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万見
- PDB-7d5c: IleRS in complex with a tRNA site inhibitor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7d5c
タイトルIleRS in complex with a tRNA site inhibitor
要素Isoleucine--tRNA ligase, cytoplasmic
キーワードLIGASE/INHIBITOR / tRNA synthetase / ligase-inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


isoleucine-tRNA ligase / isoleucine-tRNA ligase activity / isoleucyl-tRNA aminoacylation / aminoacyl-tRNA deacylase activity / sequence-specific mRNA binding / tRNA binding / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Domain of unknown function (DUF5915) / Isoleucine-tRNA ligase, type 2 / Isoleucyl tRNA synthetase type 2, anticodon-binding domain / Isoleucine-tRNA ligase / Isoleucyl-tRNA Synthetase; Domain 1 / Aminoacyl-tRNA synthetase, class Ia / tRNA synthetases class I (I, L, M and V) / Isoleucyl-tRNA Synthetase; Domain 1 / Valyl/Leucyl/Isoleucyl-tRNA synthetase, editing domain / Methionyl/Valyl/Leucyl/Isoleucyl-tRNA synthetase, anticodon-binding ...Domain of unknown function (DUF5915) / Isoleucine-tRNA ligase, type 2 / Isoleucyl tRNA synthetase type 2, anticodon-binding domain / Isoleucine-tRNA ligase / Isoleucyl-tRNA Synthetase; Domain 1 / Aminoacyl-tRNA synthetase, class Ia / tRNA synthetases class I (I, L, M and V) / Isoleucyl-tRNA Synthetase; Domain 1 / Valyl/Leucyl/Isoleucyl-tRNA synthetase, editing domain / Methionyl/Valyl/Leucyl/Isoleucyl-tRNA synthetase, anticodon-binding / Anticodon-binding domain of tRNA ligase / Aminoacyl-tRNA synthetase, class Ia, anticodon-binding / Aminoacyl-tRNA synthetase, class I, conserved site / Aminoacyl-transfer RNA synthetases class-I signature. / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-GV6 / Chem-GVU / Isoleucine--tRNA ligase, cytoplasmic
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.895 Å
データ登録者Chen, B. / Luo, S. / Zhou, H.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)81773636 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Inhibitory mechanism of reveromycin A at the tRNA binding site of a class I synthetase.
著者: Chen, B. / Luo, S. / Zhang, S. / Ju, Y. / Gu, Q. / Xu, J. / Yang, X.L. / Zhou, H.
履歴
登録2020年9月25日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年2月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年3月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Isoleucine--tRNA ligase, cytoplasmic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)115,4146
ポリマ－114,1071
非ポリマー1,3075
水12,124673
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area700 Å2
ΔGint11 kcal/mol
Surface area38210 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)170.649, 64.758, 142.229
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 107.780, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Isoleucine--tRNA ligase, cytoplasmic / Isoleucyl-tRNA synthetase / IleRS


分子量: 114106.922 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
株: S288c / 遺伝子: ILS1, YBL076C, YBL0734 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P09436, isoleucine-tRNA ligase
#2: 化合物 ChemComp-GVU / (2E,4S,5S,6E,8E)-10-[(2S,3R,6S,8R,9S)-3-butyl-9-methyl-2-[(1E,3E)-3-methyl-5-oxidanyl-5-oxidanylidene-penta-1,3-dienyl]-3-(4-oxidanyl-4-oxidanylidene-butanoyl)oxy-1,7-dioxaspiro[5.5]undecan-8-yl]-4,8-dimethyl-5-oxidanyl-deca-2,6,8-trienoic acid / リベロマイシンA


分子量: 660.791 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C36H52O11 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-GV6 / [[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] (2S,3S)-2-azanyl-3-methyl-pentanoate / イソロイシルアデニル酸


分子量: 460.379 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H25N6O8P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 673 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.08 %
結晶化温度: 281 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.89→50 Å / Num. obs: 117006 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.095 / Rpim(I) all: 0.061 / Rrim(I) all: 0.113 / Χ2: 1.522 / Net I/σ(I): 8.9
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.9-1.973.30.594115800.6810.3870.7120.53899.8
1.97-2.053.20.425116310.7830.2790.510.55599.9
2.05-2.143.40.309116380.8690.1980.3680.657100
2.14-2.253.30.225116540.8720.1460.2690.828100
2.25-2.393.30.168116780.9510.1090.2010.85699.6
2.39-2.583.40.134116610.970.0850.1581.03100
2.58-2.843.30.101116960.9810.0650.121.28499.9
2.84-3.253.40.078117630.9510.0490.0922.185100
3.25-4.093.40.057117360.990.0360.0673.64799.8
4.09-503.30.044119690.9940.0280.0523.46699.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0253精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1ILE

1ile


解像度: 1.895→41.58 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / SU B: 2.494 / SU ML: 0.072 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.111 / ESU R Free: 0.102 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1943 5835 5 %RANDOM
Rwork0.1766 ---
obs0.1775 111171 99.39 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 62.09 Å2 / Biso mean: 20.217 Å2 / Biso min: 7.88 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.48 Å2-0 Å2-1.07 Å2
2--0.21 Å2-0 Å2
3----0 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.895→41.58 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7448 0 90 673 8211
Biso mean--21 31.05 -
残基数----919
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.0137798
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0177180
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2351.64610593
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2611.59116665
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1255932
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.6222.705403
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.965151330
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.6641541
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0610.21004
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.028728
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021683
LS精密化 シェル解像度: 1.895→1.944 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.244 390 -
Rwork0.23 7673 -
all-8063 -
obs--93.49 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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