() | DNA gyrase subunit B | ||||||
![]() | ISOMERASE | ||||||
機能・相同性 | ![]() DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) activity / DNA topoisomerase (ATP-hydrolysing) / DNA topological change / DNA-templated DNA replication / chromosome / DNA binding / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Yu, Y. / Zhou, H. | ||||||
資金援助 | 1件
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![]() | ![]() タイトル: Identification of new building blocks by fragment screening for discovering GyrB inhibitors. 著者: Yu, Y. / Guo, J. / Cai, Z. / Ju, Y. / Xu, J. / Gu, Q. / Zhou, H. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 88.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 64.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 940 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 940.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 15.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 21.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7dorC ![]() 7dprC ![]() 7dpsC ![]() 7dqfC ![]() 7dqhC ![]() 7dqiC ![]() 7dqlC ![]() 7dqmC ![]() 7dqsC ![]() 7dquC ![]() 7dqwC ![]() 5z9bS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 22648.422 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: A0A4S5B230, DNA topoisomerase (ATP-hydrolysing) #2: 化合物 | ChemComp-AX7 / | #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.18 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.1 M Tris-HCl pH 7.5, 2.20 M (NH4)2HPO4, 10 mM 2-aminobenzimidazole |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月5日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97853 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.92→56.35 Å / Num. obs: 33267 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.5 % / CC1/2: 0.98 / Net I/σ(I): 22.526 |
反射 シェル | 解像度: 1.92→1.99 Å / Num. unique obs: 3290 / CC1/2: 0.944 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 5Z9B 解像度: 1.92→56.35 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.922 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.181 / ESU R Free: 0.159 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 34.753 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.92→56.35 Å
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拘束条件 |
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