PDB-7d62: pGpG-specific phosphodiesterase - PggH from Vibrio cholrae

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7d62

タイトル

pGpG-specific phosphodiesterase - PggH from Vibrio cholrae

要素

PggH

キーワード

SIGNALING PROTEIN / pGpG / phosphodiesterase / nanornase

機能・相同性

Uncharacterised conserved protein UCP028235 / DHH phosphoesterase superfamily / metal ion binding / : / Exopolyphosphatase-related protein

機能・相同性情報

生物種

Vibrio cholerae serotype O1 (コレラ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Ha, N.-C. / Jang, Y.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: A pGpG-specific phosphodiesterase
著者: Lee, J.-W. / Heo, K. / Jang, Y. / Ha, N.-C. / Seok, Y.-J.

履歴

登録	2020年9月28日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2020年10月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月27日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7d62.cif.gz	246.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7d62.ent.gz	198.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7d62.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7d62_validation.pdf.gz	1.9 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7d62_full_validation.pdf.gz	1.9 MB	表示
XML形式データ	7d62_validation.xml.gz	21.8 KB	表示
CIF形式データ	7d62_validation.cif.gz	30 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d6/7d62 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d6/7d62	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3ppo-d 3ppp-d 4h0f-d 3hdo-d 2gu2-d 2ij0-d 3nfz-1 1aib-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: PggH

B: PggH

ヘテロ分子

74.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	68.367, 148.830, 58.845
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-546- HOH

#1: タンパク質	PggH 分子量: 37008.961 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Vibrio cholerae serotype O1 (strain ATCC 39315 / El Tor Inaba N16961) (コレラ菌) 株: ATCC 39315 / El Tor Inaba N16961 / 遺伝子: VC_A0593 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9KLZ6
#2: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION 分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 74 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.02 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.18 %
結晶化	温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.2 M manganese chloride, Tris-HCl (pH 8.5), 12% (v/v) PEG 4000, 2 mM Tris(2-carboxyethyl) phosphine (TCEP)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年10月6日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 48026 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 8.4 % / B_iso Wilson estimate: 17.9 Å² / R_pim(I) all: 0.028 / R_rim(I) all: 0.091 / Net I/σ(I): 11.9
反射シェル	解像度: 1.9→1.93 Å / Num. unique obs: 2320 / CC_1/2: 0.394 / R_pim(I) all: 0.251 / R_rim(I) all: 0.578 / % possible all: 97.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.17.1_3660: 000)	精密化
XDS		データ削減
HKL-2000	v712	データスケーリング
PHENIX	(1.11.1_2575)	位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.9→38.25 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.44 / 位相誤差: 22.06 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2389	2000	4.55 %
R_work	0.1959	-	-
obs	0.1979	43968	90.8 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→38.25 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4710	0	12	74	4796

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	4816
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.948	6516
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	5.699	633
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.057	721
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	841

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9-1.94	0.3327	71	0.3234	1494	X-RAY DIFFRACTION	46
1.94-2	0.3791	97	0.289	2034	X-RAY DIFFRACTION	63
2-2.06	0.289	118	0.2553	2492	X-RAY DIFFRACTION	77
2.06-2.12	0.2774	139	0.2082	2908	X-RAY DIFFRACTION	89
2.12-2.2	0.2625	152	0.2139	3163	X-RAY DIFFRACTION	97
2.2-2.29	0.248	152	0.205	3220	X-RAY DIFFRACTION	99
2.29-2.39	0.2273	155	0.1929	3253	X-RAY DIFFRACTION	100
2.39-2.52	0.2524	157	0.2001	3282	X-RAY DIFFRACTION	100
2.52-2.67	0.275	157	0.1998	3287	X-RAY DIFFRACTION	100
2.67-2.88	0.2503	157	0.2145	3289	X-RAY DIFFRACTION	100
2.88-3.17	0.255	157	0.2138	3317	X-RAY DIFFRACTION	100
3.17-3.63	0.226	160	0.1959	3336	X-RAY DIFFRACTION	100
3.63-4.57	0.2054	161	0.1575	3373	X-RAY DIFFRACTION	100
4.57-38.25	0.1992	167	0.1689	3520	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.3336	0.4971	0.2908	2.5946	-0.3664	2.2357	0.0281	-0.0417	0.2248	0.2146	0.0366	0.1925	-0.4331	0.0045	-0.0268	0.1949	-0.0011	0.0169	0.0853	-0.026	0.112	25.695	94.7126	17.7945
2	2.0262	-0.7773	0.2337	3.1098	-0.1898	2.4296	0.1112	0.0333	0.2316	0.0447	-0.0573	-0.4775	-0.1241	0.3951	0.0164	0.1073	-0.0377	-0.0482	0.1532	-0.0085	0.0811	34.7379	87.7647	17.8823
3	1.7958	0.4123	1.8323	0.813	1.0884	4.1664	0.051	-0.3167	0.0387	0.196	-0.0683	0.0729	-0.0712	-0.3656	0.0045	0.1466	-0.0157	0.008	0.1377	0.0027	0.1191	13.1331	79.3524	11.314
4	0.7237	-0.1228	0.4235	2.2346	-1.1435	1.1809	-0.0141	0.0361	-0.0372	-0.0354	0.0492	0.1164	0.0288	-0.1075	-0.0333	0.0313	0.0228	-0.0242	0.1267	-0.0337	0.0826	13.6535	80.8375	-9.4872
5	1.1886	1.3121	-1.0903	3.8983	-2.7492	3.9516	-0.0046	0.1311	0.188	-0.0499	-0.0656	-0.588	-0.0094	0.6199	0.2567	0.0495	0.0053	-0.0318	0.2599	0.0317	0.3518	27.6956	79.5113	-10.8539
6	2.6191	-0.4146	0.854	3.1628	-0.1958	2.0051	0.0032	0.315	0.0211	-0.3532	-0.1657	-0.4154	0.078	0.1255	0.0794	0.061	0.0124	0.0271	0.2007	-0.0017	0.1197	21.5835	84.1188	-18.149
7	2.566	0.5326	-0.5774	3.4928	0.7012	4.208	0.0219	0.4419	0.0167	-0.697	0.1055	0.3012	0.16	-0.0364	-0.0658	0.3785	-0.0575	-0.109	0.3518	-0.0161	0.2087	-12.2676	94.3634	-26.957
8	2.5915	1.6735	-0.3107	4.9853	0.1871	2.1369	-0.0749	0.0925	-0.3072	0.2395	0.0825	0.1087	0.2375	-0.084	-0.0016	0.1704	0.0262	0.0511	0.1303	-0.0094	0.2725	-9.78	97.0974	-8.75
9	2.455	-0.3153	0.0213	1.177	0.2318	0.3256	0.0394	-0.0413	0.1569	0.156	-0.0259	-0.0609	-0.0627	0.0804	-0.0186	0.1688	0.005	-0.025	0.0828	-0.001	0.0915	11.8291	104.7505	-6.3386

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 5 through 50 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 51 through 107 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 108 through 209 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 210 through 259 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 260 through 277 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 278 through 310 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 3 through 118 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 119 through 181 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 182 through 310 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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