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万見
- PDB-7cud: Crystal structure of HID in the unbound form -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7cud
タイトルCrystal structure of HID in the unbound form
要素Amino acid ABC transporter substrate-binding protein
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / Hemoglobin (ヘモグロビン) / Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) / Hemoglobin binding protein / protein-protein interaction (タンパク質間相互作用) / Shr / heme acquisition
機能・相同性
機能・相同性情報


Heme-binding protein Shr-like, Hb-interacting domain / Heme-binding protein Shr-like, Hb-interacting domain / NEAT domain / Iron Transport-associated domain / NEAT domain profile. / NEAr Transporter domain / NEAT domain superfamily / Leucine-rich repeat, SDS22-like subfamily / ロイシンリッチリピート / Leucine-rich repeat, typical subtype ...Heme-binding protein Shr-like, Hb-interacting domain / Heme-binding protein Shr-like, Hb-interacting domain / NEAT domain / Iron Transport-associated domain / NEAT domain profile. / NEAr Transporter domain / NEAT domain superfamily / Leucine-rich repeat, SDS22-like subfamily / ロイシンリッチリピート / Leucine-rich repeat, typical subtype / Leucine-rich repeats, typical (most populated) subfamily / Leucine-rich repeat profile. / ロイシンリッチリピート / Leucine-rich repeat domain superfamily / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain.
類似検索 - ドメイン・相同性
臭化物 / Heme-binding protein Shr
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus pyogenes (化膿レンサ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Caaveiro, J.M.M. / Hoshino, M. / Tsumoto, K.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)15K06962 日本
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural basis for the recognition of human hemoglobin by the Shr protein from Streptococcus pyogenes
著者: Caaveiro, J.M.M. / Hoshino, M. / Senoo, A. / Nakakido, M. / Nagatoishi, S. / Tame, J.R.H. / Tsumoto, K.
履歴
登録2020年8月22日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年7月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Amino acid ABC transporter substrate-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,7822
ポリマ－13,7021
非ポリマー801
水2,018112
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)76.070, 76.070, 33.920
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number173
Space group name H-MP63
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-301-

BR

21A-435-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Amino acid ABC transporter substrate-binding protein / DUF1533 domain-containing protein / Heme-binding protein Shr


分子量: 13702.384 Da / 分子数: 1 / 断片: HID2 domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus pyogenes (化膿レンサ球菌)
遺伝子: shr, inlA_2, G3M98_06270, GTK50_07335, SAMEA3919037_01262
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B0LFQ8
#2: 化合物 ChemComp-BR / BROMIDE ION / ブロミド / 臭化物


分子量: 79.904 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Br
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 112 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.51 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 20% PEG-MME 2000 (20% w/v), 150mM KBr, 20mM TRIS-HCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NE3A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2014年2月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→32.9 Å / Num. obs: 10571 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 10.8 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.133 / Net I/σ(I): 14.5
反射 シェル解像度: 1.8→1.9 Å / Rmerge(I) obs: 0.524 / Mean I/σ(I) obs: 4.6 / Num. unique obs: 1545 / CC1/2: 0.907

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0238精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
MOSFLM7.1.0データ削減
SCALA3.3.21データスケーリング
PHASER2.8.2位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6DKQ

6dkq


解像度: 1.8→30.18 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.921 / SU B: 2.543 / SU ML: 0.08 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.117 / ESU R Free: 0.12 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2057 435 4.1 %RANDOM
Rwork0.1547 ---
obs0.1569 10132 99.72 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 63.81 Å2 / Biso mean: 15.308 Å2 / Biso min: 8.19 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.08 Å20.04 Å20 Å2
2--0.08 Å20 Å2
3----0.27 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.8→30.18 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数895 0 1 114 1010
Biso mean--33.63 23.57 -
残基数----116
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.013927
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.017881
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7151.6351257
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.4591.5882065
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.7195123
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.25726.4139
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.95815180
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg3.162151
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0850.2135
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.021020
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02163
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.847 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.292 20 -
Rwork0.174 768 -
all-788 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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