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- PDB-7dfs: Crystal structure of a novel 4-O-alpha-L-rhamnosyl-beta-D-glucuro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7dfs
タイトルCrystal structure of a novel 4-O-alpha-L-rhamnosyl-beta-D-glucuronidase from Fusarium oxysporum 12S - Rha-GlcA complex
要素4-O-alpha-L-rhamnosyl-beta-D-glucuronidase
キーワードHYDROLASE / TIM barrel / antiparallel beta-sheet
機能・相同性alpha-D-mannopyranose
機能・相同性情報
生物種Fusarium oxysporum (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.49 Å
データ登録者Kondo, T. / Arakawa, T. / Fushinobu, S. / Sakamoto, T.
引用ジャーナル: Febs J. / 年: 2021
タイトル: Biochemical and structural characterization of a novel 4-O-alpha-l-rhamnosyl-beta-d-glucuronidase from Fusarium oxysporum.
著者: Kondo, T. / Kichijo, M. / Nakaya, M. / Takenaka, S. / Arakawa, T. / Kotake, T. / Fushinobu, S. / Sakamoto, T.
履歴
登録2020年11月9日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年3月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年8月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / database_2
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年4月3日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 4-O-alpha-L-rhamnosyl-beta-D-glucuronidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,0676
ポリマ－50,7641
非ポリマー1,3035
水9,836546
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1620 Å2
ΔGint15 kcal/mol
Surface area16410 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.682, 78.567, 127.425
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 / 非ポリマー , 2種, 547分子 A

#1: タンパク質 4-O-alpha-L-rhamnosyl-beta-D-glucuronidase


分子量: 50763.793 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Fusarium oxysporum (菌類) / 株: 12S / 遺伝子: FobglcA / プラスミド: pPICZ-alpha-A / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 株 (発現宿主): X-33 / 参照: beta-glucuronidase
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 546 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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糖 , 4種, 5分子

#2: 多糖 alpha-L-rhamnopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranuronic acid


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 340.280 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
LRhapa1-4DGlcpAb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122A-1b_1-5][a2211m-1a_1-5]/1-2/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-GlcpA]{[(4+1)][a-L-Rhap]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 alpha-L-rhamnopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranuronic acid


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 340.280 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
LRhapa1-4DGlcpAa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122A-1a_1-5][a2211m-1a_1-5]/1-2/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-GlcpA]{[(4+1)][a-L-Rhap]{}}LINUCSPDB-CARE
#4: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#5: 糖 ChemComp-MAN / alpha-D-mannopyranose / alpha-D-mannose / D-mannose / mannose / α-D-マンノピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H12O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DManpaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-D-mannopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-ManpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
ManSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
配列の詳細The amino acid sequence of 4-O-alpha-L-rhamnosyl-beta-D-glucuronidase (FoBGlcA) has been registered ...The amino acid sequence of 4-O-alpha-L-rhamnosyl-beta-D-glucuronidase (FoBGlcA) has been registered in GenBank, DDBj and EMBL. Its accession number is "LC534636".

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.75 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: 30% (v/v) PEG mme 2000, 0.1 M MES-NaOH (pH 6.0), crystal was soaked into 20 mM Rha-GlcA and 20% glycerol at 298K for 5 min

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月24日
放射モノクロメーター: Numerical link type Si(111) double crystal
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.49→49.54 Å / Num. obs: 70690 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 4.54 % / CC1/2: 0.996 / Net I/σ(I): 23.1
反射 シェル解像度: 1.49→1.52 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 3478 / CC1/2: 0.681

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: FoBGlcA ligand-free

解像度: 1.49→49.49 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.978 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.969 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.062 / ESU R Free: 0.066 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1763 3549 5 %RANDOM
Rwork0.1463 ---
obs0.1478 67062 99.57 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 69.43 Å2 / Biso mean: 22.45 Å2 / Biso min: 13.81 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.01 Å2-0 Å20 Å2
2--0 Å2-0 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.49→49.49 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3380 0 85 546 4011
Biso mean--26.86 35.26 -
残基数----457
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.023581
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.023202
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8641.9654901
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg3.91137397
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4795464
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.44624.714140
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.10915504
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.0771510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0990.2566
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.0214128
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0220.02822
LS精密化 シェル解像度: 1.49→1.529 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.298 261 -
Rwork0.261 4897 -
all-5158 -
obs--99.79 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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