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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7dbs | ||||||
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タイトル | Crystal Structure Of Biotin Protein Ligase From Leishmania Major in complex with Biotin | ||||||
![]() | Biotin/lipoate protein ligase-like protein | ||||||
![]() | LIGASE / Biotin protein ligase / Enzyme | ||||||
機能・相同性 | ![]() biotin-[biotin carboxyl-carrier protein] ligase / biotin--[biotin carboxyl-carrier protein] ligase activity / protein modification process / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Rajak, M. / Sundd, M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Leishmania major biotin protein ligase forms a unique cross-handshake dimer. 著者: Rajak, M.K. / Bhatnagar, S. / Pandey, S. / Kumar, S. / Verma, S. / Patel, A.K. / Sundd, M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 132.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 84.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 713.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 715.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 12.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 15.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 6jhuS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 30560.057 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: LMJF_31_1070 / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q4Q6F6, biotin-[biotin carboxyl-carrier protein] ligase |
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#2: 化合物 | ChemComp-BTN / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.9 % |
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結晶化 | 温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 19.5% PEG 3350, 200 mM Ammonium sulfate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 277.15 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年7月23日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979507 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.33→52.84 Å / Num. obs: 11509 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 64.68 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Rpim(I) all: 0.027 / Net I/σ(I): 13.2 |
反射 シェル | 解像度: 2.332→2.372 Å / Rmerge(I) obs: 0.631 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique obs: 567 / CC1/2: 0.949 / Rpim(I) all: 0.258 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 6JHU 解像度: 2.33→52.84 Å / SU ML: 0.3804 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 39.9543 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 79.59 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.33→52.84 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 36.135690271 Å / Origin y: 0.685091776768 Å / Origin z: 38.7954802389 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: all |