PDB-7ddv: Crystal structure of M.tuberculosis imidazole glycerol phosphate ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7ddv

タイトル

Crystal structure of M.tuberculosis imidazole glycerol phosphate dehydratase in complex with an inhibitor

要素

Imidazoleglycerol-phosphate dehydratase

キーワード

LYASE/LYASE INHIBITOR / Inhibitor /

LYASE (リアーゼ) / LYASE-LYASE INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

imidazoleglycerol-phosphate dehydratase /

imidazoleglycerol-phosphate dehydratase activity / L-histidine biosynthetic process /

metal ion binding /

細胞質
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium tuberculosis (結核菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Tiwari, S. / Pal, R.K. / Biswal, B.K.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of M.tuberculosis imidazole glycerol phosphate dehydratase in complex with an inhibitor
著者: Tiwari, S. / Pal, R.K. / Biswal, B.K.

履歴

登録	2020年10月29日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2021年11月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7ddv.cif.gz	59.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7ddv.ent.gz	38.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7ddv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dd/7ddv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dd/7ddv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7dnqC 7fcyC 4gquS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6khh-1 4gqu-1 4lpf-1 4lom-1 5zqn-1 5xds-1 4qnk-1 6yjh-1 2f1d-1 2f1d-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Imidazoleglycerol-phosphate dehydratase

ヘテロ分子

24 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Imidazoleglycerol-phosphate dehydratase

ヘテロ分子

x 24

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
577 kDa, 24 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1
crystal symmetry operation	2_555	-x,-y,z	1
crystal symmetry operation	3_555	-x,y,-z	1
crystal symmetry operation	4_555	x,-y,-z	1
crystal symmetry operation	5_555	z,x,y	1
crystal symmetry operation	6_555	z,-x,-y	1
crystal symmetry operation	7_555	-z,-x,y	1
crystal symmetry operation	8_555	-z,x,-y	1
crystal symmetry operation	9_555	y,z,x	1
crystal symmetry operation	10_555	-y,z,-x	1
crystal symmetry operation	11_555	y,-z,-x	1
crystal symmetry operation	12_555	-y,-z,x	1
crystal symmetry operation	13_555	y,x,-z	1
crystal symmetry operation	14_555	-y,-x,-z	1
crystal symmetry operation	15_555	y,-x,z	1
crystal symmetry operation	16_555	-y,x,z	1
crystal symmetry operation	17_555	x,z,-y	1
crystal symmetry operation	18_555	-x,z,y	1
crystal symmetry operation	19_555	-x,-z,-y	1
crystal symmetry operation	20_555	x,-z,y	1
crystal symmetry operation	21_555	z,y,-x	1
crystal symmetry operation	22_555	z,-y,x	1
crystal symmetry operation	23_555	-z,y,x	1
crystal symmetry operation	24_555	-z,-y,-x	1

単位格子

Length a, b, c (Å)	111.829, 111.829, 111.829
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	207
Space group name H-M	P432

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-305- CL
2	1	A-501- HOH
3	1	A-521- HOH
4	1	A-525- HOH

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	Imidazoleglycerol-phosphate dehydratase / / IGPD 分子量: 23633.516 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌) 株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: hisB, Rv1601, MTCY336.03c / 発現宿主: Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア) 参照: UniProt: P9WML9, imidazoleglycerol-phosphate dehydratase

#1: タンパク質

Imidazoleglycerol-phosphate dehydratase /

/ IGPD

分子量: 23633.516 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: hisB, Rv1601, MTCY336.03c / 発現宿主:

Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア)
参照: UniProt: P9WML9,

imidazoleglycerol-phosphate dehydratase

-
非ポリマー , 5種, 131分子

#2: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物	ChemComp-H3L / (1S)-1-(2-methyl-1,2,4-triazol-3-yl)ethanamine 分子量: 126.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₁₀N₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 125 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.47 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.11 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 9 詳細: 20% PEG1500, 0.2M sodium citrate tribasic dehydrate, 0.1M Tris HCL, pH 9.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.54178 Å
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2020年9月29日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→35 Å / Num. obs: 12742 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 21.5 % / CC_1/2: 0.92 / Net I/σ(I): 13.56
反射シェル	解像度: 2.2→2.28 Å / Num. unique obs: 1230 / CC_1/2: 0.718

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4GQU

4gqu

解像度: 2.2→33.74 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.965 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.934 / SU B: 5.034 / SU ML: 0.122 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.186 / ESU R Free: 0.167 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2048	628	4.929 %
R_work	0.1557	12114	-
all	0.158	-	-
obs	-	12742	99.922 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 24.539 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2
1-	0 Å²	0 Å²
2-	-	0 Å²
3-	-	-

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→33.74 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1457	0	19	125	1601

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.013	1515
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	1395
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.577	1.654	2066
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.358	1.583	3209
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.491	5	195
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.17	20.349	86
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.454	15	227
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.53	15	15
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.068	0.2	208
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	1742
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	331
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.197	0.2	308
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.189	0.2	1324
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.154	0.2	714
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.081	0.2	733
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.161	0.2	89
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.163	0.2	27
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.214	0.2	69
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.222	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.716	2.441	765
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.708	2.435	764
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.642	3.645	956
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.641	3.652	957
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.416	2.749	750
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.415	2.753	751
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.831	3.998	1107
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.829	4.002	1108
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.181	29.277	1638
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.153	28.963	1613

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.2-2.256	0.349	39	0.274	877	X-RAY DIFFRACTION	100
2.256-2.318	0.284	55	0.25	844	X-RAY DIFFRACTION	100
2.318-2.385	0.281	50	0.216	810	X-RAY DIFFRACTION	100
2.385-2.458	0.209	40	0.202	803	X-RAY DIFFRACTION	100
2.458-2.539	0.202	34	0.18	788	X-RAY DIFFRACTION	100
2.539-2.628	0.193	41	0.171	745	X-RAY DIFFRACTION	100
2.628-2.727	0.221	37	0.164	758	X-RAY DIFFRACTION	100
2.727-2.838	0.216	25	0.155	704	X-RAY DIFFRACTION	100
2.838-2.964	0.171	31	0.126	680	X-RAY DIFFRACTION	100
2.964-3.109	0.128	36	0.128	653	X-RAY DIFFRACTION	100
3.109-3.277	0.252	33	0.154	627	X-RAY DIFFRACTION	100
3.277-3.475	0.203	27	0.15	591	X-RAY DIFFRACTION	100
3.475-3.715	0.222	35	0.13	555	X-RAY DIFFRACTION	100
3.715-4.012	0.151	27	0.125	531	X-RAY DIFFRACTION	100
4.012-4.395	0.164	30	0.111	489	X-RAY DIFFRACTION	100
4.395-4.913	0.164	25	0.109	441	X-RAY DIFFRACTION	100
4.913-5.671	0.237	18	0.131	411	X-RAY DIFFRACTION	100
5.671-6.941	0.171	20	0.15	346	X-RAY DIFFRACTION	100
6.941-9.797	0.203	13	0.147	285	X-RAY DIFFRACTION	100
9.797-33.7	0.26	12	0.204	178	X-RAY DIFFRACTION	95

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