PDB-7de0: Crystal structure of FtmOx1 Y224F mutation

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7de0

タイトル

Crystal structure of FtmOx1 Y224F mutation

要素

FtmOx1

キーワード

ALLERGEN / FtmOX1 / endoperoxidation / a-Ketoglutarate / mononuclear non-haem iron enzyme / catalytic mechanism

機能・相同性

:

機能・相同性情報

生物種

Aspergillus fumigatus AF210 (カビ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Wang, F. / Gao, Y.Q. / Gan, J.H. / Cao, C.Y.

資金援助

中国, 2件

組織	認可番号	国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)	21807105, 91753119, 21977110 and 21778065	中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)	2017YFE0108200 and 2016YFA0502302	中国

引用

ジャーナル: Catalysis Science And Technology / 年: 2023
タイトル: Structure-based Insights into Mechanism of Endoperoxidase FtmOx1 Catalyzed Reactions
著者: Wang, F. / Gao, Y.Q. / Wang, C.X. / Lan, W.X. / Gan, J.H. / Cao, C.Y.

履歴

登録	2020年10月31日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2021年11月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年5月24日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7de0.cif.gz	446.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7de0.ent.gz	366.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7de0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/de/7de0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/de/7de0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4y5tS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6oxj-d 3rrx-d 2dzt-d 4ww8-1 3gdt-1 1mjf-d 5c4c-1 5dav-1 5oa7-1 5c4f-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

B: FtmOx1

A: FtmOx1

C: FtmOx1

D: FtmOx1

ヘテロ分子

135 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

B: FtmOx1

C: FtmOx1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
67.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

A: FtmOx1

D: FtmOx1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
67.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	45.436, 136.740, 180.628
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	FtmOx1 分子量: 33758.598 Da / 分子数: 4 / 変異: Y224F / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aspergillus fumigatus AF210 (カビ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物	ChemComp-FE / FE (III) ION 分子量: 55.845 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 47 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.08 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.8 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 100 mM Bicine, 300mM MgCl2, PEG 2000

-
データ収集

回折

平均測定温度: 98 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9793 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月26日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9793 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.4→30 Å / Num. obs: 45093 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 7.9 % / B_iso Wilson estimate: 31.84 Å² / R_merge(I) obs: 0.123 / R_pim(I) all: 0.04 / R_rim(I) all: 0.13 / Χ²: 0.982 / Net I/σ(I): 6.3 / Num. measured all: 356990

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.4-2.49	4.3	0.429	4199	0.354	0.212	0.483	0.797	94.6
2.49-2.59	5	0.421	4415	0.449	0.194	0.467	0.834	98.2
2.59-2.7	5.7	0.412	4466	0.609	0.178	0.452	0.854	98.9
2.7-2.85	6	0.366	4460	0.72	0.154	0.399	0.925	98.9
2.85-3.02	7.4	0.322	4482	0.874	0.12	0.345	0.976	99.4
3.02-3.26	8.2	0.26	4504	0.944	0.091	0.277	1.058	99.5
3.26-3.58	8.9	0.187	4511	0.982	0.062	0.197	1.102	99.6
3.58-4.1	10.1	0.13	4579	0.992	0.041	0.136	1.118	99.8
4.1-5.16	11.5	0.096	4640	0.996	0.028	0.1	1.044	99.8
5.16-30	11.4	0.081	4837	0.995	0.024	0.085	0.86	99.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-3000		データスケーリング
PHENIX	1.10.1_2155	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
HKL-3000		データ削減
HKL2Map		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4Y5T

4y5t

解像度: 2.4→29.728 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.51 / 位相誤差: 25.36 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2631	1969	5.02 %
R_work	0.2155	37236	-
obs	0.2179	39205	86.98 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 100.54 Å² / B_iso mean: 30.0744 Å² / B_iso min: 13.83 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.4→29.728 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8935	0	4	47	8986
B_iso mean	-	-	36.77	21.65	-
残基数	-	-	-	-	1134

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	9153
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.866	12465
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.048	1401
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1646
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.934	5591

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
2.4-2.46	0.304	58	0.2623	1104	37
2.46-2.5265	0.3154	76	0.2686	1461	48
2.5265-2.6008	0.3164	105	0.2887	1884	64
2.6008-2.6847	0.3312	139	0.2845	2467	81
2.6847-2.7806	0.3224	127	0.2679	2749	91
2.7806-2.8918	0.3047	177	0.2639	2885	97
2.8918-3.0233	0.332	144	0.2526	3050	99
3.0233-3.1826	0.2805	154	0.2423	2995	99
3.1826-3.3817	0.2923	167	0.2319	3031	99
3.3817-3.6424	0.2764	158	0.2048	3047	100
3.6424-4.0081	0.258	155	0.1945	3076	100
4.0081-4.5863	0.1974	180	0.1765	3083	100
4.5863-5.7713	0.2467	172	0.1843	3120	100
5.7713-29.728	0.2191	157	0.1891	3284	100

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -6.2634 Å / Origin y: 3.2059 Å / Origin z: -19.1317 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.1615 Å²	-0.0198 Å²	0.0039 Å²	-	0.215 Å²	-0.0147 Å²	-	-	0.1912 Å²
L	0.4824 °²	0.3815 °²	-0.3717 °²	-	0.6926 °²	-0.5821 °²	-	-	0.7347 °²
S	0.0607 Å °	-0.0895 Å °	-0.02 Å °	0.1339 Å °	-0.0204 Å °	-0.0167 Å °	-0.1633 Å °	0.0056 Å °	-0.0201 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: all

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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