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万見
- PDB-7dh6: Crystal structure of PLRG1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7dh6
タイトルCrystal structure of PLRG1
要素Pleiotropic regulator 1
キーワードSPLICING / PLRG1 offers an interesting link between the control of pre-mRNA splicing and DNA metabolism.
機能・相同性
機能・相同性情報


Prp19 complex / U2-type catalytic step 2 spliceosome / precatalytic spliceosome / protein localization to nucleus / positive regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / catalytic step 2 spliceosome / mRNA Splicing - Major Pathway / spliceosomal complex / fibrillar center / mRNA splicing, via spliceosome ...Prp19 complex / U2-type catalytic step 2 spliceosome / precatalytic spliceosome / protein localization to nucleus / positive regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / catalytic step 2 spliceosome / mRNA Splicing - Major Pathway / spliceosomal complex / fibrillar center / mRNA splicing, via spliceosome / nuclear membrane / nuclear speck / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
WD repeat Prp46/PLRG1-like / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD domain, G-beta repeat / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
NICKEL (II) ION / Pleiotropic regulator 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.584 Å
データ登録者Wang, X. / Xu, C.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2021
タイトル: Crystal structure of the WD40 domain of human PLRG1.
著者: Wang, X. / Li, Y. / Dai, H. / Xu, C.
履歴
登録2020年11月13日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年12月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年6月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pleiotropic regulator 1
B: Pleiotropic regulator 1
C: Pleiotropic regulator 1
D: Pleiotropic regulator 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)167,65910
ポリマ－167,3254
非ポリマー3346
水2,396133
1
A: Pleiotropic regulator 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,9863
ポリマ－41,8311
非ポリマー1552
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area11190 Å2
手法PISA
2
B: Pleiotropic regulator 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,8712
ポリマ－41,8311
非ポリマー401
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area150 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area11970 Å2
手法PISA
3
C: Pleiotropic regulator 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,9303
ポリマ－41,8311
非ポリマー992
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area11580 Å2
手法PISA
4
D: Pleiotropic regulator 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,8712
ポリマ－41,8311
非ポリマー401
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area11670 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.005, 82.124, 99.388
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 99.440, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Pleiotropic regulator 1


分子量: 41831.340 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 140-514 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PLRG1
発現宿主: Insect cell expression vector pTIE1 (その他)
参照: UniProt: O43660
#2: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 133 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 24.83 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.2 Calcium chloride 20% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年9月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.58→50 Å / Num. obs: 33636 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.063 / Net I/σ(I): 8.9
反射 シェル解像度: 2.58→2.65 Å / Rmerge(I) obs: 0.804 / Num. unique obs: 3125

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
PDB_EXTRACTデータ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4YVD

4yvd


解像度: 2.584→38.156 Å / SU ML: 0.4 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 29.46 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.276 1702 5.07 %
Rwork0.2262 31868 -
obs0.2287 33570 98.73 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 130.16 Å2 / Biso mean: 47.5529 Å2 / Biso min: 5.74 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.584→38.156 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8893 0 10 133 9036
Biso mean--61.37 34.98 -
残基数----1160
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.584-2.660.35571340.3157244792
2.66-2.74580.39771480.3075266199
2.7458-2.84390.35961470.29262649100
2.8439-2.95780.34321460.27162670100
2.9578-3.09230.3041310.25332668100
3.0923-3.25530.29041520.23642667100
3.2553-3.45910.26131500.2116264899
3.4591-3.7260.25551270.20362701100
3.726-4.10050.2451420.196267799
4.1005-4.6930.20631360.178265899
4.693-5.90910.2471370.2047271699
5.9091-38.10.28251520.2411270698
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.95030.2928-2.4371.05080.24214.04130.3547-0.53770.5037-0.14250.03880.017-0.62741.1864-0.21570.2878-0.1120.10770.6174-0.11210.403926.754514.424236.7031
22.2010.37480.05420.970.26932.26010.0529-0.2729-0.1955-0.20830.15820.2033-0.3495-0.6982-0.16920.25680.1475-0.01010.44950.16420.406232.754-25.9412.5508
31.3313-0.1562-0.11150.86250.57453.38130.0544-0.04250.0364-0.0272-0.06220.07-0.17470.44180.01440.3031-0.0410.01030.19260.0040.2648-1.627-27.874112.0512
42.31410.3172-0.92641.22850.85743.9150.11930.43310.2456-0.0473-0.01240.1288-0.372-0.7237-0.02950.36650.13810.03070.34180.04810.263-6.734412.556337.0706
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain 'A' and resid 189 through 492)A189 - 492
2X-RAY DIFFRACTION2(chain 'B' and resid 190 through 491)B190 - 491
3X-RAY DIFFRACTION3(chain 'C' and resid 189 through 492)C189 - 492
4X-RAY DIFFRACTION4(chain 'D' and resid 189 through 492)D189 - 492

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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