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- PDB-7dhq: Structure of Halothiobacillus neapolitanus Microcompartments Prot... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7dhq
タイトルStructure of Halothiobacillus neapolitanus Microcompartments Protein CsoS1D
要素Microcompartments protein
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / Microcompartments Protein / CsoS1D
機能・相同性Bacterial microcompartment (BMC) circularly permuted domain / Bacterial microcompartment (BMC) circularly permuted domain profile. / Bacterial microcompartment domain / BMC / CcmK-like superfamily / carboxysome / carbon fixation / Carboxysome shell protein CsoS1D
機能・相同性情報
生物種Halothiobacillus neapolitanus (紅色硫黄細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Xue, B. / Tan, Y.Q. / Ali, S. / Robinson, R.C. / Narita, A. / Yew, W.S.
資金援助 シンガポール, 1件
組織認可番号国
National Research Foundation (NRF, Singapore) シンガポール
引用ジャーナル: Biomacromolecules / 年: 2021
タイトル: Structure of a Minimal α-Carboxysome-Derived Shell and Its Utility in Enzyme Stabilization.
著者: Yong Quan Tan / Samson Ali / Bo Xue / Wei Zhe Teo / Lay Hiang Ling / Maybelle Kho Go / Hong Lv / Robert C Robinson / Akihiro Narita / Wen Shan Yew /
要旨: Bacterial microcompartments are proteinaceous shells that encase specialized metabolic processes in bacteria. Recent advances in simplification of these intricate shells have encouraged ...Bacterial microcompartments are proteinaceous shells that encase specialized metabolic processes in bacteria. Recent advances in simplification of these intricate shells have encouraged bioengineering efforts. Here, we construct minimal shells derived from the α-carboxysome, which we term Cso-shell. Using cryogenic electron microscopy, the atomic-level structures of two shell forms were obtained, reinforcing notions of evolutionarily conserved features in bacterial microcompartment shell architecture. Encapsulation peptide sequences that facilitate loading of heterologous protein cargo within the shells were identified. We further provide a first demonstration in utilizing minimal bacterial microcompartment-derived shells for hosting heterologous enzymes. Cso-shells were found to stabilize enzymatic activities against heat shock, presence of methanol co-solvent, consecutive freeze-thawing, and alkaline environments. This study yields insights into α-carboxysome assembly and advances the utility of synthetic bacterial microcompartments as nanoreactors capable of stabilizing enzymes with varied properties and reaction chemistries.
履歴
登録2020年11月17日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年8月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年2月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Microcompartments protein
B: Microcompartments protein
C: Microcompartments protein
D: Microcompartments protein
E: Microcompartments protein
F: Microcompartments protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)150,6816
ポリマ－150,6816
非ポリマー00
水2,612145
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area17720 Å2
ΔGint-79 kcal/mol
Surface area40010 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.074, 70.876, 74.975
Angle α, β, γ (deg.)65.900, 63.400, 77.680
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
Microcompartments protein


分子量: 25113.578 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Halothiobacillus neapolitanus (strain ATCC 23641 / c2) (紅色硫黄細菌)
株: ATCC 23641 / c2 / 遺伝子: Hneap_0903 / プラスミド: pES2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: D0KZ73
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 145 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.18 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 / 詳細: 1M Ammonium Sulfate, 0.1M Sodium Acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.95373 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95373 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.49→45.152 Å / Num. obs: 30912 / % possible obs: 92.5 % / 冗長度: 1.776 % / Biso Wilson estimate: 48.402 Å2 / CC1/2: 0.983 / Rmerge(I) obs: 0.14 / Rrim(I) all: 0.198 / Χ2: 1.074 / Net I/σ(I): 4.64 / Num. measured all: 132842
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.49-2.641.7351.0190.751943613048112050.3181.44185.9
2.64-2.821.7330.7121.12006212242115770.5081.00794.6
2.82-3.041.6270.4231.71755011408107860.7080.59894.5
3.04-3.331.8250.2523.07182421045699950.8690.35795.6
3.33-3.721.8770.1465.4316340955087070.9510.20791.2
3.72-4.291.8740.0917.9714849837279240.9820.12994.6
4.29-5.251.7950.06910.1111914714066390.9870.09893
5.25-7.371.7350.0788.548909549651360.9840.1193.4
7.37-45.1521.9720.03319.645540315028100.9970.04689.2

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.49 Å45.15 Å
Translation2.49 Å45.15 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
PHENIX1.18_3845精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3FCH

3fch


解像度: 2.7→45.15 Å / SU ML: 0.41 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 28.78 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2711 1470 4.81 %
Rwork0.201 29113 -
obs0.2042 30583 97.52 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 103.11 Å2 / Biso mean: 41.6144 Å2 / Biso min: 24.25 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.7→45.15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9456 0 0 145 9601
Biso mean---36.06 -
残基数----1227
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.7-2.80.3411580.29622866302497
2.8-2.910.34681800.26552889306997
2.91-3.040.35121580.25112888304697
3.04-3.20.30251590.23552925308499
3.2-3.40.32511420.21372967310999
3.4-3.660.27471340.20152884301897
3.66-4.030.25371250.18842914303996
4.03-4.620.2331540.16432944309899
4.62-5.810.22061380.1772957309598
5.81-45.150.22031220.17732879300196

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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