PDB-7ddw: Crystal structure of a mutant Staphylococcus equorum manganese su...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7ddw

タイトル

Crystal structure of a mutant Staphylococcus equorum manganese superoxide dismutase S126C

要素

Superoxide dismutase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / superoxide dismutase / Staphylococcus equorum / disulfide bond

機能・相同性

機能・相同性情報

superoxide dismutase / superoxide dismutase activity / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Staphylococcus equorum (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.88 Å

データ登録者

Retnoningrum, D.S. / Yoshida, H. / Razani, M.D. / Meidianto, V.F. / Hartanto, A. / Artarini, A. / Ismaya, W.T.

引用

ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2021
タイトル: The role of S126 in the Staphylococcus equorum MnSOD activity and stability.
著者: Retnoningrum, D.S. / Yoshida, H. / Razani, M.D. / Muliadi, R. / Meidianto, V.F. / Artarini, A. / Ismaya, W.T.

履歴

登録	2020年10月30日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2021年4月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年4月14日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.2	2021年4月21日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.journal_volume / _citation_author.name
改定 1.3	2023年11月29日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.4	2024年10月30日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7ddw.cif.gz	527.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7ddw.ent.gz	431.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7ddw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7ddw_validation.pdf.gz	471.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7ddw_full_validation.pdf.gz	481.7 KB	表示
XML形式データ	7ddw_validation.xml.gz	52.6 KB	表示
CIF形式データ	7ddw_validation.cif.gz	76.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dd/7ddw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dd/7ddw	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5x2jS 6m30 S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6m30-3 5x2j-1 1ix9-d 1mng-d 6ex5-d 6qv8-d 1en6-1 2rcv-3 2rcv-1 2cw2-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#94 - 2007年10月スーパーオキシドジスムターゼ (Superoxide Dismutase) 類似性 (11)

登録構造単位

A: Superoxide dismutase

B: Superoxide dismutase

C: Superoxide dismutase

D: Superoxide dismutase

E: Superoxide dismutase

F: Superoxide dismutase

ヘテロ分子

141 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Superoxide dismutase

B: Superoxide dismutase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, Dimer form was confirmed in wild-type enzyme.
47.1 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Superoxide dismutase

D: Superoxide dismutase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
47.1 kDa, 2 ポリマー
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3

E: Superoxide dismutase

F: Superoxide dismutase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
47.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	69.287, 131.732, 80.188
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 110.350, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ALA / Beg label comp-ID: ALA / Refine code: 1

Dom-ID	Ens-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	ALA	ALA	A	A	2 - 197	2 - 197
2	1	ALA	ALA	B	B	2 - 197	2 - 197
1	2	LYS	LYS	A	A	2 - 199	2 - 199
2	2	LYS	LYS	C	C	2 - 199	2 - 199
1	3	LYS	LYS	A	A	2 - 199	2 - 199
2	3	LYS	LYS	D	D	2 - 199	2 - 199
1	4	LYS	LYS	A	A	2 - 199	2 - 199
2	4	LYS	LYS	E	E	2 - 199	2 - 199
1	5	LYS	LYS	A	A	2 - 199	2 - 199
2	5	LYS	LYS	F	F	2 - 199	2 - 199
1	6	ALA	ALA	B	B	2 - 197	2 - 197
2	6	ALA	ALA	C	C	2 - 197	2 - 197
1	7	ALA	ALA	B	B	2 - 197	2 - 197
2	7	ALA	ALA	D	D	2 - 197	2 - 197
1	8	ALA	ALA	B	B	2 - 197	2 - 197
2	8	ALA	ALA	E	E	2 - 197	2 - 197
1	9	ALA	ALA	B	B	2 - 197	2 - 197
2	9	ALA	ALA	F	F	2 - 197	2 - 197
1	10	LYS	LYS	C	C	2 - 199	2 - 199
2	10	LYS	LYS	D	D	2 - 199	2 - 199
1	11	LYS	LYS	C	C	2 - 199	2 - 199
2	11	LYS	LYS	E	E	2 - 199	2 - 199
1	12	LYS	LYS	C	C	2 - 199	2 - 199
2	12	LYS	LYS	F	F	2 - 199	2 - 199
1	13	LYS	LYS	D	D	2 - 199	2 - 199
2	13	LYS	LYS	E	E	2 - 199	2 - 199
1	14	LYS	LYS	D	D	2 - 199	2 - 199
2	14	LYS	LYS	F	F	2 - 199	2 - 199
1	15	LYS	LYS	E	E	2 - 199	2 - 199
2	15	LYS	LYS	F	F	2 - 199	2 - 199

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(1), (1), (1)
2	given	(-0.9999, 0.008988, -0.010892), (-0.012385, -0.187607, 0.982166), (0.006784, 0.982203, 0.187699)	27.05673, -33.70409, 27.854759
3	given	(1), (1), (1)
4	given	(0.999883, 0.014029, 0.006159), (0.011115, -0.387495, -0.921805), (-0.010546, 0.921765, -0.387605)	-0.27145, -11.32766, 35.969688
5	given	(1), (1), (1)
6	given	(-0.999993, -0.003783, 5.2E-5), (-0.003709, 0.977579, -0.210537), (0.000746, -0.210535, -0.977586)	26.932699, 3.40154, 23.72019
7	given	(1), (1), (1)
8	given	(0.997199, 0.010822, 0.074009), (-0.057516, -0.52161, 0.851243), (0.047816, -0.853115, -0.519527)	-1.09222, -35.26965, 7.93956
9	given	(1), (1), (1)
10	given	(-0.99746, -0.001142, -0.07122), (0.049094, -0.735458, -0.675789), (-0.051608, -0.677569, 0.733646)	28.09701, -19.242849, -5.14346
11	given	(1), (1), (1)
12	given	(-0.999991, -0.002887, 0.003006), (-0.003449, 0.978112, -0.20805), (-0.002339, -0.208059, -0.978114)	27.1073, 3.52229, 23.798771
13	given	(1), (1), (1)
14	given	(0.999932, -0.010984, -0.003881), (-0.007853, -0.389419, -0.921027), (0.008605, 0.920995, -0.389479)	-0.36874, -11.01715, 35.650558
15	given	(1), (1), (1)
16	given	(-0.996109, -0.007623, -0.087801), (0.064693, -0.739793, -0.669717), (-0.059849, -0.672791, 0.737408)	28.139771, -19.49263, -4.97295
17	given	(1), (1), (1)
18	given	(0.996474, 0.00864, 0.083457), (-0.066382, -0.527149, 0.847176), (0.051314, -0.849729, -0.524717)	-1.29476, -35.156139, 7.93415
19	given	(1), (1), (1)
20	given	(-0.999922, 0.009462, 0.008124), (-0.012079, -0.572899, -0.819537), (-0.003101, -0.819571, 0.572969)	27.493839, -16.612431, -8.65963
21	given	(1), (1), (1)
22	given	(0.995919, 0.013952, 0.089168), (0.080495, -0.58414, -0.807652), (0.040818, 0.811533, -0.582879)	-0.79916, -16.573919, 32.92955
23	given	(1), (1), (1)
24	given	(-0.996221, -0.002007, -0.086831), (-0.081001, -0.339327, 0.937175), (-0.031345, 0.940666, 0.337882)	28.72031, -34.41111, 23.41312
25	given	(1), (1), (1)
26	given	(-0.996917, -0.009405, -0.077897), (-0.070428, -0.330366, 0.941222), (-0.034587, 0.943806, 0.328685)	28.168261, -34.376431, 23.56716
27	given	(1), (1), (1)
28	given	(0.997217, 0.003294, 0.074481), (0.062737, -0.576798, -0.814474), (0.040278, 0.81688, -0.5754)	-1.10613, -16.09099, 32.972599
29	given	(1), (1), (1)
30	given	(-0.999953, 0.009222, 0.002948), (0.00806, 0.961627, -0.27424), (-0.005363, -0.274204, -0.961657)	27.576731, 3.10491, 22.600771

#1: タンパク質	Superoxide dismutase 分子量: 23518.092 Da / 分子数: 6 / 変異: D13R, S126C / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Staphylococcus equorum (バクテリア) 遺伝子: AST02_02815 / プラスミド: pJExpress414 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1E5TT85, superoxide dismutase
#2: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 993 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.43 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.41 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: Magnesium chloride, Calcium chloride, Imidazole, MES, PEG 550 MME, PEG 20000

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Photon Factory

/ ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月9日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.88→46.25 Å / Num. obs: 106216 / % possible obs: 97.3 % / 冗長度: 3.5 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.06 / R_pim(I) all: 0.037 / R_rim(I) all: 0.071 / Net I/σ(I): 10.8 / Num. measured all: 370052 / Scaling rejects: 21

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / 冗長度: 3.6 %

解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Num. measured all	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Net I/σ(I) obs	% possible all
1.88-1.91	0.508	18840	5216	0.851	0.31	0.597	2.1	96.3
10.3-46.25	0.018	2429	675	1	0.011	0.021	37.9	97.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
Aimless	0.7.4	データスケーリング
REFMAC	5.8.0258	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5X2J

5x2j

解像度: 1.88→42.44 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.968 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.932 / SU B: 10.182 / SU ML: 0.127 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.412 / ESU R Free: 0.139 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2218	5222	4.9 %	RANDOM
R_work	0.1567	-	-	-
obs	0.1599	100960	97.14 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 109.42 Å² / B_iso mean: 26.218 Å² / B_iso min: 9.91 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.16 Å²	-0 Å²	0.05 Å²
2-	-	-0.17 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.02 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.88→42.44 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9567	0	6	993	10566
B_iso mean	-	-	19.39	34.79	-
残基数	-	-	-	-	1187

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.005	0.013	9858
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	8627
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.228	1.635	13453
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.27	1.574	20141
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	14.803	5.298	1223
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.028	25.065	539
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.654	15	1557
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.02	15	24
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.055	0.2	1241
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	12149
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0	0.02	1979
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	9.011	3	18485

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	1599	TIGHT POSITIONAL	0.31	0.11
1	A	1599	TIGHT POSITIONAL	0.33	0.11
1	A	1599	TIGHT POSITIONAL	0.37	0.11
1	A	1599	TIGHT POSITIONAL	0.31	0.11
1	A	1599	TIGHT POSITIONAL	0.36	0.11
1	A	1599	TIGHT POSITIONAL	0.26	0.11
1	A	1585	TIGHT THERMAL	12.42	1.12
2	A	1599	TIGHT THERMAL	9.53	1.12
3	A	1599	TIGHT THERMAL	5.45	1.12
4	A	1599	TIGHT THERMAL	10.43	1.12
5	A	1599	TIGHT THERMAL	12.58	1.12
6	B	1585	TIGHT THERMAL	7.78	1.12
7	B	1585	TIGHT THERMAL	11.66	1.12
8	B	1585	TIGHT THERMAL	12.3	1.12
9	B	1585	TIGHT THERMAL	12.33	1.12
10	C	1599	TIGHT THERMAL	8.43	1.12
11	C	1599	TIGHT THERMAL	10.37	1.12
12	C	1599	TIGHT THERMAL	11.18	1.12
13	D	1599	TIGHT THERMAL	10.06	1.12
14	D	1599	TIGHT THERMAL	11.84	1.12
15	E	1599	TIGHT THERMAL	5.87	1.12

LS精密化シェル

解像度: 1.88→1.929 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.296	379	-
R_work	0.208	7341	-
all	-	7720	-
obs	-	-	95.96 %

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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