PDB-7dkl: Crystal structure of the tandem DEP domains of DEPTOR

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7dkl

タイトル

Crystal structure of the tandem DEP domains of DEPTOR

要素

DEP domain-containing mTOR-interacting protein

キーワード

LIPID BINDING PROTEIN / mTOR inhibitor / PA binding protein / DEP domain / ANIONIC LIPID BINDING PROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / negative regulation of TORC2 signaling / phosphatidic acid binding / negative regulation of cell size / negative regulation of TOR signaling / protein serine/threonine kinase inhibitor activity / protein kinase inhibitor activity / positive regulation of autophagy / negative regulation of TORC1 signaling / GTPase activator activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Weng, Z.F. / Shen, X.X. / Liu, Y.F.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2021
タイトル: Structural Basis of DEPTOR to Recognize Phosphatidic Acid Using its Tandem DEP Domains.
著者: Weng, Z. / Shen, X. / Zheng, J. / Liang, H. / Liu, Y.

履歴

登録	2020年11月24日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2021年12月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年6月22日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7dkl.cif.gz	105.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7dkl.ent.gz	78.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7dkl.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dk/7dkl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dk/7dkl	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1o7fS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6rbo-d 1yns-d 6rc5-d 6rbz-d 6rbt-d 6rc2-d 6rbp-d 6rc0-d 1no5-d 6rc4-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (4)

登録構造単位

A: DEP domain-containing mTOR-interacting protein

26.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	39.582, 63.582, 89.081
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	DEP domain-containing mTOR-interacting protein / DEP domain-containing protein 6 分子量: 26058.982 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DEPTOR, DEPDC6 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8TB45
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 99 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.13 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.35 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1M Ammonium acetate, 24% PEG 3350

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.9793 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 300K / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月26日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9793 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.5→50 Å / Num. obs: 36176 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 11.4 % / B_iso Wilson estimate: 17.33 Å² / R_merge(I) obs: 0.077 / R_pim(I) all: 0.023 / R_rim(I) all: 0.08 / Χ²: 1.039 / Net I/σ(I): 7 / Num. measured all: 412973

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.5-1.53	9.6	0.658	1758	0.854	0.216	0.694	0.541	96.1
1.53-1.55	10	0.569	1749	0.91	0.183	0.599	0.572	97.4
1.55-1.58	10	0.53	1739	0.911	0.171	0.558	0.607	95.7
1.58-1.62	10.7	0.45	1763	0.933	0.14	0.472	0.66	98.6
1.62-1.65	11.7	0.418	1759	0.951	0.124	0.437	0.629	95.8
1.65-1.69	11.7	0.368	1788	0.96	0.109	0.384	0.73	99.2
1.69-1.73	11.7	0.335	1766	0.968	0.1	0.35	0.787	96.3
1.73-1.78	11.4	0.288	1788	0.965	0.088	0.301	0.857	98.6
1.78-1.83	11.2	0.248	1774	0.973	0.077	0.26	0.847	97.8
1.83-1.89	10.7	0.185	1772	0.986	0.059	0.194	0.852	97
1.89-1.96	11.4	0.169	1810	0.989	0.051	0.177	1.092	99.4
1.96-2.04	12.2	0.162	1804	0.992	0.048	0.169	1.436	98.3
2.04-2.13	12.3	0.12	1800	0.994	0.035	0.125	1.279	98
2.13-2.24	12.4	0.086	1811	0.997	0.025	0.09	0.952	98.7
2.24-2.38	11.3	0.074	1825	0.997	0.023	0.078	1.011	99
2.38-2.56	12.1	0.07	1842	0.998	0.021	0.073	1.126	99.3
2.56-2.82	12.9	0.064	1856	0.998	0.018	0.067	1.28	99.3
2.82-3.23	12.2	0.057	1867	0.999	0.017	0.06	1.481	99.6
3.23-4.07	11.3	0.051	1894	0.999	0.015	0.053	1.846	99.7
4.07-50	11.3	0.048	2011	0.998	0.014	0.051	1.662	99.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.11.1_2575	精密化
DENZO		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1O7F

1o7f

解像度: 1.5→25.876 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 19.77 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2175	1844	5.11 %
R_work	0.1779	34271	-
obs	0.1798	36115	98.11 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 59.44 Å² / B_iso mean: 21.0921 Å² / B_iso min: 10.28 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.5→25.876 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1767	0	0	102	1869
B_iso mean	-	-	-	28.4	-
残基数	-	-	-	-	216

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	1802
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.777	2423
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.073	260
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	317
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.211	684

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
1.5-1.5401	0.2341	157	0.1599	2521	96
1.5401-1.5854	0.2311	130	0.1575	2563	96
1.5854-1.6366	0.2083	144	0.1471	2548	97
1.6366-1.6951	0.2103	138	0.1514	2569	98
1.6951-1.7629	0.1992	128	0.1485	2627	98
1.7629-1.8431	0.2143	145	0.1654	2594	98
1.8431-1.9403	0.2312	137	0.1725	2613	98
1.9403-2.0618	0.2455	167	0.1722	2604	98
2.0618-2.2209	0.1978	142	0.1737	2650	98
2.2209-2.4443	0.214	132	0.1776	2683	99
2.4443-2.7976	0.2097	140	0.1922	2693	99
2.7976-3.5233	0.2155	137	0.1977	2743	100
3.5233-25.876	0.2216	147	0.1773	2863	99

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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