PDB-7db2: Crystal structure of Drosophila melanogaster Noppera-bo, glutathi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7db2

タイトル

Crystal structure of Drosophila melanogaster Noppera-bo, glutathione S-transferase epsilon 14 (DmGSTE14), in GS-dimedone-bound form

要素

Glutathione S-transferase E14

キーワード

TRANSFERASE / Drosophila melanogaster / Glutathione S-transferase / GST / GSTE14 / Inhibitor / Ecdysteroid

機能・相同性

機能・相同性情報

ecdysteroid biosynthetic process / steroid delta-isomerase activity / glutathione transferase / glutathione transferase activity / glutathione metabolic process / cholesterol homeostasis / response to toxic substance / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.4 Å

データ登録者

Koiwai, K. / Inaba, K. / Yumoto, F. / Senda, T. / Niwa, R.

資金援助

日本, 3件

組織	認可番号	国
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)	18am0101113j0002	日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)	15K14719	日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)	18K19163	日本

引用

ジャーナル: J Pestic Sci / 年: 2021
タイトル: Non-steroidal inhibitors of Drosophila melanogaster steroidogenic glutathione S -transferase Noppera-bo
著者: Koiwai, K. / Morohashi, K. / Inaba, K. / Ebihara, K. / Kojima, H. / Okabe, T. / Yoshino, R. / Hirokawa, T. / Nampo, T. / Fujikawa, Y. / Inoue, H. / Yumoto, F. / Senda, T. / Niwa, R.

履歴

登録	2020年10月18日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2021年2月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年3月31日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年11月29日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _citation.country / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7db2.cif.gz	120.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7db2.ent.gz	90.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7db2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7db2_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7db2_full_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示
XML形式データ	7db2_validation.xml.gz	23.7 KB	表示
CIF形式データ	7db2_validation.cif.gz	34.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/db/7db2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/db/7db2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7daxC 7dayC 7dazC 7db0C 7db1C 7db3C 7db4C 6kemS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7db1-d 6kep-d 7day-d 7dax-d 3kxo-d 7db4-d 7daz-d 6ker-d 3ee2-d 6ken-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#212 - 2017年8月グルタチオン転移酵素 (Glutathione Transferases) 類似性 (10) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (9)

登録構造単位

A: Glutathione S-transferase E14

B: Glutathione S-transferase E14

ヘテロ分子

56.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	58.676, 75.887, 106.174
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質	Glutathione S-transferase E14 / Protein noppera-bo 分子量: 27543.766 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) 遺伝子: GstE14, GSTD14-14, nobo, CG4688 / プラスミド: pCOLD_III / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7JYX0, glutathione transferase
#2: 化合物	ChemComp-DC1 / 5,5-DIMETHYLCYCLOHEXANE-1,3-DIONE / 2,2 DIMETHYL,1,6 CYCLOHEXA DIONE / DIMEDONE / ジメドン分子量: 140.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₂O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-GSH / GLUTATHIONE / グルタチオン分子量: 307.323 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₇N₃O₆S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 445 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
非ポリマーの詳細	Linked ligands DC1+GSH were chemically synthesized as glutathionylated dimedone (GS-dimedone).

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.15 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.67 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 34% (v/v) PPG400 in 80mM Bis-Tris, pH 6.4

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NE3A / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月15日
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.4→34.944 Å / Num. obs: 93907 / % possible obs: 99.98 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 12.9 % / B_iso Wilson estimate: 20.257597051 Å² / CC_1/2: 0.999 / CC star: 1 / R_merge(I) obs: 0.0448 / R_rim(I) all: 0.0467 / Net I/σ(I): 29.12
反射シェル	解像度: 1.4→1.45 Å / 冗長度: 12.3 % / R_merge(I) obs: 0.0448 / Num. unique obs: 9280 / CC_1/2: 0.835 / CC star: 0.954 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
XDS	Jun 17, 2015	データ削減
Aimless	0.5.15	データスケーリング
MOLREP	11.7.02	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6KEM

6kem

解像度: 1.4→34.94 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.34 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2187	4643	4.94 %
R_work	0.1951	-	-
obs	0.1962	93905	99.98 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.4→34.94 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3554	0	68	445	4067

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	3913
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.035	5328
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.236	1458
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.065	588
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	703

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.4-1.4159	0.357	160	0.3356	2949	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4159-1.4326	0.3414	154	0.3283	2957	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4326-1.45	0.3505	165	0.3077	2895	X-RAY DIFFRACTION	100
1.45-1.4684	0.3419	145	0.296	2947	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4684-1.4877	0.3258	149	0.2867	2938	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4877-1.5081	0.3205	117	0.2744	2994	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5081-1.5296	0.2836	149	0.2723	2922	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5296-1.5525	0.2939	156	0.2611	2979	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5525-1.5767	0.3084	158	0.2513	2930	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5767-1.6026	0.2958	154	0.2536	2932	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6026-1.6302	0.2927	152	0.253	2991	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6302-1.6599	0.2743	148	0.243	2933	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6599-1.6918	0.282	133	0.2428	2947	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6918-1.7263	0.2822	138	0.2495	3008	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7263-1.7639	0.3032	158	0.2483	2938	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7639-1.8049	0.2783	162	0.2449	2947	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8049-1.85	0.253	158	0.2414	2970	X-RAY DIFFRACTION	100
1.85-1.9	0.2784	164	0.2359	2942	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9-1.9559	0.2217	156	0.2209	2989	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9559-2.0191	0.2126	147	0.2236	2948	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0191-2.0912	0.2494	163	0.2108	2972	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0912-2.1749	0.2214	153	0.197	2993	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1749-2.2739	0.2367	165	0.1963	2941	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2739-2.3938	0.18	142	0.1942	3005	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3938-2.5437	0.224	168	0.1917	2993	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5437-2.74	0.2021	179	0.1861	2991	X-RAY DIFFRACTION	100
2.74-3.0156	0.2174	156	0.1844	2993	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0156-3.4517	0.1921	174	0.1708	3036	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4517-4.3474	0.1656	151	0.1459	3070	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3474-34.94	0.1831	169	0.1609	3212	X-RAY DIFFRACTION	100

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)