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- PDB-7dn6: Crystal structure of bovine lactoperoxidase with hydrogen peroxid... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7dn6
タイトルCrystal structure of bovine lactoperoxidase with hydrogen peroxide trapped between heme iron and his109 at 1.69 A resolution
要素Lactoperoxidase
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / Lactoperoxidase
機能・相同性
機能・相同性情報


Events associated with phagocytolytic activity of PMN cells / thiocyanate peroxidase activity / lactoperoxidase activity / ペルオキシダーゼ / hydrogen peroxide catabolic process / peroxidase activity / antibacterial humoral response / response to oxidative stress / defense response to bacterium / calcium ion binding ...Events associated with phagocytolytic activity of PMN cells / thiocyanate peroxidase activity / lactoperoxidase activity / ペルオキシダーゼ / hydrogen peroxide catabolic process / peroxidase activity / antibacterial humoral response / response to oxidative stress / defense response to bacterium / calcium ion binding / heme binding / extracellular space / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Haem peroxidase, animal-type / Haem peroxidase domain superfamily, animal type / Animal haem peroxidase / Animal heme peroxidase superfamily profile. / Haem peroxidase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / IODIDE ION / 1-(OXIDOSULFANYL)METHANAMINE / 過酸化水素 / Lactoperoxidase
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.696 Å
データ登録者Singh, P.K. / Singh, A.K. / Kaur, P. / Sharma, S. / Singh, T.P.
引用ジャーナル: J.Inorg.Biochem. / 年: 2021
タイトル: Structure of a ternary complex of lactoperoxidase with iodide and hydrogen peroxide at 1.77 angstrom resolution.
著者: Singh, P.K. / Sharma, P. / Bhushan, A. / Kaur, P. / Sharma, S. / Singh, T.P.
履歴
登録2020年12月8日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
置き換え2020年12月30日ID: 6L9E
改定 1.02020年12月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年7月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lactoperoxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,19932
ポリマ－67,7731
非ポリマー4,42631
水11,782654
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)53.913, 79.690, 76.965
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 102.230, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Lactoperoxidase / / LPO


分子量: 67773.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P80025, ペルオキシダーゼ

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糖 , 2種, 3分子

#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE
#5: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 9種, 682分子

#3: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME / Heme B


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 化合物
ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド / ヨウ化物


分子量: 126.904 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#7: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#8: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#9: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#10: 化合物 ChemComp-OSM / 1-(OXIDOSULFANYL)METHANAMINE


分子量: 79.122 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH5NOS
#11: 化合物 ChemComp-PEO / HYDROGEN PEROXIDE / 過酸化水素


分子量: 34.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: H2O2
#12: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 654 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.35 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.8 / 詳細: 0.2M Ammonium Iodide, PEG 3350 / PH範囲: 5-8

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.97 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2010年10月21日 / 詳細: Mirror
放射モノクロメーター: Graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.696→39.41 Å / Num. obs: 70470 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 8.2 % / Rsym value: 0.079 / Net I/σ(I): 12
反射 シェル解像度: 1.696→1.74 Å / Num. unique obs: 4474 / Rsym value: 0.59 / % possible all: 93.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3q9k

3q9k
PDB 未公開エントリ


解像度: 1.696→39.41 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.124 / ESU R Free: 0.119 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2346 3464 5.038 %
Rwork0.1974 65293 -
all0.199 --
obs-68757 97.577 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 36.084 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.008 Å20 Å20.033 Å2
2---0.018 Å2-0 Å2
3----0.004 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.696→39.41 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4770 0 144 654 5568
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0135035
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0340.0174701
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.751.686839
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg2.5871.60510821
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.195594
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.76621.841277
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.34915825
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.8961538
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0960.2625
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr_other2.9650.23
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.025685
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0160.021218
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2160.21193
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.2210.24856
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1730.22417
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0790.22253
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.220.2502
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.1780.24
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1080.26
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.2160.226
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2540.284
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.1920.224
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.3573.6232382
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.3463.622378
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.1675.4252975
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other5.1635.4282973
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.5043.92653
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.5033.9022654
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.3125.7593864
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.3115.7613865
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it9.11943.5876096
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other9.11943.596097
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc freeFsc work% reflection obs (%)WRfactor Rwork
1.696-1.740.3432170.31644740.31851920.7540.75890.35050.255
1.74-1.7880.3112350.29247910.29350670.8090.82399.19080.23
1.788-1.8390.2952480.26846230.26948850.830.85399.71340.212
1.839-1.8960.3232330.30243640.30347480.770.77296.81970.243
1.896-1.9580.3711930.37240710.37246520.7760.75891.65950.298
1.958-2.0260.2822230.23341800.23544500.8810.90998.94380.192
2.026-2.1030.2372370.22140990.22243510.9180.9299.65530.19
2.103-2.1880.2882270.21238970.21741420.8910.91399.56540.183
2.188-2.2850.3111860.24736280.2540030.8790.8995.27850.202
2.285-2.3960.2471850.19936090.20138340.9090.92798.95670.174
2.396-2.5250.2271750.18334170.18536170.9250.9499.30880.166
2.525-2.6780.221820.16432480.16734560.9390.95699.24770.152
2.678-2.8620.221720.1830500.18232470.9380.9599.23010.173
2.862-3.090.2471460.18728260.1929960.9220.9499.19890.186
3.09-3.3830.1991380.18226330.18328110.9470.94698.5770.188
3.383-3.7790.2061360.16323450.16524990.9520.96199.27970.174
3.779-4.3560.1961330.15320610.15522440.9550.96197.77180.171
4.356-5.3190.197910.15517850.15719060.9540.96398.4260.183
5.319-7.4550.198660.17514190.17614900.9470.95199.66440.208
7.455-39.410.207410.1917720.1928660.9580.95893.87990.231

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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