PDB-7d6t: X-ray structure of Clostridium perfringens sortase C with the C-t...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7d6t

タイトル

X-ray structure of Clostridium perfringens sortase C with the C-terminal cell wall sorting motif.

要素

Sortase family protein

キーワード

TRANSFERASE / cysteine transpeptidase

機能・相同性

Sortase C / Sortase family / Sortase domain superfamily / Sortase domain / hydrolase activity / membrane / Sortase family protein

機能・相同性情報

生物種

Clostridium perfringens (ウェルシュ菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.68 Å

データ登録者

Kamitori, S. / Tamai, E.

資金援助

日本, 1件

引用

ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2021
タイトル: X-ray structures of Clostridium perfringens sortase C with C-terminal cell wall sorting motif of LPST demonstrate role of subsite for substrate-binding and structural variations of catalytic site.
著者: Tamai, E. / Sekiya, H. / Nariya, H. / Katayama, S. / Kamitori, S.

履歴

登録	2020年10月1日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2021年6月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7d6t.cif.gz	165.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7d6t.ent.gz	129.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7d6t.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d6/7d6t ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d6/7d6t	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7d6pC 6ixzS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2ioi-d 5ht5-d 4wb3-1 6ixz-2 4o2t-1 6ixz-1 2akp-2 2w68-1 1kdq-d 2w68-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Sortase family protein

B: Sortase family protein

49.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Sortase family protein

登録者が定義した集合体
24.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Sortase family protein

登録者が定義した集合体
24.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	83.230, 62.690, 77.690
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 102.58, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Sortase family protein / sortase C 分子量: 24830.961 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Clostridium perfringens (strain SM101 / Type A) (ウェルシュ菌) 遺伝子: CPR_0146 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q0SWL7
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 194 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.99 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.24 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 30% (w/v) PEG 4000, 200mM LiSO4, 100mM Tris-HCl, pH 7.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2019年10月9日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.68→19.02 Å / Num. obs: 43526 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 2.4 % / CC_1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 12.56
反射シェル	解像度: 1.68→1.72 Å / Num. unique obs: 3217 / CC_1/2: 0.839

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6IXZ

6ixz

解像度: 1.68→19.02 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.972 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.943 / SU B: 4.697 / SU ML: 0.077 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.128 / ESU R Free: 0.105 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22033	2197	5 %	RANDOM
R_work	0.1554	-	-	-
obs	0.15873	41328	97.67 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 28.313 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.09 Å²	0 Å²	-0.02 Å²
2-	-	-0.17 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.08 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.68→19.02 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2966	0	0	194	3160

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.013	3017
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.017	2822
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.535	1.639	4096
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.313	1.586	6585
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.378	5	371
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.912	25.608	148
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.661	15	544
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	10.395	15	6
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.074	0.2	405
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	3326
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	540
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.944	2.659	1490
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.853		1489
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.598	4	1859
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.597	6.9	1860
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.316	3.252	1527
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	5.314		1528
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.07	4.662	2238
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	5.872		3839
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	5.852		3771
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	5.572	3	3017
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.68→1.723 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.335	159	-
R_work	0.268	3030	-
obs	-	-	98.46 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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