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- PDB-7d3a: flavone reductase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7d3a
タイトルflavone reductase
要素Cd1
キーワードFLAVOPROTEIN / flavone reductase / FMN / apigenin
機能・相同性
機能・相同性情報


4 iron, 4 sulfur cluster binding / oxidoreductase activity / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
: / NADPH-dependent FMN reductase-like / NADPH-dependent FMN reductase / Flavoprotein-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-AGI / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / FMN reductase / Flavin reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Flavonifractor plautii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.552 Å
データ登録者Hong, S. / Yang, G.H. / Zhang, P.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31921006, 31630003 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Discovery of an ene-reductase for initiating flavone and flavonol catabolism in gut bacteria.
著者: Yang, G. / Hong, S. / Yang, P. / Sun, Y. / Wang, Y. / Zhang, P. / Jiang, W. / Gu, Y.
履歴
登録2020年9月18日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年3月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年9月29日Group: Advisory / Database references / カテゴリ: database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年10月9日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cd1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,1603
ポリマ－34,4341
非ポリマー7272
水66737
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1090 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area16380 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.969, 63.969, 192.262
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 Cd1 / FMN reductase / Flavodoxin family protein


分子量: 34433.512 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: SF file contains Friedel pairs.
由来: (組換発現) Flavonifractor plautii (バクテリア)
遺伝子: A4U99_05915, ERS852544_00852, GXM20_05520 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A174NXS8, UniProt: G9YLX2*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-AGI / 5,7-dihydroxy-2-(4-hydroxyphenyl)-4H-chromen-4-one / Apigenin / アピゲニン


分子量: 270.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H10O5
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 37 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.93 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M magnesium formate dihydrate and 15 w/v polyethylene glycol 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97849 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97849 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.55→30 Å / Num. obs: 22019 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 23.1 % / CC1/2: 0.887 / Net I/σ(I): 28.67
反射 シェル解像度: 2.59→2.64 Å / Num. unique obs: 12318 / CC1/2: 0.887

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10_2155精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
HKL-3000位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.552→28.618 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.39 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2579 2191 9.95 %
Rwork0.1942 19828 -
obs0.2005 22019 88.87 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 110.48 Å2 / Biso mean: 38.3258 Å2 / Biso min: 10.68 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.552→28.618 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2224 0 50 37 2311
Biso mean--21.73 34.66 -
残基数----288
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0092326
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9763144
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.053332
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004406
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.891366
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.5521-2.60750.3354670.251762245
2.6075-2.66810.2816800.249170250
2.6681-2.73480.3543940.246582760
2.7348-2.80870.35131170.2611103074
2.8087-2.89130.34931460.2579134296
2.8913-2.98450.32981470.25531371100
2.9845-3.09110.34051560.23611387100
3.0911-3.21470.28351500.20521413100
3.2147-3.36070.27491510.20481397100
3.3607-3.53760.23441600.20151382100
3.5376-3.75880.29611610.18221416100
3.7588-4.04830.24321530.17711375100
4.0483-4.45430.2231550.14371366100
4.4543-5.09570.20231550.1521404100
5.0957-6.40820.24171550.18021410100
6.4082-28.6180.19161440.1967138499
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 31.3098 Å / Origin y: -18.0378 Å / Origin z: -1.7779 Å
111213212223313233
T0.1055 Å2-0.086 Å20.0216 Å2-0.173 Å2-0.0259 Å2--0.152 Å2
L0.3057 °2-0.1758 °2-0.2541 °2-0.3273 °2-0.0002 °2--0.3901 °2
S0.0527 Å °0.0431 Å °0.0064 Å °0.0201 Å °-0.0163 Å °0.0593 Å °-0.0482 Å °-0.2066 Å °-0.0162 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA1 - 308
2X-RAY DIFFRACTION1allA309
3X-RAY DIFFRACTION1allA311
4X-RAY DIFFRACTION1allZ6 - 14
5X-RAY DIFFRACTION1allS1 - 37

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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