PDB-7csr: Structure of Ephexin4 R676L

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7csr

タイトル

Structure of Ephexin4 R676L

要素

Rho guanine nucleotide exchange factor 16

キーワード

SIGNALING PROTEIN / Ephexin4 / GEF / Autoinhibition

機能・相同性

機能・相同性情報

CDC42 GTPase cycle / NRAGE signals death through JNK / G alpha (12/13) signalling events / RHOG GTPase cycle / activation of GTPase activity / guanyl-nucleotide exchange factor activity / cell chemotaxis / positive regulation of protein localization to plasma membrane / PDZ domain binding / receptor tyrosine kinase binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3 Å

データ登録者

Zhang, M. / Lin, L. / Wang, C. / Zhu, J.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2021
タイトル: Double inhibition and activation mechanisms of Ephexin family RhoGEFs.
著者: Zhang, M. / Lin, L. / Wang, C. / Zhu, J.

履歴

登録	2020年8月17日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2021年2月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年3月3日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2023年11月29日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7csr.cif.gz	261.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7csr.ent.gz	209.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7csr.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7csr_validation.pdf.gz	459.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7csr_full_validation.pdf.gz	482.2 KB	表示
XML形式データ	7csr_validation.xml.gz	44.9 KB	表示
CIF形式データ	7csr_validation.cif.gz	61.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cs/7csr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cs/7csr	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7csoSC 7cspC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7cso-3 7cso-1 6zq0-d 7cso-2 2789 6zpw-d 3n95-6 2qq7-d 4w8k-d 7cso-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#148 - 2012年4月 Rasタンパク質 (Ras Protein) 類似性 (6) #58 - 2004年10月 Gタンパク質 (G Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Rho guanine nucleotide exchange factor 16

B: Rho guanine nucleotide exchange factor 16

C: Rho guanine nucleotide exchange factor 16

158 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Rho guanine nucleotide exchange factor 16

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
52.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Rho guanine nucleotide exchange factor 16

登録者が定義した集合体
52.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Rho guanine nucleotide exchange factor 16

登録者が定義した集合体
52.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	147.075, 244.729, 141.744
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	(chain A and (resid 264 through 268 or (resid 269...
2	1	(chain B and (resid 264 through 268 or (resid 269...
3	1	(chain C and (resid 264 through 521 or (resid 522...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	GLN	GLN	SER	SER	(chain A and (resid 264 through 268 or (resid 269...	A	A	264 - 268	10 - 14
1	2	GLN	GLN	GLN	GLN	(chain A and (resid 264 through 268 or (resid 269...	A	A	269	15
1	3	GLN	GLN	VAL	VAL	(chain A and (resid 264 through 268 or (resid 269...	A	A	264 - 709	10 - 455
1	4	GLN	GLN	VAL	VAL	(chain A and (resid 264 through 268 or (resid 269...	A	A	264 - 709	10 - 455
1	5	GLN	GLN	VAL	VAL	(chain A and (resid 264 through 268 or (resid 269...	A	A	264 - 709	10 - 455
1	6	GLN	GLN	VAL	VAL	(chain A and (resid 264 through 268 or (resid 269...	A	A	264 - 709	10 - 455
2	1	GLN	GLN	SER	SER	(chain B and (resid 264 through 268 or (resid 269...	B	B	264 - 268	10 - 14
2	2	GLN	GLN	GLN	GLN	(chain B and (resid 264 through 268 or (resid 269...	B	B	269	15
3	1	GLN	GLN	PHE	PHE	(chain C and (resid 264 through 521 or (resid 522...	C	C	264 - 521	10 - 267
3	2	ARG	ARG	ARG	ARG	(chain C and (resid 264 through 521 or (resid 522...	C	C	522	268

#1: タンパク質	Rho guanine nucleotide exchange factor 16 / Ephexin-4 分子量: 52521.613 Da / 分子数: 3 / 変異: R676L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Arhgef16 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q3U5C8

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.05 Å³/Da / 溶媒含有率: 69.61 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M HEPES pH7.5, 0.8 M NAH2PO4, 0.8 M K2HPO4

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97876 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月17日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97876 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 3→50 Å / Num. obs: 51159 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.6 % / R_merge(I) obs: 0.147 / R_pim(I) all: 0.062 / R_rim(I) all: 0.16 / Χ²: 0.575 / Net I/σ(I): 3.2 / Num. measured all: 339343

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
3-3.05	6.7	1.015	2528	0.654	0.421	1.101	0.423	100
3.05-3.11	6.7	0.855	2541	0.724	0.354	0.926	0.429	100
3.11-3.17	6.7	0.734	2511	0.776	0.305	0.796	0.437	100
3.17-3.23	6.7	0.629	2538	0.813	0.261	0.682	0.424	99.9
3.23-3.3	6.7	0.53	2511	0.861	0.219	0.574	0.447	100
3.3-3.38	6.7	0.43	2540	0.908	0.179	0.466	0.452	100
3.38-3.46	6.7	0.345	2548	0.932	0.143	0.374	0.464	100
3.46-3.56	6.5	0.271	2522	0.957	0.115	0.295	0.487	99.9
3.56-3.66	5.9	0.229	2548	0.958	0.103	0.251	0.512	99.9
3.66-3.78	6.4	0.195	2535	0.974	0.083	0.212	0.563	100
3.78-3.91	7.1	0.165	2538	0.984	0.066	0.178	0.605	100
3.91-4.07	7	0.152	2579	0.985	0.061	0.164	0.647	100
4.07-4.26	7	0.137	2525	0.987	0.056	0.148	0.697	100
4.26-4.48	6.9	0.127	2553	0.988	0.052	0.137	0.843	100
4.48-4.76	6.8	0.115	2564	0.991	0.047	0.124	0.873	100
4.76-5.13	6.5	0.097	2574	0.993	0.041	0.106	0.718	100
5.13-5.64	5.9	0.092	2575	0.992	0.041	0.101	0.539	100
5.64-6.46	7	0.093	2602	0.994	0.038	0.101	0.503	99.9
6.46-8.13	6.8	0.075	2610	0.995	0.031	0.081	0.602	99.9
8.13-50	6	0.058	2717	0.996	0.025	0.063	0.802	99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.18.2_3874	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7CSO

7cso

解像度: 3→36.77 Å / SU ML: 0.43 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 26.31 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2549	2592	5.08 %	RANDOM
R_work	0.212	48419	-	-
obs	0.2142	51011	99.25 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 210.03 Å² / B_iso mean: 69.6351 Å² / B_iso min: 20.59 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 3→36.77 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10175	0	0	0	10175
残基数	-	-	-	-	1275

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	3765	X-RAY DIFFRACTION	6.734	TORSIONAL
1	2	B	3765	X-RAY DIFFRACTION	6.734	TORSIONAL
1	3	C	3765	X-RAY DIFFRACTION	6.734	TORSIONAL

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 19

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
3-3.06	0.3283	115	0.326	2283	2398	90
3.06-3.11	0.384	159	0.2932	2530	2689	100
3.11-3.18	0.3585	143	0.2787	2529	2672	100
3.18-3.25	0.3003	124	0.2693	2565	2689	100
3.25-3.32	0.3055	135	0.2568	2528	2663	100
3.32-3.4	0.328	134	0.2558	2567	2701	100
3.4-3.5	0.2873	140	0.2347	2512	2652	100
3.5-3.6	0.2421	131	0.2218	2536	2667	100
3.6-3.72	0.2704	141	0.2121	2569	2710	100
3.72-3.85	0.2527	155	0.2053	2523	2678	100
3.85-4	0.2398	117	0.1962	2577	2694	100
4-4.18	0.2375	130	0.1891	2560	2690	100
4.18-4.4	0.2326	139	0.1805	2547	2686	100
4.4-4.68	0.2356	128	0.1749	2603	2731	100
4.68-5.04	0.2209	142	0.1748	2553	2695	100
5.04-5.55	0.2407	146	0.2044	2562	2708	100
5.55-6.34	0.2708	132	0.2334	2610	2742	100
6.35-7.98	0.2245	146	0.2238	2606	2752	99
7.98-36.77	0.2255	135	0.1938	2659	2794	97

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