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- PDB-7d79: The structure of DcsB complex with its substrate analogue -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7d79
タイトルThe structure of DcsB complex with its substrate analogue
要素DltD domain-containing protein
キーワードHYDROLASE / Thioesterase / Complex
機能・相同性: / Serine aminopeptidase, S33 / alpha/beta hydrolase fold / Alpha/beta hydrolase fold-1 / Alpha/Beta hydrolase fold / Chem-GY0 / methyl 3-sulfanylpropanoate / DltD domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Beauveria bassiana
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.10411425302 Å
データ登録者Tang, Y. / Zhou, J.H. / Wang, G.Q.
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2021
タイトル: A Polyketide Cyclase That Forms Medium-Ring Lactones.
著者: Gao, D.W. / Jamieson, C.S. / Wang, G. / Yan, Y. / Zhou, J. / Houk, K.N. / Tang, Y.
履歴
登録2020年10月3日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年1月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: DltD domain-containing protein
A: DltD domain-containing protein
B: DltD domain-containing protein
C: DltD domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)141,83919
ポリマ－140,6934
非ポリマー1,14615
水10,323573
1
D: DltD domain-containing protein
A: DltD domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,16012
ポリマ－70,3472
非ポリマー81310
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4410 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area21520 Å2
手法PISA
2
C: DltD domain-containing protein
ヘテロ分子

B: DltD domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,6797
ポリマ－70,3472
非ポリマー3335
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_655x+1,y,z1
Buried area4790 Å2
ΔGint-45 kcal/mol
Surface area21140 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.263, 59.011, 113.990
Angle α, β, γ (deg.)84.846, 78.552, 84.008
Int Tables number1
Space group name H-MP1
Space group name HallP1
Symmetry operation#1: x,y,z

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 DABC

#1: タンパク質
DltD domain-containing protein / Thioesterase


分子量: 35173.262 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Beauveria bassiana (strain ARSEF 2860) (菌類)
株: ARSEF 2860 / 遺伝子: BBA_03809 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: J4WAT9

-
非ポリマー , 7種, 588分子

#2: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-GY0 / methyl 3-[(E,3R,9R)-3,9-bis(oxidanyl)dec-4-enoyl]sulfanylpropanoate


分子量: 304.402 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H24O5S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物 ChemComp-GYF / methyl 3-sulfanylpropanoate / 3-メルカプトプロピオン酸メチル


分子量: 120.170 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H8O2S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 573 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.02 %
結晶化温度: 289.2 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.1M MMT, 25% PEG 1500

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年4月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 64129 / % possible obs: 92.6 % / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 25.6699461815 Å2 / CC1/2: 0.75 / Net I/σ(I): 9.56
反射 シェル解像度: 2.11→2.15 Å / Num. unique obs: 64129 / CC1/2: 0.734

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.12_2829精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
HKL-3000位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.10411425302→39.0031543568 Å / SU ML: 0.265288513473 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97263301931 / 位相誤差: 24.2618528783
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.226936694139 2979 4.98794454491 %
Rwork0.182374770165 56745 -
obs0.184609801223 59724 85.9610236334 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 28.1019481266 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.10411425302→39.0031543568 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8978 0 68 573 9619
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00188446566649261
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.48935190025112509
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04357970862751379
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00389818491591634
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d3.012531370347272
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.11-2.13860.321349440053890.2426155297571673X-RAY DIFFRACTION53.7686908758
2.1386-2.17550.2533415400621130.2164536925262000X-RAY DIFFRACTION63.5871200722
2.1755-2.2150.2687058398481190.2265060945842190X-RAY DIFFRACTION69.9696969697
2.215-2.25760.3329954083831160.2468695187182371X-RAY DIFFRACTION74.2388059701
2.2576-2.30370.3009265876361350.2172181129152474X-RAY DIFFRACTION80.006133088
2.3037-2.35380.3169919402511230.207945007812715X-RAY DIFFRACTION85.071942446
2.3538-2.40850.254573891741270.2076577332882708X-RAY DIFFRACTION86.7237687366
2.4085-2.46880.269986044071540.2065219788062752X-RAY DIFFRACTION86.1292234736
2.4688-2.53550.249126095511320.2039854230852770X-RAY DIFFRACTION89.3748075146
2.5355-2.61010.2863934872581560.2007106024972998X-RAY DIFFRACTION94.601079784
2.6101-2.69430.2436096214791810.1994336920342932X-RAY DIFFRACTION94.9085365854
2.6943-2.79060.2577414490841660.2036820132942988X-RAY DIFFRACTION93.9529341674
2.7906-2.90230.2397136970991510.1987809438822927X-RAY DIFFRACTION94.3014705882
2.9023-3.03430.2631010443841440.2025240189722940X-RAY DIFFRACTION93.0036188179
3.0343-3.19420.2564093739031240.1946422509592813X-RAY DIFFRACTION88.7311178248
3.1942-3.39430.2200371534321600.1899275160642862X-RAY DIFFRACTION91.216420163
3.3943-3.65620.185548695341580.1745930102413044X-RAY DIFFRACTION96.0696069607
3.6562-4.02380.2092131990151670.1570583053052933X-RAY DIFFRACTION94.7722409049
4.0238-4.60520.1684922861951360.145233194972887X-RAY DIFFRACTION90.7535274692
4.6052-5.7990.1939123812151630.153130658152915X-RAY DIFFRACTION92.8226779252
5.799-5.7990.1861326772311650.1537254710882853X-RAY DIFFRACTION91.3438256659

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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