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万見
- PDB-7d6d: Structural insights into membrane remodeling by SNX1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7d6d
タイトルStructural insights into membrane remodeling by SNX1
要素Sorting nexin-1
キーワードPROTEIN TRANSPORT / Coat complex / Membrane deformation / LIPID BINDING PROTEIN / helical assembly
機能・相同性
機能・相同性情報


retromer, tubulation complex / lamellipodium morphogenesis / leptin receptor binding / early endosome to Golgi transport / transferrin receptor binding / epidermal growth factor receptor binding / phosphatidylinositol binding / intracellular protein transport / insulin receptor binding / receptor internalization ...retromer, tubulation complex / lamellipodium morphogenesis / leptin receptor binding / early endosome to Golgi transport / transferrin receptor binding / epidermal growth factor receptor binding / phosphatidylinositol binding / intracellular protein transport / insulin receptor binding / receptor internalization / lamellipodium / early endosome membrane / lysosome / protein heterodimerization activity / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / cytosol
類似検索 - 分子機能
Sorting nexin, N-terminal / Sorting nexin-1 / Sorting Nexin 1, PX domain / Sorting nexin, N-terminal domain / Sorting nexin Vps5-like, C-terminal / Vps5 C terminal like / PhoX homologous domain, present in p47phox and p40phox. / PX domain profile. / PX domain / Phox homology ...Sorting nexin, N-terminal / Sorting nexin-1 / Sorting Nexin 1, PX domain / Sorting nexin, N-terminal domain / Sorting nexin Vps5-like, C-terminal / Vps5 C terminal like / PhoX homologous domain, present in p47phox and p40phox. / PX domain profile. / PX domain / Phox homology / PX domain superfamily / AH/BAR domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 9 Å
データ登録者Zhang, Y. / Pang, X. / Sun, F.
資金援助 中国, 5件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31670744 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31961160723 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31770794 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31925026 中国
National Basic Research Program of China (973 Program)2017YFA0504703 中国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2021
タイトル: Structural insights into membrane remodeling by SNX1.
著者: Yan Zhang / Xiaoyun Pang / Jian Li / Jiashu Xu / Victor W Hsu / Fei Sun /
要旨: The sorting nexin (SNX) family of proteins deform the membrane to generate transport carriers in endosomal pathways. Here, we elucidate how a prototypic member, SNX1, acts in this process. Performing ...The sorting nexin (SNX) family of proteins deform the membrane to generate transport carriers in endosomal pathways. Here, we elucidate how a prototypic member, SNX1, acts in this process. Performing cryoelectron microscopy, we find that SNX1 assembles into a protein lattice that consists of helical rows of SNX1 dimers wrapped around tubular membranes in a crosslinked fashion. We also visualize the details of this structure, which provides a molecular understanding of how various parts of SNX1 contribute to its ability to deform the membrane. Moreover, we have compared the SNX1 structure with a previously elucidated structure of an endosomal coat complex formed by retromer coupled to a SNX, which reveals how the molecular organization of the SNX in this coat complex is affected by retromer. The comparison also suggests insight into intermediary stages of assembly that results in the formation of the retromer-SNX coat complex on the membrane.
履歴
登録2020年9月30日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年3月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-30592
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-30592
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sorting nexin-1
B: Sorting nexin-1
C: Sorting nexin-1
D: Sorting nexin-1
E: Sorting nexin-1
F: Sorting nexin-1
G: Sorting nexin-1
H: Sorting nexin-1
I: Sorting nexin-1
J: Sorting nexin-1
K: Sorting nexin-1
L: Sorting nexin-1
M: Sorting nexin-1
N: Sorting nexin-1
O: Sorting nexin-1
P: Sorting nexin-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)955,85416
ポリマ－955,85416
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: microscopy
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area31340 Å2
ΔGint-235 kcal/mol
Surface area343410 Å2

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要素

#1: タンパク質
Sorting nexin-1


分子量: 59740.887 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Snx1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6NZD2

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: HELICAL ARRAY / ３次元再構成法: らせん対称体再構成法

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試料調製

構成要素名称: sorting nexin 1 / タイプ: COMPLEX / 詳細: sorting nexin 1 in membrane-bound state / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 7.4 / 詳細: 50 mM HEPES, pH7.4, 100 mM NaCl
試料濃度: 0.9 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 %
詳細: blot for 3.5 seconds with a blot force 2 before plunging

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（補正後）: 59000 X / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm
試料ホルダ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 2 sec. / 電子線照射量: 25 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 501
詳細: Images were collected in movie mode at 16 frames per second
画像スキャンサンプリングサイズ: 14 µm / 横: 4096 / 縦: 4096 / 動画フレーム数/画像: 32 / 利用したフレーム数/画像: 2-28

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
2SerialEM画像取得
4Gctf0.5CTF補正
7UCSF Chimera1.11.2モデルフィッティングInitial model generated by i-TASSER was rigid body fitted into the final refined map.
9NAMD2.1モデル精密化Molecular dynamics flexible fitting was performed using NAMD with the CHARMM36 force field.
10SPIDER24.08初期オイラー角割当'pj 3q' was used to make initial model projections and 'ap sh' was used to make projection matching to assign Euler angles for each particle.
11SPIDER24.08最終オイラー角割当'pj 3q' was used to make initial model projections and 'ap sh' was used to make projection matching to assign Euler angles for each particle.
12MATLAB2013分類Distance between the two intensity peaks of 1 dimensional projection of each tube is measured as the approximate diameter
13IHRSR３次元再構成
画像処理詳細: The selected images were multiplied by CTF for amplitude correction of reconstruction
CTF補正詳細: CTF was multiplied to each micrographs before tubes selection, and finally CTF amplitude correction was performed following 3D reconstruction
タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
らせん対称回転角度/サブユニット: 60.13 ° / 軸方向距離/サブユニット: 8.76 Å / らせん対称軸の対称性: C1
粒子像の選択選択した粒子像数: 476
詳細: All the segments were selected manually using e2helixboxer.py of EMAN2
3次元再構成解像度: 9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 11795 / アルゴリズム: BACK PROJECTION
詳細: IHRSR method were used for helical reconstruction and refinement with a range of out of plane tilt considered
クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: HELICAL
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL / Target criteria: Correlation coefficient
詳細: The temperature was kept at 300K, time step was 1 fs, and secondary structure restraints was also included.

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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