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- PDB-7d4k: Crystal structure of Tmm from Pelagibacter sp. strain HTCC7211 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7d4k
タイトルCrystal structure of Tmm from Pelagibacter sp. strain HTCC7211
要素Flavin-containing monooxygenase FMO
キーワードFLAVOPROTEIN / trimethylamine monooxygenase
機能・相同性
機能・相同性情報


trimethylamine monooxygenase / N,N-dimethylaniline monooxygenase activity / NADP binding / flavin adenine dinucleotide binding
類似検索 - 分子機能
Flavin monooxygenase FMO / Flavin monooxygenase-like / Flavin-binding monooxygenase-like / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / Trimethylamine monooxygenase
類似検索 - 構成要素
生物種Candidatus Pelagibacter sp. HTCC7211 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Li, C.Y. / Zhang, Y.Z.
引用ジャーナル: Front Microbiol / 年: 2021
タイトル: Structural and Mechanistic Insights Into Dimethylsulfoxide Formation Through Dimethylsulfide Oxidation.
著者: Wang, X.J. / Zhang, N. / Teng, Z.J. / Wang, P. / Zhang, W.P. / Chen, X.L. / Zhang, Y.Z. / Chen, Y. / Fu, H.H. / Li, C.Y.
履歴
登録2020年9月24日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年9月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年2月16日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Flavin-containing monooxygenase FMO
B: Flavin-containing monooxygenase FMO
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,3166
ポリマ－108,2582
非ポリマー3,0584
水15,313850
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8870 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area31940 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)69.415, 82.076, 97.907
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 98.130, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Flavin-containing monooxygenase FMO / Trimethylamine monooxygenase


分子量: 54129.207 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Candidatus Pelagibacter sp. HTCC7211 (バクテリア)
遺伝子: PB7211_242 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: B6BQB2
#2: 化合物 ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: FAD*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 850 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.77 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2 M ammonium citrate tribasic, 0.1 M imidazole (pH 7.0) and 20% (w/v) polyethylene glycol monomethyl ether 2000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年7月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.796→50 Å / Num. obs: 98662 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 25.35 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.105 / Rpim(I) all: 0.068 / Rrim(I) all: 0.126 / Χ2: 2.433 / Net I/σ(I): 5.9 / Num. measured all: 325628
反射 シェル解像度: 1.8→1.83 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.492 / Num. unique obs: 4991 / CC1/2: 0.969 / Rpim(I) all: 0.058 / Rrim(I) all: 0.107 / Χ2: 11.663 / % possible all: 98.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.6.4_486精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ収集
PHENIXモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5IPY

5ipy


解像度: 1.8→48.55 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 27.12 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.25 4680 5.01 %
Rwork0.217 88657 -
obs0.219 93337 92.1 %
溶媒の処理減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 40.58 Å2 / ksol: 0.34 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 90.11 Å2 / Biso mean: 30.61 Å2 / Biso min: 16.72 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-12.957 Å20 Å2-1.8114 Å2
2---4.6326 Å20 Å2
3----8.3244 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.8→48.55 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7286 0 202 850 8338
Biso mean--24.04 38.38 -
残基数----884
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0067774
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.13510549
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0751061
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051332
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.7583067
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.8-1.81690.33291130.2885195561
1.8169-1.83830.34381440.2639268984
1.8383-1.86070.29211390.241270185
1.8607-1.88420.28161260.2327278486
1.8842-1.9090.30531400.23273286
1.909-1.93520.30141380.226287489
1.9352-1.96280.2741360.228285589
1.9628-1.99210.27411570.2333285890
1.9921-2.02330.27261620.2243289992
2.0233-2.05640.28031540.2233293492
2.0564-2.09190.27971570.214291991
2.0919-2.12990.25881400.2132301794
2.1299-2.17090.24771580.2148304995
2.1709-2.21520.24741600.2163297995
2.2152-2.26340.2541590.2181304295
2.2634-2.3160.27771640.2082305695
2.316-2.37390.24051560.2092306596
2.3739-2.43810.25581830.2083305896
2.4381-2.50990.24651640.2092304195
2.5099-2.59090.24961760.2153306496
2.5909-2.68350.25851560.2115314497
2.6835-2.79090.22891790.2068311898
2.7909-2.91790.24341700.2163313298
2.9179-3.07170.28081640.2288314198
3.0717-3.26410.23451610.2218309996
3.2641-3.51610.25391670.2171311697
3.5161-3.86980.2381740.2093311596
3.8698-4.42940.19981680.1904302294
4.4294-5.57930.22081580.2051301092
5.5793-48.550.2811570.2511318996
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -25.0931 Å / Origin y: 0.2716 Å / Origin z: -23.1399 Å
111213212223313233
T0.1956 Å20 Å2-0.0011 Å2-0.2041 Å20.0069 Å2--0.2014 Å2
L0.123 °20.0024 °2-0.0196 °2-0.2732 °20.1476 °2--0.2791 °2
S-0.0062 Å °0.003 Å °0.0015 Å °-0 Å °-0.0054 Å °-0.022 Å °0.0141 Å °0.0096 Å °0 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1ALLA1 - 444
2X-RAY DIFFRACTION1ALLA501 - 1044
3X-RAY DIFFRACTION1ALLB2 - 441
4X-RAY DIFFRACTION1ALLB501 - 1006

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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