PDB-7ctv: Crystal structure of Arabidopsis thaliana SOBIR1 kinase domain D4...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7ctv

タイトル

Crystal structure of Arabidopsis thaliana SOBIR1 kinase domain D489A mutant in complex with AMP-PNP and magnesium

要素

Leucine-rich repeat receptor-like serine/threonine/tyrosine-protein kinase SOBIR1

キーワード

PLANT PROTEIN / Arabidopsis thaliana / Receptor-like kinase / Autophosphorylation / Src-like inactive conformation

機能・相同性

機能・相同性情報

negative regulation of floral organ abscission / positive regulation of defense response / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / receptor protein-tyrosine kinase / defense response / peroxisome / protein tyrosine kinase activity / non-specific serine/threonine protein kinase / phosphorylation / protein serine kinase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.88561127202 Å

データ登録者

Wei, X. / Wang, Y.L. / Gu, T.Y. / Xin, F.J.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of Arabidopsis thaliana SOBIR1 kinase domain D489A mutant in complex with AMP-PNP and magnesium
著者: Wei, X. / Wang, Y.L. / Gu, T.Y. / Xin, F.J.

履歴

登録	2020年8月20日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2022年4月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7ctv.cif.gz	293.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7ctv.ent.gz	198 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7ctv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7ctv_validation.pdf.gz	1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7ctv_full_validation.pdf.gz	1 MB	表示
XML形式データ	7ctv_validation.xml.gz	23.3 KB	表示
CIF形式データ	7ctv_validation.cif.gz	30.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ct/7ctv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ct/7ctv	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5lpyS S: 精密化の開始モデル
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類似性 (1)
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トポイソメラーゼ (Topoisomerase)
類似性 (1)
#80 - 2006年8月
AAA+プロテアーゼ (AAA+ Proteases)
類似性 (1)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Leucine-rich repeat receptor-like serine/threonine/tyrosine-protein kinase SOBIR1

B: Leucine-rich repeat receptor-like serine/threonine/tyrosine-protein kinase SOBIR1

ヘテロ分子

76.6 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Leucine-rich repeat receptor-like serine/threonine/tyrosine-protein kinase SOBIR1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
38.3 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Leucine-rich repeat receptor-like serine/threonine/tyrosine-protein kinase SOBIR1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, Gel filtration analysis showed this protein is a monomer in solution
38.3 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	67.570, 50.889, 105.416
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 95.348, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

#1: タンパク質	Leucine-rich repeat receptor-like serine/threonine/tyrosine-protein kinase SOBIR1 / Protein EVERSHED / Protein SUPPRESSOR OF BIR1-1 分子量: 37784.508 Da / 分子数: 2 / 変異: D489A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 遺伝子: SOBIR1, EVR, At2g31880, F20M17.8 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q9SKB2, receptor protein-tyrosine kinase, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物	ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP 分子量: 506.196 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₇N₆O₁₂P₃ コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.61 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.82 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.15 詳細: 0.1 M Bistris propane (pH 8.15), 18% PEG8000, 3% MPD, 8% glycerol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97852 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年5月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97852 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.88→50 Å / Num. obs: 16161 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.3 % / B_iso Wilson estimate: 83.7 Å² / CC_1/2: 0.985 / CC star: 0.996 / R_merge(I) obs: 0.095 / R_pim(I) all: 0.041 / R_rim(I) all: 0.104 / R_sym value: 0.095 / Χ²: 0.946 / Net I/av σ(I): 19.9 / Net I/σ(I): 19.9
反射シェル	解像度: 2.9→3 Å / 冗長度: 5.2 % / R_merge(I) obs: 0.494 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique obs: 1595 / CC_1/2: 0.854 / CC star: 0.96 / R_pim(I) all: 0.233 / R_rim(I) all: 0.548 / R_sym value: 0.494 / Χ²: 0.651 / % possible all: 99.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.12_2829	精密化
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5LPY

5lpy

解像度: 2.88561127202→43.3859785821 Å / SU ML: 0.312397617249 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36130822499 / 位相誤差: 27.8906994263
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.239387336707	774	4.79494486433 %
R_work	0.21700830008	15368	-
obs	0.218126395507	16142	98.247108947 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 94.2935964329 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.88561127202→43.3859785821 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4505	0	2	0	4507

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.00204098113974	4597
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.492861678989	6265
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0412680248858	733
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.00413267640944	795
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.1408560086	2737

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.886-3.0664	0.313884386758	101	0.285970522399	2358	X-RAY DIFFRACTION	90.1392961877
3.0664-3.303	0.307958113834	133	0.267628897852	2557	X-RAY DIFFRACTION	99.9628390933
3.303-3.6353	0.277845877028	138	0.247802227638	2596	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6353-4.161	0.250415535597	128	0.218087237871	2584	X-RAY DIFFRACTION	100
4.161-5.2409	0.226891239927	137	0.200632434194	2604	X-RAY DIFFRACTION	100
5.2409-43.38	0.211105365399	137	0.198633450994	2669	X-RAY DIFFRACTION	99.3626062323

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.44912086647	4.74996611458	1.73427345173	8.3528468206	2.56295018635	2.45164198036	-0.108526836822	1.59084485388	0.181781981224	-0.550606138459	1.36430564663	-1.5632704765	0.686138870223	0.145310541768	-0.848460528019	1.15746036511	0.130307491308	0.017775191956	1.15359352269	-0.351601825601	0.588566499604	29.0336340178	-10.0962415936	30.8568767626
2	4.46352476519	0.757603169883	3.31413757152	2.45236902605	2.4592050406	7.39220342146	0.0660972007821	0.688019999798	-0.667011008019	-0.615533635709	0.424743927037	-0.446825401836	-0.0900050230861	-0.496040279036	-0.217682646395	0.508103969859	0.210085699698	0.0435089892776	0.899401447322	0.0519243831857	1.29114417937	27.9608257679	-16.4134044933	43.2894881776
3	3.66409316006	1.68329062101	4.03746884119	6.74766699767	0.394157195133	4.73566016843	0.501234013273	0.111306489006	-0.784826814074	-0.316010895426	0.0512918152399	-0.0889910051922	0.51922539835	-0.401142512106	-0.173827348909	0.466506861319	0.0220965807049	0.0669443585139	0.774603786681	-0.0381390636164	0.476707990543	16.5634219697	-10.8733098356	33.6143975896
4	2.44869076686	-2.91556812584	-0.604226747134	5.76708664197	2.68485804013	5.79892822417	0.224818032137	0.00502105528484	-0.229717499821	-1.10623138496	0.245805927971	0.168426905729	0.134848170524	-0.672171040995	-0.301714827007	0.693191743415	-0.207406499427	0.154700292046	0.796475241293	0.0955014292521	0.739226841759	19.5877559179	-3.14307043122	36.0795616896
5	2.69265636033	1.58646366666	1.36081558885	3.72737346472	2.55235775755	6.51665111371	0.0872594401018	-0.239354779165	-0.385641224615	0.385139118965	0.515293910884	-0.547066884271	1.09819692988	0.505258967519	-0.594460693605	0.420662457226	0.0754561440072	0.0278066779043	0.557066562939	0.0992341385075	0.809409227315	21.7192518714	-6.31184778107	53.101885669
6	4.9102179929	1.45131074532	1.96218935574	3.7346547424	1.99232057226	3.05825369261	0.0093179953135	0.43958063682	0.18622516846	-0.341117394826	-0.124917454956	0.0417056219204	-0.156235468544	0.173055935285	0.171158076725	0.330231461761	0.0929077819917	0.0402061971223	0.502990040539	0.0806866982645	0.53284033681	8.09079246505	-2.82508816604	47.2818229313
7	9.71811261701	-3.34128014062	-0.00137448737198	5.79319093754	2.88006313904	6.22085605543	-0.109250662816	-0.917192610104	-0.371846823905	1.1636695986	0.131672477165	0.63568040305	0.425551425522	0.0532493100364	0.0571171046027	0.472500942762	0.0408909157034	0.110732349459	0.540283413788	0.0317016401039	0.578006929308	3.99914826561	0.891766751641	65.5718957909
8	7.3892007823	-0.171157307192	0.618557518897	5.55605056381	1.86896116258	4.694950164	0.0652754253076	-0.342878163067	1.27511041788	-0.548240307402	-0.461081992801	0.0392539137909	-0.798813841619	0.188454655661	0.205923722642	0.572364537318	0.00361617441125	-0.0246659281174	0.317091421482	0.0669908221444	0.569991606393	0.589862493259	8.66867670229	50.404974621
9	9.31121126353	-1.11949047229	0.96671070851	2.11121046138	-1.30815375244	2.57577397048	0.288116497558	-1.37829017846	-2.24585364766	0.773459870408	0.39664503216	-0.0608076809279	2.15110763183	1.073923857	-0.280648358111	1.32557186645	0.746413934441	0.0587089577116	1.09504670977	-0.251308343607	0.160355216971	18.9689711225	-12.8903435031	76.7008323552
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17	6.28415704206	0.659227460299	3.66427003057	0.0364917891698	0.408299456206	2.55276688484	0.262141093165	-0.543408771704	1.00812461359	-0.0878405187	-0.444067058966	-0.0806440170864	0.30300215795	0.310687275516	0.163606090774	1.13367079802	0.088215409908	0.07085837685	0.668100858131	-0.0846893540674	0.681001332839	-4.29683939909	8.60208913199	101.4952938

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 324 through 342 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 343 through 371 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 372 through 412 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 413 through 430 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 431 through 459 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 460 through 561 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 562 through 619 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 620 through 639 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 325 through 347 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 348 through 398 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 399 through 437 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 438 through 459 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 460 through 505 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 506 through 544 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 545 through 577 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 578 through 619 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resid 620 through 640 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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