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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7d9l | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of E. coli Grx2: Enzyme inhibited state in complex with Zinc and glutathione sulfinic acid | |||||||||
要素 | Glutaredoxin | |||||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / E. coli / GRX2 / Zinc / Glutathione sulfinic acid / Enzyme inhibition | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.61 Å | |||||||||
データ登録者 | Sreekumar, S.N. / Arockiasamy, A. | |||||||||
資金援助 | インド, 2件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Crystal structure of E. coli Grx2: Enzyme inhibited state in complex with Zinc and glutathione sulfinic acid 著者: Sreekumar, S.N. / Arockiasamy, A. #1: ジャーナル: J Mol Biol / 年: 2001 タイトル: Solution structure of Escherichia coli glutaredoxin-2 shows similarity to mammalian glutathione-S-transferases. 著者: Xia, B. / Vlamis-Gardikas, A. / Holmgren, A. / Wright, P.E. / Dyson, H.J. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7d9l.cif.gz | 108.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7d9l.ent.gz | 80.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7d9l.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7d9l_validation.pdf.gz | 2.3 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7d9l_full_validation.pdf.gz | 2.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7d9l_validation.xml.gz | 11.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7d9l_validation.cif.gz | 16.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d9/7d9l ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d9/7d9l | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 4kx4S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 24383.229 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: grxB / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: C3TEC2 |
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-非ポリマー , 6種, 162分子
#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-CL / | #4: 化合物 | ChemComp-SO4 / | #5: 化合物 | ChemComp-GSF / | #6: 化合物 | ChemComp-OXY / | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.81 % / 解説: 2D plates. |
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結晶化 | 温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 25mg/ml in 25mM Tris pH 8.0, 150 mM NaCl, 20 mM GSH, 10 mM DHA 0.01M Zinc sulfate heptahydrate, 0.1M MES monohydrate pH6.5, 25%v/v Polyethylene glycol monomethyl ether 550, Protein and ...詳細: 25mg/ml in 25mM Tris pH 8.0, 150 mM NaCl, 20 mM GSH, 10 mM DHA 0.01M Zinc sulfate heptahydrate, 0.1M MES monohydrate pH6.5, 25%v/v Polyethylene glycol monomethyl ether 550, Protein and reservoir mixed in 1:1, 1:2 and 2:1 ratio, set up using MRC Swissci 3 well plates with drop size 150 nl. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.984 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月16日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.984 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.6→42.35 Å / Num. obs: 28045 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 6.3 % / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.191 / Rpim(I) all: 0.082 / Rrim(I) all: 0.208 / Net I/σ(I): 11.7 |
反射 シェル | 解像度: 1.6→1.628 Å / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 1.207 / Num. unique obs: 1401 / CC1/2: 0.555 / Rpim(I) all: 0.525 / Rrim(I) all: 1.32 / % possible all: 99.4 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4KX4 解像度: 1.61→42.319 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.974 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.957 / SU B: 3.591 / SU ML: 0.054 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.095 / ESU R Free: 0.08 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 64.55 Å2 / Biso mean: 13.839 Å2 / Biso min: 5.17 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.61→42.319 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.61→1.648 Å / Rfactor Rfree error: 0
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