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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7d6t | ||||||
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タイトル | X-ray structure of Clostridium perfringens sortase C with the C-terminal cell wall sorting motif. | ||||||
要素 | Sortase family protein | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / cysteine transpeptidase | ||||||
機能・相同性 | Sortase C / Sortase family / Sortase domain superfamily / Sortase domain / hydrolase activity / membrane / Sortase family protein 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Clostridium perfringens (ウェルシュ菌) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.68 Å | ||||||
データ登録者 | Kamitori, S. / Tamai, E. | ||||||
資金援助 | 日本, 1件
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引用 | ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2021 タイトル: X-ray structures of Clostridium perfringens sortase C with C-terminal cell wall sorting motif of LPST demonstrate role of subsite for substrate-binding and structural variations of catalytic site. 著者: Tamai, E. / Sekiya, H. / Nariya, H. / Katayama, S. / Kamitori, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7d6t.cif.gz | 165.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7d6t.ent.gz | 129.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7d6t.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7d6t_validation.pdf.gz | 436 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7d6t_full_validation.pdf.gz | 439.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7d6t_validation.xml.gz | 16.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7d6t_validation.cif.gz | 23.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d6/7d6t ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d6/7d6t | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 24830.961 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Clostridium perfringens (strain SM101 / Type A) (ウェルシュ菌) 遺伝子: CPR_0146 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q0SWL7 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.24 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 30% (w/v) PEG 4000, 200mM LiSO4, 100mM Tris-HCl, pH 7.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2019年10月9日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.68→19.02 Å / Num. obs: 43526 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 2.4 % / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 12.56 |
反射 シェル | 解像度: 1.68→1.72 Å / Num. unique obs: 3217 / CC1/2: 0.839 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 6IXZ 解像度: 1.68→19.02 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.972 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / SU B: 4.697 / SU ML: 0.077 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.128 / ESU R Free: 0.105 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 28.313 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.68→19.02 Å
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拘束条件 |
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