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万見
- PDB-7cwp: Root induced Secreted protein Tsp1 from Biocontrol fungi Trichode... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7cwp
タイトルRoot induced Secreted protein Tsp1 from Biocontrol fungi Trichoderma virens
要素Root induced signalling protein
キーワードSIGNALING PROTEIN / Effector / ellicitor / bio-control agent
機能・相同性effector-mediated perturbation of host innate immune response by symbiont / extracellular region / Effector TSP1
機能・相同性情報
生物種Hypocrea virens (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Gupta, G.D.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of root induced Secreted protein Tsp1 from Biocontrol fungi Trichoderma virens
著者: Gupta, G.D.
履歴
登録2020年8月29日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年9月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月30日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Root induced signalling protein
B: Root induced signalling protein
C: Root induced signalling protein
D: Root induced signalling protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,8304
ポリマ－58,8304
非ポリマー00
水8,593477
1
A: Root induced signalling protein

B: Root induced signalling protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,4152
ポリマ－29,4152
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_545x,y-1,z1
Buried area3160 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area10770 Å2
手法PISA
2
C: Root induced signalling protein
D: Root induced signalling protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,4152
ポリマ－29,4152
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3320 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area11020 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.200, 66.700, 168.000
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質
Root induced signalling protein


分子量: 14707.418 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Hypocrea virens (strain Gv29-8 / FGSC 10586) (菌類)
株: Gv29-8 / FGSC 10586 / 遺伝子: TRIVIDRAFT_215947 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G9MQD3
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 477 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.85 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 1.9 M sodium malonate pH 6.5, 5 mM glucose, 5% glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: RRCAT INDUS-2 / ビームライン: PX-BL21 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年10月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→42.89 Å / Num. obs: 29074 / % possible obs: 95.8 % / 冗長度: 4.5 % / Biso Wilson estimate: 22.03 Å2 / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.115 / Rpim(I) all: 0.055 / Rrim(I) all: 0.129 / Net I/σ(I): 9.4 / Num. measured all: 131390
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.1-2.164.40.4841073024130.8790.2340.5413.197.1
8.91-42.894.20.04717114040.9960.0250.05419.687.4

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位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1-2155精密化
XDSデータ削減
Aimless0.5.21データスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
AutoSol位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.1→19.994 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.72 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2255 1465 5.05 %
Rwork0.176 27537 -
obs0.1785 29002 95.06 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 105.32 Å2 / Biso mean: 22.605 Å2 / Biso min: 10.24 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.1→19.994 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3788 0 0 477 4265
Biso mean---27.73 -
残基数----511
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0053904
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7655370
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.049620
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005685
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d8.0982274
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.1-2.1750.27641200.2127280597
2.175-2.26190.28781450.1893275797
2.2619-2.36470.21691640.1845274898
2.3647-2.48920.25441450.1921276697
2.4892-2.64480.24121430.2015276796
2.6448-2.84850.27531570.1882272995
2.8485-3.13420.23291360.1866276296
3.1342-3.58540.19761420.1613271393
3.5854-4.50870.20091470.1452273492
4.5087-19.9940.19511660.1699275690

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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