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- PDB-7d2t: Crystal structure of Rsu1/PINCH1_LIM45C complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7d2t
タイトルCrystal structure of Rsu1/PINCH1_LIM45C complex
要素
  • LIM and senescent cell antigen-like-containing domain protein 1
  • Ras suppressor protein 1
キーワードPROTEIN BINDING / Leucine Rich Repeat
機能・相同性
機能・相同性情報


Regulation of cytoskeletal remodeling and cell spreading by IPP complex components / positive regulation of integrin-mediated signaling pathway / Cell-extracellular matrix interactions / cell-cell junction organization / positive regulation of cell-substrate adhesion / positive regulation of GTPase activity / positive regulation of focal adhesion assembly / cellular response to transforming growth factor beta stimulus / positive regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / tumor necrosis factor-mediated signaling pathway ...Regulation of cytoskeletal remodeling and cell spreading by IPP complex components / positive regulation of integrin-mediated signaling pathway / Cell-extracellular matrix interactions / cell-cell junction organization / positive regulation of cell-substrate adhesion / positive regulation of GTPase activity / positive regulation of focal adhesion assembly / cellular response to transforming growth factor beta stimulus / positive regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / establishment of protein localization / cell-cell adhesion / cell-cell junction / actin binding / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / intracellular signal transduction / focal adhesion / negative regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of gene expression / protein kinase binding / perinuclear region of cytoplasm / signal transduction / extracellular exosome / zinc ion binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
LIM and senescent cell antigen-like-containing domain protein 1-like / : / : / Cysteine Rich Protein / Cysteine Rich Protein / : / LIM zinc-binding domain signature. / LIM domain / Zinc-binding domain present in Lin-11, Isl-1, Mec-3. / Zinc finger, LIM-type ...LIM and senescent cell antigen-like-containing domain protein 1-like / : / : / Cysteine Rich Protein / Cysteine Rich Protein / : / LIM zinc-binding domain signature. / LIM domain / Zinc-binding domain present in Lin-11, Isl-1, Mec-3. / Zinc finger, LIM-type / LIM domain profile. / : / Leucine-rich repeat region / Leucine-rich repeats, bacterial type / Leucine rich repeat / Leucine-rich repeat, typical subtype / Leucine-rich repeats, typical (most populated) subfamily / Leucine-rich repeat profile. / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat domain superfamily / Ribbon / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
TRIETHYLENE GLYCOL / LIM and senescent cell antigen-like-containing domain protein 1 / Ras suppressor protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Yang, H. / Wei, Z. / Yu, C.
資金援助 中国, 3件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31870757 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31970741 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31770791 中国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2021
タイトル: Complex structures of Rsu1 and PINCH1 reveal a regulatory mechanism of the ILK/PINCH/Parvin complex for F-actin dynamics.
著者: Yang, H. / Lin, L. / Sun, K. / Zhang, T. / Chen, W. / Li, L. / Xie, Y. / Wu, C. / Wei, Z. / Yu, C.
履歴
登録2020年9月17日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年2月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ras suppressor protein 1
B: LIM and senescent cell antigen-like-containing domain protein 1
C: Ras suppressor protein 1
D: LIM and senescent cell antigen-like-containing domain protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,99021
ポリマ－96,4624
非ポリマー1,52817
水6,449358
1
A: Ras suppressor protein 1
B: LIM and senescent cell antigen-like-containing domain protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,13312
ポリマ－48,2312
非ポリマー90210
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3770 Å2
ΔGint-1 kcal/mol
Surface area19620 Å2
手法PISA
2
C: Ras suppressor protein 1
D: LIM and senescent cell antigen-like-containing domain protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,8579
ポリマ－48,2312
非ポリマー6267
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2790 Å2
ΔGint2 kcal/mol
Surface area19450 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)114.624, 51.293, 119.626
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 101.550, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

-
タンパク質 , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質 Ras suppressor protein 1 / Rsu-1


分子量: 31982.713 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RSU1, RSP1 / プラスミド: pFastBac / 細胞株 (発現宿主): Sf9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q15404
#2: タンパク質 LIM and senescent cell antigen-like-containing domain protein 1 / Particularly interesting new Cys-His protein 1 / PINCH-1 / Renal carcinoma antigen NY-REN-48


分子量: 16248.257 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LIMS1, PINCH, PINCH1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P48059

-
非ポリマー , 5種, 375分子

#3: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#6: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 358 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.56 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M sodium malonate pH7.0, 12% w/v Polyethylene glycol 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年4月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 70288 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 40.74 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.152 / Rpim(I) all: 0.064 / Rrim(I) all: 0.165 / Χ2: 1.119 / Net I/σ(I): 4.8
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.2-2.246.91.20435040.6870.491.3010.772100
2.24-2.286.90.99334360.7440.4071.0740.803100
2.28-2.326.80.83435220.8060.3430.9030.798100
2.32-2.376.70.70834760.8280.2940.7680.813100
2.37-2.426.60.61734720.8440.2590.670.81899.9
2.42-2.486.20.51434830.8940.2240.5620.86299.9
2.48-2.546.40.45734790.9170.1950.4980.89199.9
2.54-2.616.90.39835280.9330.1620.430.92999.9
2.61-2.6970.34334680.9460.1390.370.968100
2.69-2.7770.29434900.9560.1190.3181.038100
2.77-2.876.90.2535390.9690.1020.271.098100
2.87-2.996.90.22534570.9680.0920.2431.133100
2.99-3.126.70.19434890.9730.0810.2111.194100
3.12-3.296.20.15935320.9810.070.1741.247100
3.29-3.496.90.14635390.9830.060.1581.316100
3.49-3.7670.12635120.9870.0510.1361.425100
3.76-4.146.80.11635290.9870.0480.1251.54899.9
4.14-4.746.30.1135560.9830.0480.121.55299.9
4.74-5.976.70.11135710.990.0470.1211.62199.9
5.97-506.30.137060.9920.0430.1091.56299.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7D2S

7d2s


解像度: 2.2→50 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20.93 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1978 2008 2.86 %
Rwork0.1701 68220 -
obs0.1709 70228 99.74 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 152.94 Å2 / Biso mean: 53.2771 Å2 / Biso min: 19.62 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.2→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6038 0 74 358 6470
Biso mean--78.1 52 -
残基数----753
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0036244
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7358434
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.027941
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031081
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.4642373
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.2-2.250.30761520.2813472898
2.25-2.31080.26751340.24274818100
2.3108-2.37880.26591450.22914838100
2.3788-2.45560.25111430.21324870100
2.4556-2.54330.22711430.21034847100
2.5433-2.64520.27341390.20714824100
2.6452-2.76550.26091400.19554855100
2.7655-2.91130.22441470.19074877100
2.9113-3.09370.24611370.19754883100
3.0937-3.33250.22161410.18844868100
3.3325-3.66780.18491470.16894935100
3.6678-4.19830.16271410.14024878100
4.1983-5.28830.15121510.12984929100
5.2883-48.150.16661480.1469507099
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.6142-0.48680.53173.54441.78813.03820.10880.9448-0.0099-1.592-0.35752.0973-0.534-1.86460.12090.8783-0.0078-0.27291.17990.09961.122626.25388.2723-6.0634
23.0927-1.01021.33412.7954-0.99663.70780.00980.02280.135-0.03810.01870.175-0.1645-0.1645-0.02210.28850.00420.01230.1582-0.00140.238449.19077.77724.5493
39.3040.46150.35373.2804-1.09815.40290.1012-0.6702-0.31410.47880.04920.0886-0.045-0.288-0.13220.37720.0124-0.06650.29610.03420.203259.8059-3.762425.393
46.27914.8563-0.93864.8215-0.38192.25070.09610.4678-0.21310.06860.1054-0.2787-0.12690.2063-0.17170.39470.0387-0.06410.55370.02920.336468.0666-0.12332.3572
56.094-0.2608-1.52499.98196.01445.3691-0.8612-0.35160.36580.43530.04830.48350.24480.99240.87410.8532-0.1570.15051.2721-0.19450.757830.590521.659655.8009
69.8254-6.6174-5.01697.85464.69763.98130.9355-0.57951.47720.50760.5012-0.4657-2.41310.2064-1.38931.0627-0.130.34760.8706-0.21150.761332.293224.390543.1299
76.58983.1491.04219.6127-2.68936.08850.6845-1.41730.8320.1145-0.5290.4345-0.50230.3142-0.24540.6255-0.02530.24410.7503-0.04930.570529.076616.961740.8294
82.2064-0.5081-2.38664.22623.07252.7216-0.006-0.39840.08470.5083-0.06040.6624-0.0787-0.37830.08290.43120.07570.10450.56050.05470.478433.33065.443120.9909
94.9826-2.225-3.40287.27821.94056.4677-0.1054-0.3211-0.6610.04970.0930.63890.7115-0.27050.02040.353-0.0749-0.02270.26310.07520.36245.0335-10.48968.7601
107.2933-1.8185-0.50578.23961.9532.0201-0.13292.6179-0.9308-3.2342-0.02321.2758-0.513-1.44620.15551.3805-0.253-0.19311.40860.01750.8171-12.310410.869927.2279
113.77541.0131.78143.64421.16144.38480.00230.197-0.1332-0.1896-0.02030.01780.15360.0040.01510.21630.01240.00320.2142-0.00510.2364-6.258611.30151.2961
127.3842-1.20472.26795.03430.43948.6736-0.0712-0.1326-0.25230.17760.1052-0.4078-0.05341.0003-0.05210.2226-0.0212-0.05520.3647-0.02130.3314.430820.708669.0383
133.7806-1.5311-1.55143.22053.1563.60090.4774-0.7016-0.2845-0.14080.13330.1513-0.03450.0966-0.62780.79790.0460.06181.10430.11240.704649.1928-6.31142.0379
146.0098-8.3574-1.77652.00551.97693.0128-0.1045-0.49880.5399-0.06560.5131-0.42070.07040.0635-0.40730.57050.09390.14781.14410.14180.914343.272-1.860239.9506
154.5009-6.216-1.98852.01974.80893.9748-0.675-0.8526-1.1198-0.5681-0.3501-0.36550.86240.43310.90310.61560.14370.26180.82890.18640.909732.4946-3.033937.4405
165.9206-4.62113.27747.56832.47918.6168-0.0212-0.7051-0.60930.2843-0.34210.5382-0.28060.67820.29480.5228-0.00710.19150.85010.09520.5827.24793.987440.9671
172.0334-1.2289-0.53544.1732-2.10171.2302-0.1250.5472-0.3648-1.1480.3161-0.55210.10841.0402-0.14770.49460.04040.14910.806-0.11870.458511.908410.227138.3263
187.3779-2.1409-2.64236.2378-1.78.17850.1050.71170.474-0.85820.0489-0.6663-0.2690.8345-0.13920.4665-0.06230.09330.5202-0.02710.36356.4820.620237.5335
198.1769-5.50140.47012.08530.69788.98520.07510.68430.6321-0.5845-0.0735-0.2697-0.68010.4425-0.00290.3749-0.0942-0.02180.34030.04870.3270.412427.046544.4001
202.0406-1.953-0.5652.02942.91712.0342-0.3271-0.16330.7614-0.1747-0.0539-0.6903-0.76280.83740.50380.3806-0.0296-0.07280.30160.05160.4058-3.748532.703253.2753
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 5 through 21 )A5 - 21
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 22 through 186 )A22 - 186
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 187 through 228 )A187 - 228
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 229 through 251 )A229 - 251
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 189 through 213 )B189 - 213
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 214 through 223 )B214 - 223
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 224 through 236 )B224 - 236
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 237 through 290 )B237 - 290
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 291 through 317 )B291 - 317
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 5 through 21 )C5 - 21
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 22 through 186 )C22 - 186
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 187 through 251 )C187 - 251
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'D' and (resid 189 through 203 )D189 - 203
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'D' and (resid 204 through 216 )D204 - 216
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'D' and (resid 217 through 231 )D217 - 231
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'D' and (resid 232 through 248 )D232 - 248
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'D' and (resid 249 through 262 )D249 - 262
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'D' and (resid 263 through 290 )D263 - 290
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'D' and (resid 291 through 306 )D291 - 306
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid 307 through 317 )D307 - 317

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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