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万見
- PDB-7d04: Lysozyme structure SS3 from SS mode -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7d04
タイトルLysozyme structure SS3 from SS mode
要素Lysozyme C
キーワードHYDROLASE / lysozyme / XFEL / SFX / SElf-seeded mode
機能・相同性
機能・相同性情報


Lactose synthesis / Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium ...Lactose synthesis / Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium / endoplasmic reticulum / extracellular space / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Glycoside hydrolase, family 22, lysozyme / Glycoside hydrolase family 22 domain / Glycosyl hydrolases family 22 (GH22) domain signature. / Glycoside hydrolase, family 22 / C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family / Glycosyl hydrolases family 22 (GH22) domain profile. / Alpha-lactalbumin / lysozyme C / Lysozyme-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Gallus gallus (ニワトリ)
手法X線回折 / 自由電子レーザー / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Kang, H.S. / Lee, S.J.
資金援助 韓国, 3件
組織認可番号国
National Research Foundation (NRF, Korea)2017R1A2B4007274 韓国
National Research Foundation (NRF, Korea)2020R1F1A1075828 韓国
National Research Foundation (NRF, Korea)2018R1A6B4023605 韓国
引用ジャーナル: Nat Photonics / 年: 2021
タイトル: High-brightness self-seeded X-ray free-electron laser covering the 3.5 keV to 14.6 keV range
著者: Nam, I. / Min, C.K. / Oh, B. / Kim, G. / Na, D. / Suh, Y.J. / Yang, H. / Cho, M.H. / Kim, C. / Kim, M.J. / Shim, C.H. / Ko, J.H. / Heo, H. / Park, J. / Kim, J. / Park, S. / Park, G. / Kim, S. ...著者: Nam, I. / Min, C.K. / Oh, B. / Kim, G. / Na, D. / Suh, Y.J. / Yang, H. / Cho, M.H. / Kim, C. / Kim, M.J. / Shim, C.H. / Ko, J.H. / Heo, H. / Park, J. / Kim, J. / Park, S. / Park, G. / Kim, S. / Chun, S.H. / Hyun, H. / Lee, J.H. / Kim, K.S. / Eom, I. / Rah, S. / Shu, D. / Kim, K.J. / Terentyev, S. / Blank, V. / Shvydko, Y. / Lee, S.J. / Kang, H.S.
履歴
登録2020年9月9日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年3月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _citation.country / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lysozyme C


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,2581
ポリマ－16,2581
非ポリマー00
水1,29772
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area6480 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)78.895, 78.895, 37.811
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-214-

HOH

21A-238-

HOH

31A-272-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Lysozyme C / 1 / 4-beta-N-acetylmuramidase C / Allergen Gal d IV


分子量: 16257.660 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: LYZ / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00698, lysozyme
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 72 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 32.03 %
解説: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN I_PLUS/MINUS COLUMNS.
結晶化温度: 293 K / 手法: batch mode
詳細: 100 mM sodium acetate (pH 4.0), 6% (w/v) polyethylene glycol 8,000, and 3.5 M NaCl

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K / Serial crystal experiment: Y
放射光源由来: 自由電子レーザー / サイト: PAL-XFEL / ビームライン: NCI / 波長: 1.2782 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2019年11月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.2782 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→27.89 Å / Num. obs: 25173 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 140.6 % / CC star: 0.964 / R split: 0.295 / Net I/σ(I): 3.52
反射 シェル解像度: 1.7→1.73 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.56 / Num. unique obs: 2532 / CC star: 0.869 / R split: 0.647
Serial crystallography sample delivery手法: injection

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.18.2_3874: ???)精密化
CrystFELV0.9.1データ削減
CrystFELV0.9.1データスケーリング
PHENIXV1.18.2_3874位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1VDS

1vds


解像度: 1.7→27.89 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.67 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2482 1249 4.97 %
Rwork0.213 --
obs0.2147 25111 99.97 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→27.89 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1001 0 0 72 1073
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0071021
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.051381
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.511143
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.059144
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009181
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7-1.770.31641400.26262670X-RAY DIFFRACTION100
1.77-1.850.32461400.24372643X-RAY DIFFRACTION100
1.85-1.950.22781390.21132649X-RAY DIFFRACTION100
1.95-2.070.23611430.18752656X-RAY DIFFRACTION100
2.07-2.230.25531410.18852648X-RAY DIFFRACTION100
2.23-2.450.21451310.19072639X-RAY DIFFRACTION100
2.45-2.810.24241440.20792658X-RAY DIFFRACTION100
2.81-3.530.22571330.21382650X-RAY DIFFRACTION100
3.54-27.890.26361380.2292649X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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