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万見
- PDB-7ctx: Crystal structure of Arabidopsis thaliana SOBIR1 kinase domain(re... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ctx
タイトルCrystal structure of Arabidopsis thaliana SOBIR1 kinase domain(residues 388-401 deleted) in complex with AMP-PNP and magnesium
要素Leucine-rich repeat receptor-like serine/threonine/tyrosine-protein kinase SOBIR1
キーワードPLANT PROTEIN / Arabidopsis thaliana / Receptor-like kinase / Autophosphorylation / Src-like inactive conformation
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of floral organ abscission / positive regulation of defense response / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / receptor protein-tyrosine kinase / defense response / peroxisome / protein tyrosine kinase activity / non-specific serine/threonine protein kinase / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity ...negative regulation of floral organ abscission / positive regulation of defense response / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / receptor protein-tyrosine kinase / defense response / peroxisome / protein tyrosine kinase activity / non-specific serine/threonine protein kinase / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Leucine Rich Repeat / Leucine rich repeat / Leucine-rich repeat profile. / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat domain superfamily / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase domain ...: / Leucine Rich Repeat / Leucine rich repeat / Leucine-rich repeat profile. / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat domain superfamily / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase domain / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / Leucine-rich repeat receptor-like serine/threonine/tyrosine-protein kinase SOBIR1
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.907 Å
データ登録者Wei, X. / Wang, Y.L. / Gu, T.Y. / Xin, F.J.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31571963 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of Arabidopsis thaliana SOBIR1 kinase domain(residues 388-401 deleted) in complex with AMP-PNP and magnesium
著者: Wei, X. / Wang, Y.L. / Gu, T.Y. / Xin, F.J.
履歴
登録2020年8月20日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年4月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Leucine-rich repeat receptor-like serine/threonine/tyrosine-protein kinase SOBIR1
B: Leucine-rich repeat receptor-like serine/threonine/tyrosine-protein kinase SOBIR1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,6106
ポリマ－72,5492
非ポリマー1,0614
水00
1
A: Leucine-rich repeat receptor-like serine/threonine/tyrosine-protein kinase SOBIR1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,8053
ポリマ－36,2751
非ポリマー5312
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area80 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area13460 Å2
手法PISA
2
B: Leucine-rich repeat receptor-like serine/threonine/tyrosine-protein kinase SOBIR1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,8053
ポリマ－36,2751
非ポリマー5312
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area80 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area13810 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.389, 50.732, 93.066
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 106.650, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質 Leucine-rich repeat receptor-like serine/threonine/tyrosine-protein kinase SOBIR1 / Protein EVERSHED / Protein SUPPRESSOR OF BIR1-1


分子量: 36274.738 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: SOBIR1, EVR, At2g31880, F20M17.8 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q9SKB2, receptor protein-tyrosine kinase, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP


分子量: 506.196 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O12P3
コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.86 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.1 M Hepes (pH 7.0), 20% PEG8000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2019年6月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→50 Å / Num. obs: 14273 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 5 % / Biso Wilson estimate: 57.6 Å2 / CC1/2: 0.999 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.097 / Rpim(I) all: 0.046 / Rrim(I) all: 0.107 / Rsym value: 0.097 / Χ2: 0.771 / Net I/av σ(I): 14.6 / Net I/σ(I): 14.6
反射 シェル解像度: 2.9→3 Å / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.465 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 1371 / CC1/2: 0.823 / CC star: 0.95 / Rpim(I) all: 0.236 / Rrim(I) all: 0.525 / Rsym value: 0.465 / Χ2: 0.616 / % possible all: 95.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.12_2829精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7CTV

7ctv


解像度: 2.907→28.629 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.31 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2435 723 5.07 %
Rwork0.225 13534 -
obs0.2259 14257 98.03 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 139.39 Å2 / Biso mean: 60.1307 Å2 / Biso min: 30.49 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.907→28.629 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4534 0 2 0 4536
Biso mean--64.21 --
残基数----594
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0034696
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5416398
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.043744
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004810
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.2252810
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.907-3.1310.33491410.3009261596
3.131-3.44560.30761520.2657267798
3.4456-3.94310.24351390.2287271399
3.9431-4.96370.2161580.1884272899
4.9637-28.6290.20931330.215280198
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.37811.16550.17182.04551.49073.9770.1136-0.63160.09510.55020.05830.25930.73660.247-0.16730.60880.0012-0.00780.54230.00240.387-47.8912-15.767136.0285
29.4891-0.9028-1.08224.2415-1.01422.6589-0.1966-0.6562-0.0278-0.1310.3525-0.36150.46320.1247-0.23590.3801-0.0241-0.00610.2956-0.06320.3193-48.4445-14.701230.6982
31.57490.9448-0.01343.8975-2.18493.6021-0.0220.4258-0.17870.0622-0.2011-0.64280.07260.35130.19440.57350.0041-0.08850.6975-0.05860.4039-38.7697-6.675129.2604
41.74430.633-0.08611.9083-1.19863.21580.2174-0.2743-0.03490.0266-0.1453-0.00710.163-0.2072-0.04430.3858-0.02250.02150.3665-0.0230.4378-49.486-2.654117.227
50.66990.2356-0.32093.7804-0.80940.66570.0912-0.1213-0.1970.0724-0.2408-0.18540.24360.2360.13920.39960.06540.01080.39730.02580.3052-39.252-9.13119.6717
61.49950.15820.49962.7351-2.6842.9224-0.1597-0.1855-0.0837-0.60770.2201-0.460.2903-0.5019-0.0280.6394-0.0045-0.05430.409-0.0940.5218-49.9123-5.4235-6.216
71.7255-0.2545-1.03372.83370.23672.62190.11740.0762-0.3008-0.1627-0.14250.19-0.3203-0.15310.04470.48980.0089-0.09010.36030.00270.4512-46.54755.90622.4729
81.9713-2.6232-0.8554.16421.45820.73780.51960.74-0.121-0.7699-0.54710.1407-0.2988-0.26540.02480.53880.03510.00020.848-0.01660.4868-72.6733-38.47577.5495
96.2377-2.34091.62133.51632.40773.8641-0.4008-0.4996-0.3171-0.03250.26380.2426-0.42180.61130.11160.64110.01830.04940.579-0.08840.52-65.2079-39.19814.8666
104.6121-2.06022.80233.4217-0.4743.1552-0.2230.1401-0.9542-0.59540.21840.6521-0.2318-0.872-0.00630.47390.11170.04490.8101-0.08970.6872-83.9933-37.891116.7608
114.36940.03421.86322.17881.37225.94090.13410.7412-0.2218-0.1439-0.13260.04910.06790.61470.00250.35030.02750.01250.35910.03650.4152-69.7475-31.800323.6819
122.44960.7925-0.8252.12830.08382.24320.0140.0290.2012-0.1066-0.12240.0879-0.0075-0.19920.07290.33630.0051-0.01180.3556-0.01830.3726-79.0555-29.12732.6701
132.46770.091.02712.52730.57582.75680.032-0.5748-0.12780.5895-0.0272-0.1258-0.0453-0.1762-0.00510.48630.0018-0.0030.52460.05820.4677-71.0854-25.859549.7472
145.87891.2291-1.28245.8433-1.65045.01310.5045-0.26810.83610.6841-0.44980.3365-1.122-0.0767-0.03810.5085-0.0446-0.00160.3167-0.03590.3461-82.6317-17.678639.71
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 324 through 360 )A324 - 360
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 361 through 400 )A361 - 400
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 401 through 430 )A401 - 430
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 431 through 502 )A431 - 502
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 503 through 561 )A503 - 561
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 562 through 594 )A562 - 594
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 595 through 639 )A595 - 639
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 324 through 349 )B324 - 349
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 350 through 372 )B350 - 372
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 373 through 412 )B373 - 412
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 413 through 459 )B413 - 459
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 460 through 561 )B460 - 561
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 562 through 619 )B562 - 619
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 620 through 639 )B620 - 639

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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