PDB-7dor: E. coli GyrB ATPase domain in complex with 4-nitropheno

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7dor

タイトル

E. coli GyrB ATPase domain in complex with 4-nitropheno

要素

DNA gyrase subunit B

キーワード

ISOMERASE

機能・相同性

機能・相同性情報

DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) activity / DNA topoisomerase (ATP-hydrolysing) / DNA topological change / DNA-templated DNA replication / chromosome / DNA binding / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli K-12 (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.89 Å

データ登録者

Yu, Y. / Zhou, H.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Bioorg.Chem. / 年: 2021
タイトル: Identification of new building blocks by fragment screening for discovering GyrB inhibitors.
著者: Yu, Y. / Guo, J. / Cai, Z. / Ju, Y. / Xu, J. / Gu, Q. / Zhou, H.

履歴

登録	2020年12月16日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2021年10月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7dor.cif.gz	90.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7dor.ent.gz	66.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7dor.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7dor_validation.pdf.gz	907.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7dor_full_validation.pdf.gz	896.9 KB	表示
XML形式データ	7dor_validation.xml.gz	17 KB	表示
CIF形式データ	7dor_validation.cif.gz	24 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/do/7dor ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/do/7dor	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7dprC 7dpsC 7dqfC 7dqhC 7dqiC 7dqjC 7dqlC 7dqmC 7dqsC 7dquC 7dqwC 5z9bS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7dps-d 5z4h-d 7dqf-d 7dqw-d 7dqj-d 5z4o-d 7dqi-d 5z9b-d 7dqh-d 7dqs-d 5z9l-d 7dqm-d 7dpr-d 2ogi-d 5z9e-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#73 - 2006年1月トポイソメラーゼ (Topoisomerase) 類似性 (18) #116 - 2009年8月硫酸転移酵素 (Sulfotransferases) 類似性 (1) #131 - 2010年11月インテイン (Inteins) 類似性 (2) #168 - 2013年12月 DNAヘリカーゼ (DNA Helicase) 類似性 (2)

登録構造単位

A: DNA gyrase subunit B

B: DNA gyrase subunit B

ヘテロ分子

45.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	60.811, 67.519, 102.493
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	DNA gyrase subunit B 分子量: 22648.422 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K-12 / 遺伝子: gyrB, FAZ83_13380 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: A0A4S5B230, DNA topoisomerase (ATP-hydrolysing)
#2: 化合物	ChemComp-AX7 / 1H-benzimidazol-2-amine / 2-アミノベンゾイミダゾ-ル分子量: 133.151 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₇N₃
#3: 化合物	ChemComp-NPO / P-NITROPHENOL 分子量: 139.109 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₅NO₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 155 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.34 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.33 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.1 M Tris-HCl pH 7.5, 2.20 M (NH4)2HPO4, 10 mM 2-aminobenzimidazole

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.979 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年12月18日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.979 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.8→56.38 Å / Num. obs: 39937 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.5 % / R_merge(I) obs: 0.081 / R_pim(I) all: 0.034 / R_rim(I) all: 0.088 / Χ²: 3.086 / Net I/σ(I): 6.4

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.8-1.83	5.7	0.646	1950	0.805	0.29	0.71	0.595	99.2
1.83-1.86	6.8	0.578	1970	0.863	0.238	0.626	0.642	99.7
1.86-1.9	6.8	0.482	1964	0.896	0.197	0.522	0.714	99.8
1.9-1.94	6.8	0.387	1968	0.919	0.159	0.419	0.861	99.6
1.94-1.98	6.7	0.31	1969	0.93	0.128	0.336	0.888	99.4
1.98-2.03	6.7	0.28	1962	0.937	0.116	0.304	1.189	99.7
2.03-2.08	6.6	0.23	1981	0.963	0.097	0.25	1.149	99.8
2.08-2.13	6.4	0.207	1962	0.951	0.088	0.226	1.413	100
2.13-2.2	5.8	0.184	1957	0.951	0.081	0.202	2.025	98.8
2.2-2.27	6.8	0.169	1993	0.952	0.07	0.183	2.085	99.9
2.27-2.35	6.8	0.151	1982	0.947	0.063	0.164	2.508	99.7
2.35-2.44	6.8	0.13	1992	0.958	0.054	0.141	2.662	99.7
2.44-2.55	6.7	0.11	1981	0.986	0.046	0.119	1.745	99.7
2.55-2.69	6.6	0.105	2005	0.963	0.044	0.114	3.114	100
2.69-2.86	6	0.093	1983	0.982	0.04	0.101	3.353	99.2
2.86-3.08	6.9	0.08	2014	0.965	0.033	0.087	2.802	99.9
3.08-3.39	6.8	0.079	2030	0.963	0.033	0.086	5.541	99.9
3.39-3.88	6.5	0.071	2020	0.974	0.03	0.077	7.207	99.7
3.88-4.88	6.2	0.061	2068	0.983	0.026	0.067	8.592	100
4.88-50	6.2	0.065	2186	0.96	0.029	0.071	12.111	99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0158	精密化
HKL-2000		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
HKL-2000		データ削減
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5Z9B

5z9b

解像度: 1.89→56.38 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.948 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.935 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.158 / ESU R Free: 0.141 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23675	1677	4.9 %	RANDOM
R_work	0.20806	-	-	-
obs	0.20944	32328	99.06 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 35.124 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.13 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	2.54 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.4 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.89→56.38 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2885	0	40	155	3080

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.023	0.019	2974
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0	0.02	2745
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.579	1.944	4025
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	3.784	3	6338
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	2.653	5	369
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	41.01	23.957	139
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.754	15	498
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	12.447	15	22
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.153	0.2	455
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	3469
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.004	0.02	601
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.911	3.374	1488
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.911	3.373	1487
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.8	5.046	1853
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.799	5.048	1854
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.465	3.733	1486
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.432	3.704	1477
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.875	5.422	2160
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	5.566	40.43	3258
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	5.558	40.314	3237
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.893→1.942 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.279	100	-
R_work	0.256	2157	-
obs	-	-	91.19 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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