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- PDB-7d5q: Structure of NorC transporter (K398A mutant) in an outward-open c... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7d5q
タイトルStructure of NorC transporter (K398A mutant) in an outward-open conformation in complex with a single-chain Indian camelid antibody
要素
  • Drug transporter, putative
  • ICab
キーワードMEMBRANE PROTEIN / NorC / major facilitator superfamily / transporter / outward-open
機能・相同性Major facilitator superfamily / Major Facilitator Superfamily / Major facilitator superfamily domain / Major facilitator superfamily (MFS) profile. / transmembrane transporter activity / MFS transporter superfamily / plasma membrane / Quinolone resistance protein NorB
機能・相同性情報
生物種Staphylococcus aureus subsp. aureus COL (黄色ブドウ球菌)
Camelus dromedarius (ヒトコブラクダ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Kumar, S. / Athreya, A. / Penmatsa, A.
資金援助 インド, 2件
組織認可番号国
Wellcome TrustIA/1/15/2/502063 インド
Department of Biotechnology (DBT, India)BT/PR31976/MED/29/1421/2019 インド
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2021
タイトル: Structural basis of inhibition of a transporter from Staphylococcus aureus, NorC, through a single-domain camelid antibody.
著者: Kumar, S. / Athreya, A. / Gulati, A. / Nair, R.M. / Mahendran, I. / Ranjan, R. / Penmatsa, A.
履歴
登録2020年9月27日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年6月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年7月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Drug transporter, putative
B: Drug transporter, putative
C: ICab
D: ICab
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)130,3576
ポリマ－130,2264
非ポリマー1312
水00
1
A: Drug transporter, putative
C: ICab
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,1783
ポリマ－65,1132
非ポリマー651
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2620 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area20820 Å2
手法PISA
2
B: Drug transporter, putative
D: ICab
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,1783
ポリマ－65,1132
非ポリマー651
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2580 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area21130 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.071, 139.148, 115.555
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 105.66, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12C
22D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11LEULEUPROPROAA11 - 45211 - 452
21LEULEUPROPROBB11 - 45211 - 452
12GLNGLNSERSERCC5 - 1351 - 131
22GLNGLNSERSERDD5 - 1351 - 131

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: タンパク質 Drug transporter, putative


分子量: 50855.195 Da / 分子数: 2 / 変異: K398A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus subsp. aureus COL (黄色ブドウ球菌)
株: COL / 遺伝子: SACOL0086 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): C41 / 参照: UniProt: A0A0H2WZS4
#2: タンパク質 ICab


分子量: 14257.665 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Camelus dromedarius (ヒトコブラクダ)
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): Rosetta
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 74.56 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 0.1 M HEPES pH 6.0, 50 mM NaCl, 57.1 mM CaCl2, 35.7% PEG600, 10 mM YCl3, 6.66 mM CHAPSO

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.6→139.15 Å / Num. obs: 24925 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 17.1 % / Biso Wilson estimate: 155.4 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.177 / Rpim(I) all: 0.043 / Net I/σ(I): 8.5
反射 シェル解像度: 3.6→3.84 Å / 冗長度: 10.1 % / Rmerge(I) obs: 2.76 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 4460 / CC1/2: 0.486 / Rpim(I) all: 0.88 / % possible all: 99.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0253精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7D5P

7d5p


解像度: 3.6→111.52 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.795 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.92 / SU B: 50.589 / SU ML: 0.705 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.649 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.31463 1231 5 %RANDOM
Rwork0.30767 ---
obs0.30802 23584 99.94 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 154.525 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.02 Å2-0 Å2-8.63 Å2
2--2.25 Å2-0 Å2
3---4.85 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 3.6→111.52 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7487 0 2 0 7489
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0020.0137620
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0177122
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2351.60910401
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.0921.55516275
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.01851064
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.86722.118203
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.159151053
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.2351514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0320.21107
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.028645
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021585
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.29917.5264292
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other4.2917.5264291
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it7.29426.2815344
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other7.29426.2815345
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.42717.4873328
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.42517.4873328
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other6.09426.1985058
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined11.0368955
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other11.0388955
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A119040.06
12B119040.06
21C37940.05
22D37940.05
LS精密化 シェル解像度: 3.6→3.693 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.387 75 -
Rwork0.401 1763 -
obs--99.62 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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