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- PDB-7d55: Crystal structure of lys170 CBD -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7d55
タイトルCrystal structure of lys170 CBD
要素Putative N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase
キーワードHYDROLASE / lysin
機能・相同性
機能・相同性情報


N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase / N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase activity / peptidoglycan turnover / peptidoglycan catabolic process / cell wall organization / killing of cells of another organism / defense response to bacterium
類似検索 - 分子機能
: / Ami_2 / N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase / N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase domain / N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase/PGRP domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase
類似検索 - 構成要素
生物種Enterococcus phage phiM1EF22 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.397 Å
データ登録者Zhen, X.
引用ジャーナル: Eur.Biophys.J. / 年: 2021
タイトル: Structural and biochemical analyses of the tetrameric cell binding domain of Lys170 from enterococcal phage F170/08.
著者: Xu, X. / Zhang, D. / Zhou, B. / Zhen, X. / Ouyang, S.
履歴
登録2020年9月25日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年6月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年7月14日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase
B: Putative N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase
C: Putative N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase
D: Putative N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,5644
ポリマ－41,5644
非ポリマー00
水7,188399
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6760 Å2
ΔGint-50 kcal/mol
Surface area15590 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.271, 93.838, 119.648
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-325-

HOH

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要素

#1: タンパク質
Putative N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase


分子量: 10390.896 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterococcus phage phiM1EF22 (ファージ)
遺伝子: PHIM1EF22_0110 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2Z6FZW5
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 399 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.03 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1 M MES pH 6.5, 25% (w/v) PEG 5000 and 1% (w/v) benzamidine hydrochloride
PH範囲: 6.5-9.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2019年6月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.397→73.9411 Å / Num. obs: 58593 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.4 % / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 2.7
反射 シェル解像度: 1.4→1.45 Å / Num. unique obs: 573 / CC1/2: 0.909

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1_2575精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.397→73.941 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.21 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1969 1999 3.41 %
Rwork0.1665 56552 -
obs0.1675 58551 70.68 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 72.2 Å2 / Biso mean: 18.8309 Å2 / Biso min: 4.46 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.397→73.941 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2876 0 0 399 3275
Biso mean---33.21 -
残基数----348
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0053001
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.754079
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.08419
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007522
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d2.6621652
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.397-1.4320.4684130.34583676
1.432-1.47070.3878180.2785259
1.4707-1.5140.2424310.238486315
1.514-1.56290.2989730.236206137
1.5629-1.61870.26641330.2057376466
1.6187-1.68350.2331500.1856428475
1.6835-1.76020.19531700.1929478684
1.7602-1.8530.21891880.1825528893
1.853-1.96910.21792010.16185695100
1.9691-2.12110.19012010.15135692100
2.1211-2.33460.18222010.16045719100
2.3346-2.67240.20382040.16715741100
2.6724-3.3670.18712040.16765800100
3.367-73.9410.17792120.15395967100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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