PDB-7dnq: Crystal structure of M.tuberculosis imidazole glycerol phosphate ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7dnq

タイトル

Crystal structure of M.tuberculosis imidazole glycerol phosphate dehydratase in complex with an inhibitor

要素

Imidazoleglycerol-phosphate dehydratase

キーワード

LYASE / Inhibitor

機能・相同性

機能・相同性情報

imidazoleglycerol-phosphate dehydratase / imidazoleglycerol-phosphate dehydratase activity / L-histidine biosynthetic process / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium tuberculosis (結核菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.28 Å

データ登録者

Tiwari, S. / Pal, R.K. / Biswal, B.K.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of M.tuberculosis imidazole glycerol phosphate dehydratase in complex with an inhibitor
著者: Tiwari, S. / Pal, R.K. / Biswal, B.K.

履歴

登録	2020年12月10日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2021年12月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7dnq.cif.gz	58.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7dnq.ent.gz	38.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7dnq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7dnq_validation.pdf.gz	779.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7dnq_full_validation.pdf.gz	780.1 KB	表示
XML形式データ	7dnq_validation.xml.gz	10.3 KB	表示
CIF形式データ	7dnq_validation.cif.gz	14.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dn/7dnq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dn/7dnq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7ddvC 7fcyC 4gquS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7ddv-1 4lpf-1 4gqu-1 6khh-1 4lom-1 5xds-1 5zqn-1 2f1d-3 2f1d-1 4mu3-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Imidazoleglycerol-phosphate dehydratase

ヘテロ分子

24 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Imidazoleglycerol-phosphate dehydratase

ヘテロ分子

x 24

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
576 kDa, 24 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1
crystal symmetry operation	2_555	-x,-y,z	1
crystal symmetry operation	3_555	-x,y,-z	1
crystal symmetry operation	4_555	x,-y,-z	1
crystal symmetry operation	5_555	z,x,y	1
crystal symmetry operation	6_555	z,-x,-y	1
crystal symmetry operation	7_555	-z,-x,y	1
crystal symmetry operation	8_555	-z,x,-y	1
crystal symmetry operation	9_555	y,z,x	1
crystal symmetry operation	10_555	-y,z,-x	1
crystal symmetry operation	11_555	y,-z,-x	1
crystal symmetry operation	12_555	-y,-z,x	1
crystal symmetry operation	13_555	y,x,-z	1
crystal symmetry operation	14_555	-y,-x,-z	1
crystal symmetry operation	15_555	y,-x,z	1
crystal symmetry operation	16_555	-y,x,z	1
crystal symmetry operation	17_555	x,z,-y	1
crystal symmetry operation	18_555	-x,z,y	1
crystal symmetry operation	19_555	-x,-z,-y	1
crystal symmetry operation	20_555	x,-z,y	1
crystal symmetry operation	21_555	z,y,-x	1
crystal symmetry operation	22_555	z,-y,x	1
crystal symmetry operation	23_555	-z,y,x	1
crystal symmetry operation	24_555	-z,-y,-x	1

単位格子

Length a, b, c (Å)	112.100, 112.100, 112.100
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	207
Space group name H-M	P432

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-303- CL
2	1	A-487- HOH
3	1	A-493- HOH

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	Imidazoleglycerol-phosphate dehydratase / IGPD 分子量: 23633.516 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌) 株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: hisB, Rv1601, MTCY336.03c / 発現宿主: Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア) 参照: UniProt: P9WML9, imidazoleglycerol-phosphate dehydratase

#1: タンパク質

Imidazoleglycerol-phosphate dehydratase / IGPD

分子量: 23633.516 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: hisB, Rv1601, MTCY336.03c / 発現宿主:

Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア)
参照: UniProt: P9WML9, imidazoleglycerol-phosphate dehydratase

-
非ポリマー , 5種, 113分子

#2: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	ChemComp-HB3 / 2-(1H-1,2,4-triazol-5-ylsulfanyl)ethanamine 分子量: 144.198 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₈N₄S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 107 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.48 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.47 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9 詳細: 20% PEG 1500, 0.2M sodium citrate tribasic dehydrate, 0.1M Tris HCL, pH 9.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.54178 Å
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2020年12月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.28→35 Å / Num. obs: 11541 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 29.3 % / CC_1/2: 0.94 / Net I/σ(I): 21.58
反射シェル	解像度: 2.28→2.36 Å / Num. unique obs: 1101 / CC_1/2: 0.66

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4GQU

4gqu

解像度: 2.28→28.041 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.964 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.942 / SU B: 5.602 / SU ML: 0.13 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.216 / ESU R Free: 0.185 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2099	587	5.086 %
R_work	0.1591	10954	-
all	0.162	-	-
obs	-	11541	99.818 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 28.777 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2
1-	0 Å²	0 Å²
2-	-	0 Å²
3-	-	-

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.28→28.041 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1459	0	17	107	1583

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.013	1501
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	1377
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.538	1.654	2039
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.325	1.582	3162
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.34	5	189
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.285	20.114	88
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.027	15	227
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.944	15	16
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.069	0.2	203
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	1726
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	333
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.191	0.2	310
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.195	0.2	1248
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.153	0.2	702
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.082	0.2	697
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.151	0.2	79
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.091	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.197	0.2	30
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.223	0.2	72
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.17	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.026	2.876	759
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.022	2.87	758
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.091	4.301	947
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.09	4.309	948
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.826	3.252	742
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.824	3.258	743
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.379	4.72	1092
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.377	4.726	1093
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.774	34.35	1616
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.731	34.256	1602

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.28-2.339	0.301	44	0.364	779	X-RAY DIFFRACTION	99.1566
2.339-2.403	0.301	31	0.3	781	X-RAY DIFFRACTION	100
2.403-2.473	0.239	42	0.236	735	X-RAY DIFFRACTION	100
2.473-2.549	0.221	31	0.179	736	X-RAY DIFFRACTION	100
2.549-2.632	0.218	36	0.179	706	X-RAY DIFFRACTION	100
2.632-2.725	0.254	40	0.176	686	X-RAY DIFFRACTION	100
2.725-2.827	0.219	43	0.173	650	X-RAY DIFFRACTION	100
2.827-2.943	0.18	32	0.152	642	X-RAY DIFFRACTION	100
2.943-3.073	0.233	30	0.153	612	X-RAY DIFFRACTION	100
3.073-3.223	0.215	36	0.158	591	X-RAY DIFFRACTION	100
3.223-3.398	0.229	27	0.143	578	X-RAY DIFFRACTION	100
3.398-3.603	0.253	24	0.15	539	X-RAY DIFFRACTION	100
3.603-3.852	0.178	25	0.128	504	X-RAY DIFFRACTION	100
3.852-4.16	0.163	32	0.115	470	X-RAY DIFFRACTION	100
4.16-4.557	0.159	30	0.109	435	X-RAY DIFFRACTION	100
4.557-5.093	0.155	22	0.112	415	X-RAY DIFFRACTION	100
5.093-5.879	0.238	18	0.133	362	X-RAY DIFFRACTION	100
5.879-7.196	0.221	18	0.15	319	X-RAY DIFFRACTION	100
7.196-10.155	0.217	16	0.137	257	X-RAY DIFFRACTION	100
10.155-28	0.223	10	0.212	157	X-RAY DIFFRACTION	92.2652

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関連情報:EMDBヘッダ

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