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- PDB-7cna: Crystal structure of Spindlin1/C11orf84 complex bound to histone ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7cna
タイトルCrystal structure of Spindlin1/C11orf84 complex bound to histone H3K4me3K9me3 peptide
要素
  • (ALA-ARG-THR-M3L-GLN-THR-ALA-ARG-M3L-SER- ...) x 2
  • Spindlin interactor and repressor of chromatin-binding protein
  • Spindlin-1
キーワードPROTEIN BINDING / epigenetic reader
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of protein ADP-ribosylation / gamete generation / site of DNA damage / rRNA transcription / positive regulation of Wnt signaling pathway / methylated histone binding / meiotic cell cycle / Wnt signaling pathway / spindle / chromatin organization ...regulation of protein ADP-ribosylation / gamete generation / site of DNA damage / rRNA transcription / positive regulation of Wnt signaling pathway / methylated histone binding / meiotic cell cycle / Wnt signaling pathway / spindle / chromatin organization / nuclear membrane / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA damage response / regulation of DNA-templated transcription / nucleolus / positive regulation of DNA-templated transcription / nucleoplasm / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
SPIN-DOC-like, zinc-finger / Spin-doc zinc-finger / Spindlin/spermiogenesis-specific protein / Spindlin/spermiogenesis-specific domain superfamily / Spin/Ssty Family
類似検索 - ドメイン・相同性
BENZAMIDINE / Spindlin interactor and repressor of chromatin-binding protein / Spindlin-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Qian, C.M.
資金援助 香港, 1件
組織認可番号国
The University Grants Committee, Research Grants Council (RGC)17127917 香港
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Structural mechanism of bivalent histone H3K4me3K9me3 recognition by the Spindlin1/C11orf84 complex in rRNA transcription activation.
著者: Du, Y. / Yan, Y. / Xie, S. / Huang, H. / Wang, X. / Ng, R.K. / Zhou, M.M. / Qian, C.
履歴
登録2020年7月30日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年1月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年8月11日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.02021年8月18日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_comp_id / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _entity.formula_weight / _pdbx_entity_nonpoly.comp_id / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
改定 2.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Spindlin-1
B: Spindlin interactor and repressor of chromatin-binding protein
D: Spindlin-1
E: Spindlin interactor and repressor of chromatin-binding protein
C: ALA-ARG-THR-M3L-GLN-THR-ALA-ARG-M3L-SER-THR
F: ALA-ARG-THR-M3L-GLN-THR-ALA-ARG-M3L-SER-GLY
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,78116
ポリマ－57,8616
非ポリマー91910
水5,098283
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, no assembly
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10810 Å2
ΔGint-73 kcal/mol
Surface area24550 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)45.603, 101.184, 56.615
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 91.410, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21D
12B
22E
13C
23F

NCSドメイン領域:

Refine code: _

Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111ARGARGSERSERAA51 - 2621 - 212
221ARGARGSERSERDC51 - 2621 - 212
132THRTHRTHRTHRBB255 - 2822 - 29
242THRTHRTHRTHRED255 - 2822 - 29
153ALAALATHRTHRCE1 - 111 - 11
263ALAALAGLYGLYFF1 - 111 - 11

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

-
ALA-ARG-THR-M3L-GLN-THR-ALA-ARG-M3L-SER- ... , 2種, 2分子 CF

#3: タンパク質・ペプチド ALA-ARG-THR-M3L-GLN-THR-ALA-ARG-M3L-SER-THR


分子量: 1392.648 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: タンパク質・ペプチド ALA-ARG-THR-M3L-GLN-THR-ALA-ARG-M3L-SER-GLY


分子量: 1348.596 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 4分子 ADBE

#1: タンパク質 Spindlin-1 / Ovarian cancer-related protein / Spindlin1


分子量: 24248.344 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SPIN1, OCR, SPIN / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9Y657
#2: タンパク質・ペプチド Spindlin interactor and repressor of chromatin-binding protein / SPIN1-docking protein / SPIN-DOC


分子量: 3311.634 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SPINDOC, C11orf84 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9BUA3

-
非ポリマー , 4種, 293分子

#5: 化合物
ChemComp-BEN / BENZAMIDINE / ベンズアミジン


分子量: 120.152 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H8N2
#6: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 283 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.73 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1 M sodium cacodylate pH 6.5, 35% PEG3350, 5% glycerol, 2% Benzamidine hydrochloride

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→35.11 Å / Num. obs: 66759 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.026 / Net I/σ(I): 32.7
反射 シェル解像度: 1.6→1.66 Å / Rmerge(I) obs: 0.11 / Num. unique obs: 10727

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4MZF

4mzf


解像度: 1.6→35.11 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.949 / SU B: 1.381 / SU ML: 0.05 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.083 / ESU R Free: 0.083 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2007 2002 3 %RANDOM
Rwork0.1718 ---
obs0.1727 64741 98.59 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 76.09 Å2 / Biso mean: 20.031 Å2 / Biso min: 9.27 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2---0 Å2-0 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.6→35.11 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3891 0 63 283 4237
Biso mean--30.03 25.79 -
残基数----491
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0134060
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0173688
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7981.6455506
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.4681.5828526
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.5125489
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.05823.077208
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.41915641
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.5131519
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0920.2508
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.024550
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02883
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A61140.1
12D61140.1
21B7380.05
22E7380.05
31C1900.18
32F1900.18
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.641 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.195 147 -
Rwork0.183 4687 -
obs--96.66 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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