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- PDB-7dnb: Crystal structure of PhoCl barrel -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7dnb
タイトルCrystal structure of PhoCl barrel
要素PhoCl Barrel
キーワードFLUORESCENT PROTEIN / PhoCl / Photocleavable / GFP
生物種Aequorea victoria (オワンクラゲ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.81 Å
データ登録者Wen, Y. / Lemieux, J.M.
引用ジャーナル: Chem Sci / 年: 2021
タイトル: Photocleavable proteins that undergo fast and efficient dissociation.
著者: Lu, X. / Wen, Y. / Zhang, S. / Zhang, W. / Chen, Y. / Shen, Y. / Lemieux, M.J. / Campbell, R.E.
履歴
登録2020年12月9日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年1月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年6月16日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22022年2月23日Group: Advisory / Database references
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume ..._citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: PhoCl Barrel
A: PhoCl Barrel
B: PhoCl Barrel
D: PhoCl Barrel
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,1285
ポリマ－110,1054
非ポリマー231
水00
1
C: PhoCl Barrel


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,5261
ポリマ－27,5261
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: PhoCl Barrel


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,5261
ポリマ－27,5261
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
B: PhoCl Barrel
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,5492
ポリマ－27,5261
非ポリマー231
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: PhoCl Barrel


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,5261
ポリマ－27,5261
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)46.400, 119.640, 65.260
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 107.660, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質
PhoCl Barrel


分子量: 27526.281 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Aequorea victoria (オワンクラゲ)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 21.54 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.056 M Sodium phosphate monobasic monohydrate, 1.344 M Potassium phosphate dibasic, pH 8.2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年2月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.81→43.11 Å / Num. obs: 16400 / % possible obs: 92.9 % / 冗長度: 2.7 % / CC1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 8.54
反射 シェル解像度: 2.81→2.92 Å / Num. unique obs: 2688 / CC1/2: 0.811

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2HQK

2hqk


解像度: 2.81→43.11 Å / SU ML: 0.45 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 36.59 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3354 1177 9.98 %
Rwork0.2749 10618 -
obs0.2808 11795 71.35 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 92.59 Å2 / Biso mean: 38.3944 Å2 / Biso min: 1.01 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.81→43.11 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4998 0 1 0 4999
Biso mean--2.16 --
残基数----675
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.81-2.940.5878150.44691501658
2.94-3.10.3596540.37251256627
3.1-3.290.43981410.33961250139168
3.29-3.540.36321980.29821754195294
3.55-3.90.32831980.27091754195295
3.9-4.460.29051860.24411733191994
4.47-5.620.29261910.23741743193493
5.63-43.110.34981940.2851722191691

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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