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- PDB-7d1l: complex structure of two RRM domains -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7d1l
タイトルcomplex structure of two RRM domains
要素
  • Embryonic developmental protein tofu-6
  • Uncharacterized protein
キーワードPROTEIN BINDING / RRM / protein complex / RNA
機能・相同性
機能・相同性情報


21U-RNA metabolic process / positive regulation of chromosome segregation / RNA cap binding complex / piRNA processing / mitotic sister chromatid separation / embryonic cleavage / embryo development ending in birth or egg hatching / positive regulation of cell division / chromosome segregation / DNA replication ...21U-RNA metabolic process / positive regulation of chromosome segregation / RNA cap binding complex / piRNA processing / mitotic sister chromatid separation / embryonic cleavage / embryo development ending in birth or egg hatching / positive regulation of cell division / chromosome segregation / DNA replication / cell division / perinuclear region of cytoplasm / RNA binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein pid-3 / Embryonic developmental protein tofu-6
類似検索 - 構成要素
生物種Caenorhabditis elegans (センチュウ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Wang, X. / Liao, S. / Xu, C.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Molecular basis for PICS-mediated piRNA biogenesis and cell division.
著者: Wang, X. / Zeng, C. / Liao, S. / Zhu, Z. / Zhang, J. / Tu, X. / Yao, X. / Feng, X. / Guang, S. / Xu, C.
履歴
登録2020年9月14日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年8月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年10月6日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年10月9日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Embryonic developmental protein tofu-6
B: Embryonic developmental protein tofu-6
C: Uncharacterized protein
D: Uncharacterized protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,5704
ポリマ－41,5704
非ポリマー00
水5,711317
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5520 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area16190 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.686, 86.908, 92.790
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Embryonic developmental protein tofu-6 / 21U-RNA biogenesis fouled up protein 6 / Maternal effect lethal protein 47


分子量: 10761.389 Da / 分子数: 2 / 断片: RRM1 domain / 変異: LEU23MSE / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Caenorhabditis elegans (センチュウ)
遺伝子: tofu-6, mel-47, EEED8.1
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: Q09293
#2: タンパク質 Uncharacterized protein


分子量: 10023.728 Da / 分子数: 2 / 断片: RRM2 domain / 変異: ILE233MSE / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Caenorhabditis elegans (センチュウ)
遺伝子: pid-3, CELE_Y23H5A.3, Y23H5A.3
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: O76616
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 317 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.62 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 2% v/v 1, 4-Dioxane 0.1M Tris pH 8.0 15% w/v PEG3350 0.01 M Nickel(II) Chloride hexahydrate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→50 Å / Num. obs: 58993 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.5 % / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.143 / Net I/σ(I): 19.2
反射 シェル解像度: 1.95→2.02 Å / Rmerge(I) obs: 1.075 / Num. unique obs: 3258 / CC1/2: 0.722

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
CRANK2位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.95→27.653 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.81 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: the entry contains Friedel pairs in F_Plus/Minus columns
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2247 3627 6.15 %
Rwork0.1843 55366 -
obs0.1868 58993 94.78 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 88.36 Å2 / Biso mean: 25.6598 Å2 / Biso min: 8.51 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.95→27.653 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2557 0 0 317 2874
Biso mean---35.37 -
残基数----328
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.9502-1.97590.27461080.2656140863
1.9759-2.0030.24941000.2421162773
2.003-2.03160.26491040.2354170275
2.0316-2.06190.22631320.2341183982
2.0619-2.09410.29361230.2152196286
2.0941-2.12840.27491430.2083201692
2.1284-2.16510.28731240.203217296
2.1651-2.20450.23561530.2054223199
2.2045-2.24680.24641320.19922229100
2.2468-2.29270.21251410.19922284100
2.2927-2.34250.21741600.20022214100
2.3425-2.3970.27951440.2032266100
2.397-2.45690.2911370.20482225100
2.4569-2.52330.23621470.19262256100
2.5233-2.59750.27891530.19942240100
2.5975-2.68120.26691440.18942248100
2.6812-2.7770.21541530.18362250100
2.777-2.8880.20711340.18252292100
2.888-3.01930.22311440.17412213100
3.0193-3.17830.27421570.18112241100
3.1783-3.37710.18771380.17472263100
3.3771-3.63730.17441460.15872269100
3.6373-4.00240.22091600.14822216100
4.0024-4.57930.18721490.14542239100
4.5793-5.76080.1851470.17312251100
5.7608-27.6530.22271540.2105221399
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.0867-0.099-0.62380.6470.28991.7438-0.0183-0.10230.02870.07370.0523-0.0742-0.00730.2065-0.00020.16910.0255-0.01070.17660.00630.142625.486821.67128.0925
21.85990.2905-0.23871.68490.38161.2395-0.04910.0906-0.2683-0.16570.0374-0.05360.044-0.01410.00030.1991-0.00660.02190.13-0.00280.1638-6.1229-6.43011.708
31.07280.0990.27620.4830.43150.5598-0.13860.0821-0.14-0.02360.1192-0.0811-0.0020.1047-0.03040.12620.01320.04540.14160.00040.136421.683312.38096.6568
40.80620.37260.26770.47790.40610.3994-0.1031-0.06440.1141-0.0535-0.01020.08980.06080.0235-0.01930.10860.03010.00380.0994-0.01250.1109-2.046215.58839.7286
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain 'A' and resid 9 through 92)A9 - 92
2X-RAY DIFFRACTION2(chain 'B' and resid 8 through 92)B8 - 92
3X-RAY DIFFRACTION3(chain 'C' and resid 200 through 282)C200 - 282
4X-RAY DIFFRACTION4(chain 'D' and resid 200 through 282)D200 - 282

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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