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- PDB-7co3: HtrA-type protease AlgWS227A with tripeptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7co3
タイトルHtrA-type protease AlgWS227A with tripeptide
要素
  • AlgW protein
  • TRP-VAL-PHE
キーワードPEPTIDE BINDING PROTEIN / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


peptidase activity / serine-type endopeptidase activity / proteolysis
類似検索 - 分子機能
: / PDZ domain / Peptidase S1C / Trypsin-like peptidase domain / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain / PDZ superfamily / Peptidase S1, PA clan
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Li, T. / Song, Y.J. / Bao, R.
引用ジャーナル: Mbio / 年: 2021
タイトル: Molecular Basis of the Versatile Regulatory Mechanism of HtrA-Type Protease AlgW from Pseudomonas aeruginosa.
著者: Li, T. / Song, Y. / Luo, L. / Zhao, N. / He, L. / Kang, M. / Li, C. / Zhu, Y. / Shen, Y. / Zhao, C. / Yang, J. / Huang, Q. / Mou, X. / Zong, Z. / Yang, J. / Tang, H. / He, Y. / Bao, R.
履歴
登録2020年8月3日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年3月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: TRP-VAL-PHE
A: AlgW protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,4732
ポリマ－41,4732
非ポリマー00
水2,972165
1
C: TRP-VAL-PHE
A: AlgW protein

C: TRP-VAL-PHE
A: AlgW protein

C: TRP-VAL-PHE
A: AlgW protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)124,4206
ポリマ－124,4206
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_545-y,x-y-1,z1
crystal symmetry operation3_655-x+y+1,-x,z1
Buried area7630 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area38510 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)96.614, 96.614, 119.550
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number182
Space group name H-MP6322
Space group name HallP6c2c
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+1/2
#3: y,-x+y,z+1/2
#4: -y,x-y,z
#5: -x+y,-x,z
#6: x-y,-y,-z
#7: -x,-x+y,-z
#8: -x,-y,z+1/2
#9: y,x,-z
#10: -y,-x,-z+1/2
#11: -x+y,y,-z+1/2
#12: x,x-y,-z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-425-

HOH

21A-483-

HOH

31A-534-

HOH

41A-538-

HOH

51A-547-

HOH

61A-555-

HOH

71A-561-

HOH

81A-564-

HOH

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要素

#1: タンパク質・ペプチド TRP-VAL-PHE


分子量: 450.530 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: タンパク質 AlgW protein


分子量: 41022.934 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1) (緑膿菌)
株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1
遺伝子: algW, PA4446 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9HVX1
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 165 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.66 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.8M Sodium/Potassium Phosphate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2019年6月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.898→39.49 Å / Num. obs: 49248 / % possible obs: 99.82 % / 冗長度: 28.5 % / Biso Wilson estimate: 25.71 Å2 / CC1/2: 0.958 / Net I/σ(I): 24.67
反射 シェル解像度: 1.898→1.996 Å / Num. unique obs: 2558 / CC1/2: 0.915

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1SOZ

1soz


解像度: 1.9→39.49 Å / SU ML: 0.3098 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.815 / 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2695 3706 7.53 %
Rwork0.2335 45542 -
obs0.2362 49248 99.82 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 59.84 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→39.49 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2181 0 25 165 2371
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01332231
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.50263026
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0881363
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0083398
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.84851337
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9-1.920.39551400.37331676X-RAY DIFFRACTION95.43
1.92-1.950.33831390.33831717X-RAY DIFFRACTION99.95
1.95-1.980.31581490.33771782X-RAY DIFFRACTION100
1.98-2.010.37931370.33311723X-RAY DIFFRACTION100
2.01-2.040.34311440.32621751X-RAY DIFFRACTION100
2.04-2.070.38951460.33171759X-RAY DIFFRACTION100
2.07-2.110.3511440.30741770X-RAY DIFFRACTION100
2.11-2.150.32251420.29281770X-RAY DIFFRACTION100
2.15-2.190.30411410.27431758X-RAY DIFFRACTION100
2.19-2.230.27811460.26911722X-RAY DIFFRACTION100
2.23-2.280.281440.25431747X-RAY DIFFRACTION100
2.28-2.330.29651470.24551764X-RAY DIFFRACTION100
2.33-2.390.28921430.25161779X-RAY DIFFRACTION100
2.39-2.460.30291450.24991729X-RAY DIFFRACTION100
2.46-2.530.2771400.22891765X-RAY DIFFRACTION100
2.53-2.610.2611460.24541768X-RAY DIFFRACTION100
2.61-2.70.28841420.22581739X-RAY DIFFRACTION100
2.7-2.810.28381440.22021736X-RAY DIFFRACTION100
2.81-2.940.28941370.231786X-RAY DIFFRACTION100
2.94-3.090.30611430.23161732X-RAY DIFFRACTION100
3.09-3.290.25971420.231768X-RAY DIFFRACTION100
3.29-3.540.21611460.20641753X-RAY DIFFRACTION100
3.54-3.90.22611400.19581747X-RAY DIFFRACTION100
3.9-4.460.22771490.1751752X-RAY DIFFRACTION100
4.46-5.620.22641330.19761771X-RAY DIFFRACTION100
5.62-39.490.24721370.21521778X-RAY DIFFRACTION99.95

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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