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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7cqr | ||||||
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タイトル | Complex structure of HPPD with Y16550 | ||||||
![]() | 4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / Inhibitor / complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() 4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase / 4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase activity / tyrosine catabolic process / L-phenylalanine catabolic process / iron ion binding / Golgi membrane / endoplasmic reticulum membrane / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Lin, H.Y. / Yang, G.F. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural insights of 4-Hydrophenylpyruvate dioxygenase inhibition by structurally diverse small molecules 著者: Dong, J. / Dong, J. / Yu, X.H. / Yan, Y.C. / Nan, J.X. / He, B. / Ye, B.Q. / Yang, W.C. / Lin, H.Y. / Yang, G.F. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 94.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 67.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 748.4 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 753.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 17.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 25.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7cqsC ![]() 7x5rC ![]() 7x5sC ![]() 7x5uC ![]() 7x5wC ![]() 7x5xC ![]() 7x6mC ![]() 7x6nC ![]() 7x7lC ![]() 7x8dC ![]() 7x8eC ![]() 7xntC ![]() 6jx9S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 44341.832 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: HPD, PDS1, At1g06570, F12K11.9 / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P93836, 4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase |
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#2: 化合物 | ChemComp-CO / |
#3: 化合物 | ChemComp-GEU / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.52 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 0.1M Tris-HCl pH8.5, 0.1M Bicine pH8.5, 0.03 M NaF, 0.03 M NaBr, 0.03 M NaI, 25%(w/v) MPD, 25%(w/v) PEG1000, 25%(w/v) PEG3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2019年10月2日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.947→30 Å / Num. obs: 26523 / % possible obs: 92.2 % / 冗長度: 3.1 % / CC1/2: 0.985 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 15.1 |
反射 シェル | 解像度: 1.947→1.98 Å / Rmerge(I) obs: 0.168 / Mean I/σ(I) obs: 6 / Num. unique obs: 1339 / CC1/2: 0.977 / % possible all: 93.4 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 6JX9 解像度: 1.947→28.113 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 25.86 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.947→28.113 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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