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- PDB-7d85: Crystal structure of anti-ErbB3 Fab ISU104 in complex with human ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7d85
タイトルCrystal structure of anti-ErbB3 Fab ISU104 in complex with human ErbB3 extracellular domain 3
要素
  • Anti-ErbB3 Fab heavy chain
  • Anti-ErbB3 Fab light chain
  • Receptor tyrosine-protein kinase erbB-3
キーワードIMMUNE SYSTEM / Transferase/Immune System
機能・相同性
機能・相同性情報


neuregulin binding / positive regulation of cardiac muscle tissue development / cranial nerve development / Schwann cell differentiation / neuregulin receptor activity / negative regulation of secretion / endocardial cushion development / ERBB3:ERBB2 complex / GRB7 events in ERBB2 signaling / positive regulation of calcineurin-NFAT signaling cascade ...neuregulin binding / positive regulation of cardiac muscle tissue development / cranial nerve development / Schwann cell differentiation / neuregulin receptor activity / negative regulation of secretion / endocardial cushion development / ERBB3:ERBB2 complex / GRB7 events in ERBB2 signaling / positive regulation of calcineurin-NFAT signaling cascade / peripheral nervous system development / ErbB-3 class receptor binding / negative regulation of cell adhesion / negative regulation of motor neuron apoptotic process / motor neuron apoptotic process / ERBB2 Activates PTK6 Signaling / ERBB2-ERBB3 signaling pathway / protein tyrosine kinase activator activity / Signaling by ERBB4 / growth factor binding / ERBB2 Regulates Cell Motility / PI3K events in ERBB2 signaling / lateral plasma membrane / Schwann cell development / negative regulation of signal transduction / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / Signaling by ERBB2 / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / myelination / Downregulation of ERBB2:ERBB3 signaling / SHC1 events in ERBB2 signaling / phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / basal plasma membrane / neurogenesis / Signaling by ERBB2 TMD/JMD mutants / wound healing / Signaling by ERBB2 KD Mutants / receptor protein-tyrosine kinase / Downregulation of ERBB2 signaling / transmembrane signaling receptor activity / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / PIP3 activates AKT signaling / heart development / regulation of cell population proliferation / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / RAF/MAP kinase cascade / basolateral plasma membrane / neuron apoptotic process / negative regulation of neuron apoptotic process / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / receptor complex / protein kinase activity / apical plasma membrane / protein heterodimerization activity / phosphorylation / ubiquitin protein ligase binding / positive regulation of cell population proliferation / positive regulation of gene expression / negative regulation of apoptotic process / signal transduction / extracellular space / ATP binding / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Tyrosine protein kinase, EGF/ERB/XmrK receptor / Growth factor receptor domain 4 / Growth factor receptor domain IV / Receptor L-domain / Furin-like cysteine-rich domain / Receptor L-domain superfamily / Furin-like cysteine rich region / Receptor L domain / Furin-like repeat / Furin-like repeats ...Tyrosine protein kinase, EGF/ERB/XmrK receptor / Growth factor receptor domain 4 / Growth factor receptor domain IV / Receptor L-domain / Furin-like cysteine-rich domain / Receptor L-domain superfamily / Furin-like cysteine rich region / Receptor L domain / Furin-like repeat / Furin-like repeats / Growth factor receptor cysteine-rich domain superfamily / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Receptor tyrosine-protein kinase erbB-3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Yoo, Y. / Cho, H.S.
引用ジャーナル: Mol.Cancer Ther. / 年: 2021
タイトル: A Novel Therapeutic Anti-ErbB3, ISU104 Exhibits Potent Antitumorigenic Activity by Inhibiting Ligand Binding and ErbB3 Heterodimerization.
著者: Hong, M. / Yoo, Y. / Kim, M. / Kim, J.Y. / Cha, J.S. / Choi, M.K. / Kim, U. / Kim, K. / Sohn, Y. / Bae, D. / Cho, H.S. / Hong, S.B.
履歴
登録2020年10月7日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年4月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年4月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22021年6月16日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Receptor tyrosine-protein kinase erbB-3
B: Anti-ErbB3 Fab heavy chain
C: Anti-ErbB3 Fab light chain
D: Receptor tyrosine-protein kinase erbB-3
E: Anti-ErbB3 Fab heavy chain
F: Anti-ErbB3 Fab light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)138,36113
ポリマ－136,8136
非ポリマー1,5487
水70339
1
A: Receptor tyrosine-protein kinase erbB-3
B: Anti-ErbB3 Fab heavy chain
C: Anti-ErbB3 Fab light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,2917
ポリマ－68,4073
非ポリマー8854
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6060 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area27320 Å2
手法PISA
2
D: Receptor tyrosine-protein kinase erbB-3
E: Anti-ErbB3 Fab heavy chain
F: Anti-ErbB3 Fab light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,0706
ポリマ－68,4073
非ポリマー6643
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6020 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area27630 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.290, 77.780, 93.940
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 113.410, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質 Receptor tyrosine-protein kinase erbB-3 / Proto-oncogene-like protein c-ErbB-3 / Tyrosine kinase-type cell surface receptor HER3


分子量: 21490.555 Da / 分子数: 2 / 断片: extracellular domain 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ERBB3, HER3
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P21860, receptor protein-tyrosine kinase
#2: 抗体 Anti-ErbB3 Fab heavy chain


分子量: 24252.021 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#3: 抗体 Anti-ErbB3 Fab light chain


分子量: 22663.936 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#4: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 39 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.61 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2M Sodium acetate, 20%(w/v) PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 11C / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年3月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→46.63 Å / Num. obs: 42145 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 36.1 Å2 / CC1/2: 0.987 / CC star: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.09686 / Net I/σ(I): 6.56
反射 シェル解像度: 2.5→2.589 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.5366 / Mean I/σ(I) obs: 1.32 / Num. unique obs: 4195 / CC1/2: 0.647 / CC star: 0.886 / % possible all: 99.79

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.5→46.63 Å / SU ML: 0.365 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 28.8568
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2584 1247 2.96 %
Rwork0.2026 40878 -
obs0.2043 42125 99.22 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 38.33 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→46.63 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9402 0 98 39 9539
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00979728
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.177913236
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.06681496
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00911698
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.21323499
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5-2.60.33511370.27854528X-RAY DIFFRACTION99.76
2.6-2.720.31251340.27114516X-RAY DIFFRACTION99.32
2.72-2.860.34931360.2664520X-RAY DIFFRACTION99.19
2.86-3.040.37751400.25284542X-RAY DIFFRACTION99.77
3.04-3.280.30011440.23984544X-RAY DIFFRACTION99.66
3.28-3.610.26851360.21164502X-RAY DIFFRACTION98.68
3.61-4.130.24541380.17784580X-RAY DIFFRACTION99.68
4.13-5.20.1921410.14764541X-RAY DIFFRACTION98.76
5.2-46.630.19061410.17124605X-RAY DIFFRACTION98.18

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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