PDB-7dkd: Stenotrophomonas maltophilia DPP7 in complex with Asn-Tyr

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7dkd

タイトル

Stenotrophomonas maltophilia DPP7 in complex with Asn-Tyr

要素

Dipeptidyl-peptidase

キーワード

HYDROLASE / dipeptidyl aminopeptidase / S46 / AMR / Microgravity / antimicrobial / chymotrypsin / serine protease

機能・相同性

機能・相同性情報

加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; ジペプチジルペプチターゼ・トリペプチジルペプチターゼ / serine-type aminopeptidase activity / dipeptidyl-peptidase activity / peptide catabolic process / proteolysis
類似検索 - 分子機能

生物種

Stenotrophomonas maltophilia (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.92 Å

データ登録者

Sakamoto, Y. / Nakamura, A. / Suzuki, Y. / Honma, N. / Roppongi, S. / Kushibiki, C. / Yonezawa, N. / Takahashi, M. / Shida, Y. / Gouda, H. ...

資金援助

日本, 9件

組織	認可番号	国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)	16K8322	日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)	16H04902	日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)	17H03790	日本
Ministry of Education, Culture, Sports, Science and Technology (Japan)	H29-A3	日本
TAKEDA Foundation		日本
Ministry of Education, Culture, Sports, Science and Technology (Japan)	2013A6822, 2013B6822, 2014A6924, 2014B6924, 2015A6521, 2015B6521, 2016B6620, 2017A6721, 2017B6721, 2018A6818, 2018B6818, 2019A6917, 2019B6917, 2020A6517	日本
Ministry of Education, Culture, Sports, Science and Technology (Japan)	CR1405-CR1905	日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)	BINDS 0026	日本
Ministry of Education, Culture, Sports, Science and Technology (Japan)	2017G162	日本

引用

ジャーナル: Sci Rep / 年: 2021
タイトル: Structural basis for an exceptionally strong preference for asparagine residue at the S2 subsite of Stenotrophomonas maltophilia dipeptidyl peptidase 7.
著者: Nakamura, A. / Suzuki, Y. / Sakamoto, Y. / Roppongi, S. / Kushibiki, C. / Yonezawa, N. / Takahashi, M. / Shida, Y. / Gouda, H. / Nonaka, T. / Tanaka, N. / Ogasawara, W.

履歴

登録	2020年11月23日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2021年11月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7dkd.cif.gz	312.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7dkd.ent.gz	240.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7dkd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7dkd_validation.pdf.gz	485.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7dkd_full_validation.pdf.gz	507.1 KB	表示
XML形式データ	7dkd_validation.xml.gz	61 KB	表示
CIF形式データ	7dkd_validation.cif.gz	91.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dk/7dkd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dk/7dkd	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7dkbSC 7dkcC 7dkeC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7dkc-d 7dkb-d 7dke-d 4qde-d 1egv-d 1xjn-1 3auj-d 3pvz-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (1) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Dipeptidyl-peptidase

B: Dipeptidyl-peptidase

ヘテロ分子

157 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: light scattering

2

A: Dipeptidyl-peptidase

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
78.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

B: Dipeptidyl-peptidase

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
78.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	68.552, 74.892, 154.647
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 94.502, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Dipeptidyl-peptidase 分子量: 78061.461 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Stenotrophomonas maltophilia (strain R551-3) (バクテリア) 株: R551-3 / 遺伝子: Smal_0807 / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Gold(DE3) 参照: UniProt: B4SLK2, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; ジペプチジルペプチターゼ・トリペプチジルペプチターゼ
#2: 化合物	ChemComp-ASN / ASPARAGINE / アスパラギンタイプ: L-peptide linking / 分子量: 132.118 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₈N₂O₃
#3: 化合物	ChemComp-TYR / TYROSINE / チロシンタイプ: L-peptide linking / 分子量: 181.189 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₁NO₃
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1162 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.61 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.93 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 0.2M Ca Acetate, 20%w/v PEG 8000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 95 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年1月27日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.92→50.48 Å / Num. obs: 119220 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.9 % / B_iso Wilson estimate: 14.452 Å² / CC_1/2: 0.989 / R_merge(I) obs: 0.186 / R_pim(I) all: 0.076 / Net I/σ(I): 7.4
反射シェル	解像度: 1.92→1.95 Å / 冗長度: 7 % / R_merge(I) obs: 1.199 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 39675 / CC_1/2: 0.632 / R_pim(I) all: 0.485 / % possible all: 94.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
xia2	0.5.764	データ削減
DIALS	1.12.2	データスケーリング
REFMAC	5.8.0267	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7DKB

7dkb

解像度: 1.92→40.003 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.937 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.907 / SU B: 4.171 / SU ML: 0.12 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.168 / ESU R Free: 0.157 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2478	6098	5.118 %
R_work	0.2022	113046	-
all	0.205	-	-
obs	-	119144	99.805 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 30.137 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.664 Å²	0 Å²	0.211 Å²
2-	-	-0.265 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.885 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.92→40.003 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10660	0	60	1162	11882

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.013	10957
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	10410
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.554	1.642	14848
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.318	1.585	23928
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.661	5	1396
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.709	22.962	557
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.699	15	1790
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.819	15	62
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.073	0.2	1379
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	12708
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2548
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.208	0.2	2485
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.176	0.2	10027
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.164	0.2	5378
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.081	0.2	5220
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.17	0.2	916
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.092	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.15	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.154	0.2	41
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.153	0.2	23
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.477	3.022	5593
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.476	3.022	5592
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.695	4.524	6986
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.695	4.523	6987
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.581	3.29	5364
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.581	3.29	5364
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.078	4.807	7862
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.078	4.807	7862
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.392	36.259	12925
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.206	36.075	12575

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.92-1.97	0.298	415	0.269	8224	0.27	8730	0.815	0.836	98.9576	0.25
1.97-2.024	0.272	402	0.248	8180	0.25	8603	0.863	0.86	99.7559	0.229
2.024-2.082	0.269	401	0.236	7903	0.237	8324	0.878	0.894	99.7597	0.218
2.082-2.146	0.273	405	0.224	7642	0.226	8058	0.886	0.903	99.8635	0.207
2.146-2.216	0.244	368	0.208	7422	0.209	7799	0.906	0.914	99.8846	0.193
2.216-2.294	0.315	394	0.258	7189	0.261	7590	0.826	0.867	99.9078	0.241
2.294-2.38	0.235	396	0.195	6856	0.197	7260	0.923	0.934	99.8898	0.185
2.38-2.477	0.259	356	0.198	6723	0.201	7081	0.912	0.925	99.9718	0.191
2.477-2.586	0.267	334	0.197	6431	0.201	6768	0.911	0.929	99.9557	0.192
2.586-2.712	0.244	353	0.197	6077	0.2	6430	0.915	0.927	100	0.198
2.712-2.858	0.283	304	0.194	5898	0.198	6202	0.901	0.932	100	0.199
2.858-3.031	0.26	339	0.194	5481	0.197	5821	0.913	0.933	99.9828	0.204
3.031-3.238	0.241	299	0.193	5191	0.195	5490	0.92	0.933	100	0.21
3.238-3.496	0.239	278	0.182	4834	0.185	5114	0.926	0.943	99.9609	0.206
3.496-3.827	0.219	257	0.18	4467	0.182	4724	0.937	0.946	100	0.213
3.827-4.274	0.217	221	0.176	4060	0.178	4283	0.943	0.95	99.9533	0.217
4.274-4.925	0.19	217	0.171	3568	0.172	3785	0.959	0.961	100	0.216
4.925-6.01	0.252	156	0.192	3080	0.195	3239	0.945	0.953	99.9074	0.239
6.01-8.405	0.257	120	0.198	2409	0.201	2532	0.934	0.948	99.8815	0.252
8.405-40.003	0.229	83	0.216	1395	0.216	1498	0.963	0.967	98.6649	0.257

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