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- PDB-7cnw: Crystal structure of Apo PSD from E. coli (1.90 A) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7cnw
タイトルCrystal structure of Apo PSD from E. coli (1.90 A)
要素
  • Phosphatidylserine decarboxylase alpha chain
  • Phosphatidylserine decarboxylase beta chain
キーワードLYASE (リアーゼ) / Phosphatidylserine decarboxylase (ホスファチジルセリンデカルボキシラーゼ) / pyruvoyl-dependent decarboxylase / auto-cleaved / serine protease (セリンプロテアーゼ) / MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質)
機能・相同性ホスファチジルセリンデカルボキシラーゼ / Phosphatidylserine decarboxylase-related / ホスファチジルセリンデカルボキシラーゼ / Phosphatidylserine decarboxylase, prokaryotic type 1 / ホスファチジルセリンデカルボキシラーゼ / phosphatidylserine decarboxylase activity / phosphatidylethanolamine biosynthetic process / 細胞膜 / Phosphatidylserine decarboxylase proenzyme
機能・相同性情報
生物種Escherichia coli K-12 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Kim, J. / Cho, G.
資金援助 韓国, 1件
組織認可番号国
National Research Foundation (NRF, Korea) 韓国
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2021
タイトル: Structural insights into phosphatidylethanolamine formation in bacterial membrane biogenesis.
著者: Cho, G. / Lee, E. / Kim, J.
履歴
登録2020年8月3日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年3月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_validate_main_chain_plane / pdbx_validate_rmsd_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phosphatidylserine decarboxylase beta chain
B: Phosphatidylserine decarboxylase alpha chain
C: Phosphatidylserine decarboxylase beta chain
D: Phosphatidylserine decarboxylase alpha chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,8329
ポリマ－66,2544
非ポリマー1,5785
水3,225179
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: Gel filtration analysis shows overestimated molecular weight due to detergent micelle.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11470 Å2
ΔGint-84 kcal/mol
Surface area24540 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.443, 79.817, 147.089
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21C
12B
22D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 0 / Refine code: 0

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11SERSERLEULEUAA4 - 2524 - 252
21SERSERLEULEUCC4 - 2524 - 252
12THRTHRTHRTHRBB255 - 2872 - 34
22THRTHRTHRTHRDD255 - 2872 - 34

NCSアンサンブル:
ID
1
2

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要素

#1: タンパク質 Phosphatidylserine decarboxylase beta chain


分子量: 28645.170 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: psd, FAZ83_09855 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: A0A6D2XQZ0, ホスファチジルセリンデカルボキシラーゼ
#2: タンパク質・ペプチド Phosphatidylserine decarboxylase alpha chain


分子量: 4482.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: psd, FAZ83_09855 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: A0A6D2XQZ0, ホスファチジルセリンデカルボキシラーゼ
#3: 糖 ChemComp-LMT / DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / ドデシルβ-D-マルトシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 510.615 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H46O11 / コメント: 可溶化剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 179 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.15 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.3
詳細: 0.1 M BIS-TRIS pH 6.3, 28% w/v PEGMME 2000, 5% w/v 1.6-Hexanediol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: LN2 / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.98011 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2018年11月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98011 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→49.03 Å / Num. obs: 71625 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 14.1 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.137 / Rpim(I) all: 0.037 / Rrim(I) all: 0.142 / Net I/σ(I): 14.6 / Num. measured all: 1009308 / Scaling rejects: 2
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
1.9-1.9411.42.802139520.3690.8452.93386.8
9.11-49.0310.60.035627120.9990.0110.03694.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MxDCデータ収集
XDSデータ削減
Aimless0.7.4データスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC5.8.0258精密化
Coot0.8.9.2モデル構築
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.9→41.81 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.941 / SU B: 4.333 / SU ML: 0.116 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.127 / ESU R Free: 0.124
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2433 3593 5 %RANDOM
Rwork0.2115 ---
obs0.2131 67965 98.63 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 129.39 Å2 / Biso mean: 39.495 Å2 / Biso min: 15.18 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.11 Å2-0 Å20 Å2
2--2.23 Å2-0 Å2
3----1.12 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.9→41.81 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4445 0 88 179 4712
Biso mean--71.49 42.14 -
残基数----571
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0134644
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0174417
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5791.6696314
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2911.59910211
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.0165567
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.96921.402214
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.15215755
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.3091529
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0720.2626
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.025046
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02969
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A77120.09
12C77120.09
21B6830.11
22D6830.11
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.375 233 -
Rwork0.367 4346 -
all-4579 -
obs--86.48 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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