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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7dpd | ||||||
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タイトル | Human MCM9 N-terminal domain | ||||||
![]() | DNA helicase MCM9 | ||||||
![]() | DNA BINDING PROTEIN / Zinc Finger / DNA binding | ||||||
機能・相同性 | ![]() MutLbeta complex binding / MutSbeta complex binding / recombinational interstrand cross-link repair / MCM8-MCM9 complex / mismatch repair involved in maintenance of fidelity involved in DNA-dependent DNA replication / MutSalpha complex binding / female gamete generation / MCM complex / : / DNA helicase activity ...MutLbeta complex binding / MutSbeta complex binding / recombinational interstrand cross-link repair / MCM8-MCM9 complex / mismatch repair involved in maintenance of fidelity involved in DNA-dependent DNA replication / MutSalpha complex binding / female gamete generation / MCM complex / : / DNA helicase activity / protein localization to chromatin / forked DNA-dependent helicase activity / single-stranded 3'-5' DNA helicase activity / four-way junction helicase activity / double-stranded DNA helicase activity / double-strand break repair via homologous recombination / single-stranded DNA binding / chromosome / chromatin extrusion motor activity / ATP-dependent H2AZ histone chaperone activity / ATP-dependent H3-H4 histone complex chaperone activity / DNA helicase / cohesin loader activity / DNA clamp loader activity / DNA damage response / chromatin binding / protein-containing complex binding / enzyme binding / ATP hydrolysis activity / ATP binding / nucleus 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Li, J. / Liu, L. / Liu, Y. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural study of the N-terminal domain of human MCM8/9 complex. 著者: Jun Li / Daqi Yu / Lan Liu / Huanhuan Liang / Qi Ouyang / Yingfang Liu / ![]() 要旨: MCM8/9 is a complex involved in homologous recombination (HR) repair pathway. MCM8/9 dysfunction can cause genome instability and result in primary ovarian insufficiency (POI). However, the mechanism ...MCM8/9 is a complex involved in homologous recombination (HR) repair pathway. MCM8/9 dysfunction can cause genome instability and result in primary ovarian insufficiency (POI). However, the mechanism underlying these effects is largely unknown. Here, we report crystal structures of the N-terminal domains (NTDs) of MCM8 and MCM9, and build a ring-shaped NTD structure based on a 6.6 Å resolution cryoelectron microscopy map. This shows that the MCM8/9 complex forms a 3:3 heterohexamer in an alternating pattern. A positively charged DNA binding channel and a putative ssDNA exit pathway for fork DNA unwinding are revealed. Based on the atomic model, the potential effects of the clinical POI mutants are interpreted. Surprisingly, the zinc-finger motifs are found to be capable of binding an iron atom as well. Overall, our results provide a model for the formation of the MCM8/9 complex and provide a path for further studies. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 127.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 96.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 446.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 451.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 22.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 32.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 33073.582 Da / 分子数: 2 / 断片: N-terminal domain / 変異: R168P,C257A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-NA / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.6 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 0.1M Li2SO4, 0.1M ADA pH 6.2-6.5, 13-16% (w/v) PEG 4000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月6日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97853 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.55→50 Å / Num. obs: 25165 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.6 % / Biso Wilson estimate: 38.08 Å2 / CC1/2: 0.987 / CC star: 0.997 / Rpim(I) all: 0.075 / Rrim(I) all: 0.183 / Rsym value: 0.166 / Χ2: 0.884 / Net I/σ(I): 9.62 |
反射 シェル | 解像度: 2.55→2.59 Å / 冗長度: 4.4 % / Mean I/σ(I) obs: 2.22 / Num. unique obs: 1250 / CC1/2: 0.806 / CC star: 0.945 / Rpim(I) all: 0.382 / Rrim(I) all: 0.821 / Rsym value: 0.723 / Χ2: 0.712 / % possible all: 99.9 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: Rossetta predicted model 解像度: 2.55→34.11 Å / SU ML: 0.3299 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 28.0471 / 立体化学のターゲット値: CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 48.63 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.55→34.11 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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