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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7cou | |||||||||
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タイトル | Structure of cyanobacterial photosystem II in the dark S1 state | |||||||||
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![]() | PHOTOSYNTHESIS / Photosystem II | |||||||||
機能・相同性 | ![]() photosystem II assembly / photosystem II oxygen evolving complex / oxygen evolving activity / photosystem II stabilization / photosystem II / photosystem II reaction center / oxidoreductase activity, acting on diphenols and related substances as donors, oxygen as acceptor / photosynthetic electron transport chain / response to herbicide / photosystem II ...photosystem II assembly / photosystem II oxygen evolving complex / oxygen evolving activity / photosystem II stabilization / photosystem II / photosystem II reaction center / oxidoreductase activity, acting on diphenols and related substances as donors, oxygen as acceptor / photosynthetic electron transport chain / response to herbicide / photosystem II / extrinsic component of membrane / plasma membrane-derived thylakoid membrane / chlorophyll binding / photosynthesis, light reaction / electron transporter, transferring electrons within the cyclic electron transport pathway of photosynthesis activity / phosphate ion binding / photosynthetic electron transport in photosystem II / photosynthesis / respiratory electron transport chain / manganese ion binding / electron transfer activity / protein stabilization / iron ion binding / heme binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Li, H. / Shen, J.-R. / Suga, M. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Capturing structural changes of the S 1 to S 2 transition of photosystem II using time-resolved serial femtosecond crystallography. 著者: Li, H. / Nakajima, Y. / Nomura, T. / Sugahara, M. / Yonekura, S. / Chan, S.K. / Nakane, T. / Yamane, T. / Umena, Y. / Suzuki, M. / Masuda, T. / Motomura, T. / Naitow, H. / Matsuura, Y. / ...著者: Li, H. / Nakajima, Y. / Nomura, T. / Sugahara, M. / Yonekura, S. / Chan, S.K. / Nakane, T. / Yamane, T. / Umena, Y. / Suzuki, M. / Masuda, T. / Motomura, T. / Naitow, H. / Matsuura, Y. / Kimura, T. / Tono, K. / Owada, S. / Joti, Y. / Tanaka, R. / Nango, E. / Akita, F. / Kubo, M. / Iwata, S. / Shen, J.R. / Suga, M. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 2.6 MB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 2.2 MB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 32.1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 33.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 282.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 359.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-Photosystem II ... , 17種, 33分子 AaBbCcDdHhIiJjKkLlMmOoTtUuXxYy...
#1: タンパク質 | 分子量: 38235.602 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: P51765, photosystem II #2: タンパク質 | 分子量: 56068.742 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: D0VWR1 #3: タンパク質 | 分子量: 49668.758 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() #4: タンパク質 | 分子量: 38404.949 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: D0VWR8, photosystem II #7: タンパク質 | 分子量: 7227.559 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: P19052 #8: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4438.255 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: P12240 #9: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3974.712 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: Q7DGD4 #10: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4101.911 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: P19054 #11: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4299.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: P12241 #12: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4009.682 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: P12312 #13: タンパク質 | 分子量: 26651.707 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: D0VWR2 #14: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3906.738 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: P12313 #15: タンパク質 | 分子量: 11655.986 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: P56152 #17: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4191.030 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: D0VWR4 #18: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3228.035 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: D0VWR3 #19: タンパク質 | 分子量: 6766.187 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: D0VWR5 #20: タンパク質・ペプチド | | 分子量: 3859.732 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: P0DM37 |
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-Cytochrome b559 subunit ... , 2種, 4分子 EeFf
#5: タンパク質 | 分子量: 9580.840 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: P12238 #6: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4936.704 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: P12239 |
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-タンパク質 , 1種, 2分子 Vv
#16: タンパク質 | 分子量: 15148.255 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: P0A387 |
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-糖 , 3種, 33分子 ![](data/chem/img/HTG.gif)
![](data/chem/img/LMT.gif)
![](data/chem/img/DGD.gif)
![](data/chem/img/LMT.gif)
![](data/chem/img/DGD.gif)
#33: 糖 | ChemComp-HTG / #34: 糖 | ChemComp-LMT / #35: 糖 | ChemComp-DGD / |
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-非ポリマー , 17種, 2301分子 ![](data/chem/img/FE2.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/CLA.gif)
![](data/chem/img/PHO.gif)
![](data/chem/img/BCR.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/SQD.gif)
![](data/chem/img/OEX.gif)
![](data/chem/img/PL9.gif)
![](data/chem/img/LHG.gif)
![](data/chem/img/LMG.gif)
![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/BCT.gif)
![](data/chem/img/HEC.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/CLA.gif)
![](data/chem/img/PHO.gif)
![](data/chem/img/BCR.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/SQD.gif)
![](data/chem/img/OEX.gif)
![](data/chem/img/PL9.gif)
![](data/chem/img/LHG.gif)
![](data/chem/img/LMG.gif)
![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/BCT.gif)
![](data/chem/img/HEC.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#21: 化合物 | #22: 化合物 | ChemComp-CL / #23: 化合物 | ChemComp-CLA / #24: 化合物 | ChemComp-PHO / #25: 化合物 | ChemComp-BCR / #26: 化合物 | ChemComp-GOL / #27: 化合物 | ChemComp-SQD / #28: 化合物 | #29: 化合物 | ChemComp-PL9 / #30: 化合物 | ChemComp-UNL / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 #31: 化合物 | ChemComp-LHG / #32: 化合物 | ChemComp-LMG / #36: 化合物 | ChemComp-CA / #37: 化合物 | #38: 化合物 | ChemComp-HEC / #39: 化合物 | #40: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.3 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: batch mode / 詳細: PEG, magnesium sulfate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MPCCD / 検出器: CCD / 日付: 2017年4月17日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.77 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.25→40 Å / Num. obs: 399661 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 846.8 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 65.3 |
反射 シェル | 解像度: 2.25→2.33 Å / Num. unique obs: 39640 / CC1/2: 0.615 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 5WS5 解像度: 2.25→39.965 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 25.31 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 197.64 Å2 / Biso mean: 61.3715 Å2 / Biso min: 29.07 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.25→39.965 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 13.66 Å / Origin y: -14.4206 Å / Origin z: -25.5809 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: all |