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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7d8m | ||||||
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タイトル | Crystal structure of DyP | ||||||
要素 | Dye-decolorizing peroxidase | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / dye-decolorizing peroxidase | ||||||
機能・相同性 | DyP-type peroxidase family. / Dyp-type peroxidase / Dimeric alpha-beta barrel / peroxidase activity / heme binding / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / OXYGEN MOLECULE / Dye-decolorizing peroxidase 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Irpex lacteus (ウスバタケ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | He, C. / Jia, R. / Wang, T. / Li, L.Q. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biotechnol Biofuels / 年: 2021 タイトル: Revealing two important tryptophan residues with completely different roles in a dye-decolorizing peroxidase from Irpex lacteus F17. 著者: Li, L. / Wang, T. / Chen, T. / Huang, W. / Zhang, Y. / Jia, R. / He, C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7d8m.cif.gz | 112.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7d8m.ent.gz | 82 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7d8m.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d8/7d8m ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d8/7d8m | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 3afvS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 50042.988 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Irpex lacteus (ウスバタケ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2P1C6N4 |
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#2: 化合物 | ChemComp-HEM / |
#3: 化合物 | ChemComp-OXY / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.88 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.2M Ammonium acetate, 0.1M Sodium acetate trihydrate, 30% w/v PEG 4000, pH 4.9 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.987 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年7月5日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.987 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2→40 Å / Num. obs: 35763 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 10.1 % / Rmerge(I) obs: 0.125 / Rpim(I) all: 0.041 / Rrim(I) all: 0.132 / Χ2: 0.466 / Net I/σ(I): 2.9 / Num. measured all: 360800 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3afv 解像度: 2→30.399 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 23.11 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 78.43 Å2 / Biso mean: 32.5222 Å2 / Biso min: 18.35 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2→30.399 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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