PDB-7csn: Crystal structure of peptidyl-tRNA hydrolase from Acinetobacter b...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7csn

タイトル

Crystal structure of peptidyl-tRNA hydrolase from Acinetobacter baumannii at 1.00 A resolution

要素

Peptidyl-tRNA hydrolase

Alternative ribosome-rescue factor B

キーワード

HYDROLASE (加水分解酵素)

機能・相同性

機能・相同性情報

peptidyl-tRNA hydrolase /

aminoacyl-tRNA hydrolase activity /

翻訳 (生物学) /

細胞質
類似検索 - 分子機能

生物種

Acinetobacter baumannii (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1 Å

データ登録者

Viswanathan, V. / Sharma, P. / Singh, P.K. / Kaur, P. / Sharma, S. / Singh, T.P.

資金援助

インド, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of peptidyl-tRNA hydrolase from Acinetobacter baumannii at 1.00 A resolution
著者: Viswanathan, V. / Sharma, P. / Singh, P.K. / Kaur, P. / Sharma, S. / Singh, T.P.

履歴

登録	2020年8月15日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2020年9月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7csn.cif.gz	95.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7csn.ent.gz	69 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7csn.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cs/7csn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cs/7csn	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6j93S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5gib-1 6jgu-d 3a7z-d 4olj-d 3qbr-2 6ivv-d 3a8b-d 6jj1-d 1max-d 5nb6-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Peptidyl-tRNA hydrolase

21.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	34.000, 66.250, 76.230
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Peptidyl-tRNA hydrolase / Alternative ribosome-rescue factor B / PTH 分子量: 21250.232 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii (strain ATCC 19606 / DSM 30007 / CIP 70.34 / JCM 6841 / NBRC 109757 / NCIMB 12457 / NCTC 12156 / 81) (バクテリア) 株: ATCC 19606 / DSM 30007 / CIP 70.34 / JCM 6841 / NBRC 109757 / NCIMB 12457 / NCTC 12156 / 81 遺伝子: pth, HMPREF0010_01329 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D0C9L6, peptidyl-tRNA hydrolase
#2: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 239 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Peptidyl-tRNA hydrolase /

Alternative ribosome-rescue factor B / PTH

分子量: 21250.232 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Acinetobacter baumannii (strain ATCC 19606 / DSM 30007 / CIP 70.34 / JCM 6841 / NBRC 109757 / NCIMB 12457 / NCTC 12156 / 81) (バクテリア)
株: ATCC 19606 / DSM 30007 / CIP 70.34 / JCM 6841 / NBRC 109757 / NCIMB 12457 / NCTC 12156 / 81
遺伝子: pth, HMPREF0010_01329 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D0C9L6,

peptidyl-tRNA hydrolase

#2: 水

ChemComp-HOH / water /

水

分子量: 18.015 Da / 分子数: 239 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2 Å³/Da / 溶媒含有率: 40 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 12% PEG 1500, 0.1M HEPES, pH 7.5, 20% Glycerol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.972 Å
検出器	タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年8月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.972 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1→33.15 Å / Num. obs: 90567 / % possible obs: 96.65 % / 冗長度: 9.5 % / CC_1/2: 0.996 / R_merge(I) obs: 0.09 / R_pim(I) all: 0.04 / Net I/σ(I): 11.1
反射シェル	解像度: 1→1.02 Å / 冗長度: 8.5 % / R_merge(I) obs: 0.79 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique obs: 6825 / CC_1/2: 0.74 / R_pim(I) all: 0.42 / % possible all: 98.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6j93

6j93

解像度: 1→33.147 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.979 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.978 / SU B: 0.896 / SU ML: 0.02 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.024 / ESU R Free: 0.023 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1569	4520	5.054 %
R_work	0.1448	84906	-
all	0.145	-	-
obs	-	89426	95.406 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 15.225 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.122 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	0.2 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.078 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1→33.147 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1496	0	0	239	1735

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.026	0.013	1578
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.01	0.017	1451
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.514	1.632	2144
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.794	1.575	3391
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.564	5	207
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.865	22.857	84
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.552	15	266
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.941	15	9
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.158	0.2	199
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.013	0.02	1813
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.005	0.02	314
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.242	0.2	322
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.208	0.2	1444
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.183	0.2	777
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.093	0.2	706
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.246	0.2	127
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.234	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.301	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.239	0.2	38
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.187	0.2	24
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	12.242	1.212	795
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	12.249	1.21	794
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	10.896	1.789	995
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	10.892	1.79	996
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	14.984	1.706	783
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	14.984	1.704	783
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	13.717	2.308	1143
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	13.716	2.306	1143
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	14.603	16.176	1802
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	14.698	15.27	1748
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	39.083	3	3029

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1-1.026	0.37	249	0.355	4521	X-RAY DIFFRACTION	69.9927
1.026-1.054	0.315	298	0.309	5547	X-RAY DIFFRACTION	87.317
1.054-1.085	0.249	333	0.227	6033	X-RAY DIFFRACTION	98.3318
1.085-1.118	0.167	340	0.179	5897	X-RAY DIFFRACTION	98.7648
1.118-1.155	0.168	288	0.151	5709	X-RAY DIFFRACTION	97.9582
1.155-1.195	0.142	294	0.14	5549	X-RAY DIFFRACTION	98.616
1.195-1.24	0.151	291	0.135	5356	X-RAY DIFFRACTION	98.4141
1.24-1.291	0.146	274	0.135	5145	X-RAY DIFFRACTION	98.3842
1.291-1.348	0.14	258	0.127	4958	X-RAY DIFFRACTION	97.8061
1.348-1.414	0.145	260	0.125	4777	X-RAY DIFFRACTION	99.0755
1.414-1.49	0.149	221	0.125	4500	X-RAY DIFFRACTION	98.0681
1.49-1.58	0.138	218	0.123	4279	X-RAY DIFFRACTION	97.9952
1.58-1.689	0.145	197	0.123	4028	X-RAY DIFFRACTION	97.5525
1.689-1.824	0.141	184	0.124	3803	X-RAY DIFFRACTION	98.933
1.824-1.997	0.148	196	0.126	3478	X-RAY DIFFRACTION	98.3668
1.997-2.232	0.136	166	0.12	3084	X-RAY DIFFRACTION	96.2963
2.232-2.575	0.135	146	0.129	2839	X-RAY DIFFRACTION	99.0378
2.575-3.149	0.174	140	0.151	2434	X-RAY DIFFRACTION	99.7674
3.149-4.434	0.135	88	0.131	1832	X-RAY DIFFRACTION	94.3489
4.434-33.14	0.16	79	0.195	1137	X-RAY DIFFRACTION	99.7539

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 7.3331 Å / Origin y: 8.8338 Å / Origin z: 15.6639 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0142 Å²	-0.0002 Å²	0.0001 Å²	-	0.0001 Å²	-0.0002 Å²	-	-	0.0126 Å²
L	0.0384 °²	-0.0087 °²	0.0083 °²	-	0.0277 °²	-0.0145 °²	-	-	0.0239 °²
S	0.0001 Å °	-0.002 Å °	-0.0001 Å °	0.0007 Å °	0.0003 Å °	0.0007 Å °	-0.0003 Å °	-0.001 Å °	-0.0004 Å °

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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新型コロナ情報

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