ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
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PHENIX | 1.10_2155精密化 | PDB_EXTRACT | 3.25 | データ抽出 | HKL-3000 | | データ削減 | HKL-3000 | | データスケーリング | PHENIX | | 位相決定 | |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.649→29.908 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.96 / 立体化学のターゲット値: ML
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.2478 | 2077 | 10.1 % |
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Rwork | 0.1903 | 18489 | - |
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obs | 0.1961 | 20566 | 85.5 % |
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL |
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原子変位パラメータ | Biso max: 114.22 Å2 / Biso mean: 41.1069 Å2 / Biso min: 11.84 Å2 |
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.649→29.908 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 2224 | 0 | 50 | 32 | 2306 |
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Biso mean | - | - | 21.73 | 39.31 | - |
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残基数 | - | - | - | - | 288 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | 数 |
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X-RAY DIFFRACTION | f_bond_d0.009 | 2325 | X-RAY DIFFRACTION | f_angle_d1.013 | 3142 | X-RAY DIFFRACTION | f_chiral_restr0.118 | 332 | X-RAY DIFFRACTION | f_plane_restr0.005 | 406 | X-RAY DIFFRACTION | f_dihedral_angle_d18.349 | 1366 | | | | | |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 解像度 (Å) | Rfactor Rfree | Num. reflection Rfree | Rfactor Rwork | Num. reflection Rwork | % reflection obs (%) |
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2.6494-2.711 | 0.327 | 62 | 0.2573 | 563 | 40 | 2.711-2.7788 | 0.271 | 81 | 0.2523 | 674 | 46 | 2.7788-2.8539 | 0.3247 | 86 | 0.2597 | 797 | 55 | 2.8539-2.9378 | 0.3317 | 103 | 0.234 | 938 | 65 | 2.9378-3.0325 | 0.3233 | 135 | 0.2584 | 1185 | 81 | 3.0325-3.1408 | 0.3049 | 152 | 0.2425 | 1406 | 97 | 3.1408-3.2664 | 0.2742 | 158 | 0.2196 | 1406 | 100 | 3.2664-3.4148 | 0.3093 | 163 | 0.2089 | 1435 | 100 | 3.4148-3.5946 | 0.2569 | 160 | 0.1882 | 1460 | 100 | 3.5946-3.8194 | 0.2377 | 164 | 0.1717 | 1431 | 100 | 3.8194-4.1136 | 0.2126 | 161 | 0.1538 | 1453 | 100 | 4.1136-4.5263 | 0.2188 | 165 | 0.1444 | 1426 | 100 | 4.5263-5.1783 | 0.1847 | 161 | 0.1627 | 1438 | 100 | 5.1783-6.513 | 0.2392 | 164 | 0.1909 | 1441 | 100 | 6.513-29.908 | 0.2324 | 162 | 0.2011 | 1436 | 100 |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: -0.6686 Å / Origin y: -15.4418 Å / Origin z: -1.1928 Å
| 11 | 12 | 13 | 21 | 22 | 23 | 31 | 32 | 33 |
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T | 0.108 Å2 | -0.1008 Å2 | -0.0304 Å2 | - | 0.226 Å2 | 0.0269 Å2 | - | - | 0.1815 Å2 |
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L | 0.1691 °2 | -0.0747 °2 | 0.1592 °2 | - | 0.2456 °2 | 0.0542 °2 | - | - | 0.4104 °2 |
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S | -0.0169 Å ° | 0.074 Å ° | 0.0309 Å ° | 0.1071 Å ° | -0.0407 Å ° | -0.0652 Å ° | -0.0116 Å ° | 0.2793 Å ° | -0.0481 Å ° |
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精密化 TLSグループ | ID | Refine-ID | Refine TLS-ID | Selection details | Auth asym-ID | Auth seq-ID |
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1 | X-RAY DIFFRACTION | 1 | allA1 - 310 | 2 | X-RAY DIFFRACTION | 1 | allS1 - 32 | | | | |
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