PDB-7de5: Crystal structure of yak lactoperoxidase at 1.55 A resolution.

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7de5

タイトル

Crystal structure of yak lactoperoxidase at 1.55 A resolution.

要素

Lactoperoxidase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Lactoperoxidase

機能・相同性

機能・相同性情報

thiocyanate peroxidase activity / detection of chemical stimulus involved in sensory perception of bitter taste / peroxidase / lactoperoxidase activity / basolateral plasma membrane / response to oxidative stress / defense response to bacterium / heme binding / extracellular space / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Bos mutus grunniens (ヤク)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.55 Å

データ登録者

Singh, P.K. / Viswanathan, V. / Sharma, P. / Rani, C. / Ahmad, N. / Kaur, P. / Sharma, S. / Singh, T.P.

引用

ジャーナル: Protein J. / 年: 2021
タイトル: Structure of Yak Lactoperoxidase at 1.55 angstrom Resolution.
著者: Viswanathan, V. / Rani, C. / Ahmad, N. / Singh, P.K. / Sharma, P. / Kaur, P. / Sharma, S. / Singh, T.P.

履歴

登録	2020年11月2日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
置き換え	2020年11月25日	ID: 7CH2
改定 1.0	2020年11月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年2月10日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2021年2月24日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.3	2023年11月29日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7de5.cif.gz	165.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7de5.ent.gz	120.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7de5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7de5_validation.pdf.gz	2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7de5_full_validation.pdf.gz	2 MB	表示
XML形式データ	7de5_validation.xml.gz	32.2 KB	表示
CIF形式データ	7de5_validation.cif.gz	49.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/de/7de5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/de/7de5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7byz PDB 未公開エントリS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6bmt-d 6l5g-d 7dmr-d 4ksz-d 2gjm-d 7dlq-d 3r5o-d 3uba-d 2ips-d 3eri-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#17 - 2001年5月シクロオキシゲナーゼ (Cyclooxygenase) 類似性 (5) #190 - 2015年10月 2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Lactoperoxidase

ヘテロ分子

75.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	53.910, 78.980, 67.820
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 92.960, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	Lactoperoxidase 分子量: 67773.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos mutus grunniens (ヤク) / 参照: UniProt: L8ICE9, peroxidase

-
糖 , 3種, 4分子

#2: 多糖

alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D- ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1072.964 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DManpa1-3DManpa1-6[DManpa1-3]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/3,6,5/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1_e3-f1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 多糖

2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}	LINUCS	PDB-CARE

#5: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₅NO₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

-
非ポリマー , 6種, 665分子

#4: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物	... ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド分子量: 126.904 Da / 分子数: 35 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#7: 化合物	ChemComp-SCN / THIOCYANATE ION / チオシアン酸アニオン分子量: 58.082 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: CNS
#8: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#9: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#10: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 622 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.13 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.32 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.8 詳細: 0.2M AMMONIUM IODIDE, 20% PEG 3350, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, 298K PH範囲: 5-8

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: RRCAT INDUS-2 / ビームライン: PX-BL21 / 波長: 0.97 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2019年9月9日
放射	モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.55→44.53 Å / Num. obs: 81152 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 3.3 % / CC_1/2: 0.99 / R_merge(I) obs: 0.107 / R_pim(I) all: 0.067 / Net I/σ(I): 7.6
反射シェル	解像度: 1.55→1.58 Å / R_merge(I) obs: 0.934 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 5535 / CC_1/2: 0.44 / R_pim(I) all: 0.604 / % possible all: 92.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7BYZ

7byz
PDB 未公開エントリ

解像度: 1.55→43.247 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.959 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.942 / SU B: 2.444 / SU ML: 0.083 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.093 / ESU R Free: 0.095 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.226	1676	2.069 %
R_work	0.1865	79336	-
all	0.187	-	-
obs	-	81012	98.406 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 19.578 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.008 Å²	-0 Å²	-0.015 Å²
2-	-	-0.005 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.014 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.55→43.247 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4770	0	226	622	5618

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.013	5213
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.006	0.017	4865
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.622	1.696	7099
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.491	1.617	11232
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.408	5	624
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.661	21.773	282
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.28	15	858
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.935	15	39
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.085	0.2	666
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	5833
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.006	0.02	1251
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.215	0.2	1149
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.194	0.2	4894
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.172	0.2	2508
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.097	0.2	2212
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.188	0.2	466
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.071	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.095	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.461	0.2	39
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.474	0.2	130
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.254	0.2	40
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.199	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined	0.774	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.975	1.911	2414
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.934	1.907	2408
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.165	2.853	3017
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.165	2.855	3018
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.01	2.125	2799
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.01	2.125	2800
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.095	3.122	4067
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.094	3.123	4068
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.791	23.73	6205
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.79	23.731	6206

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.55-1.59	0.289	140	0.289	5535	X-RAY DIFFRACTION	93.0938
1.59-1.634	0.301	120	0.294	5453	X-RAY DIFFRACTION	94.5538
1.634-1.681	0.324	117	0.27	5390	X-RAY DIFFRACTION	95.874
1.681-1.733	0.248	102	0.247	5310	X-RAY DIFFRACTION	97.2507
1.733-1.789	0.263	122	0.222	5190	X-RAY DIFFRACTION	98.3158
1.789-1.852	0.229	114	0.209	5087	X-RAY DIFFRACTION	99.1422
1.852-1.922	0.261	83	0.232	4955	X-RAY DIFFRACTION	99.5849
1.922-2	0.241	98	0.193	4756	X-RAY DIFFRACTION	99.9382
2-2.089	0.231	96	0.185	4556	X-RAY DIFFRACTION	100
2.089-2.19	0.238	81	0.175	4385	X-RAY DIFFRACTION	100
2.19-2.309	0.242	98	0.196	4159	X-RAY DIFFRACTION	99.9296
2.309-2.448	0.201	71	0.155	3947	X-RAY DIFFRACTION	99.9751
2.448-2.617	0.184	81	0.146	3693	X-RAY DIFFRACTION	100
2.617-2.825	0.231	73	0.168	3496	X-RAY DIFFRACTION	100
2.825-3.094	0.233	58	0.163	3157	X-RAY DIFFRACTION	100
3.094-3.457	0.18	57	0.156	2882	X-RAY DIFFRACTION	100
3.457-3.987	0.163	48	0.149	2581	X-RAY DIFFRACTION	100
3.987-4.873	0.179	50	0.147	2157	X-RAY DIFFRACTION	100
4.873-6.848	0.276	54	0.194	1684	X-RAY DIFFRACTION	100
6.848-10	0.183	13	0.183	963	X-RAY DIFFRACTION	98.7854

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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