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万見
- PDB-7cn6: T4 phage spackle protein gp61.3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7cn6
タイトルT4 phage spackle protein gp61.3
要素Protein spackle
キーワードVIRAL PROTEIN / Lysozyme inhibitor / Phage Lysis inhibition
機能・相同性Protein spackle / superinfection exclusion / host cell periplasmic space / Protein spackle
機能・相同性情報
生物種Enterobacteria phage T4 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Kanamaru, S. / Leiman, P.G.
資金援助 日本, 2件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)23121538 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)18H05421 日本
引用ジャーナル: Viruses / 年: 2020
タイトル: Structure and Function of the T4 Spackle Protein Gp61.3.
著者: Kanamaru, S. / Uchida, K. / Nemoto, M. / Fraser, A. / Arisaka, F. / Leiman, P.G.
履歴
登録2020年7月30日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年10月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月16日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _citation.country / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.country / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein spackle
B: Protein spackle
C: Protein spackle
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,7496
ポリマ－26,6293
非ポリマー1203
水7,188399
1
A: Protein spackle
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,9162
ポリマ－8,8761
非ポリマー401
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area90 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area5150 Å2
手法PISA
2
B: Protein spackle
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,9162
ポリマ－8,8761
非ポリマー401
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area90 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area4990 Å2
手法PISA
3
C: Protein spackle
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,9162
ポリマ－8,8761
非ポリマー401
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area100 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area5150 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)30.376, 46.921, 75.277
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 93.082, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質 Protein spackle


分子量: 8876.365 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: SF file contains Friedel pairs.
由来: (組換発現) Enterobacteria phage T4 (ファージ)
遺伝子: sp, 61.3 / プラスミド: pUC19 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P39230
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 399 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.86 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9.4 / 詳細: PEG4000, glycine, calcium chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.9794 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年9月18日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→39.8 Å / Num. obs: 51366 / % possible obs: 95.2 % / 冗長度: 1.9 % / Biso Wilson estimate: 11.76 Å2 / CC1/2: 0.979 / Rmerge(I) obs: 0.107 / Rpim(I) all: 0.107 / Rrim(I) all: 0.151 / Χ2: 0.83 / Net I/σ(I): 4
反射 シェル解像度: 1.6→1.63 Å / Rmerge(I) obs: 0.19 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 1001 / CC1/2: 0.895 / Rpim(I) all: 0.19 / Rrim(I) all: 0.269 / Χ2: 0.47 / % possible all: 75.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18_3845精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SHELXD位相決定
BUCCANEERモデル構築
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.6→19.9 Å / SU ML: 0.1797 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.94 / 位相誤差: 28.4219
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2279 2589 5.04 %
Rwork0.1789 48777 -
obs0.1814 51366 94.15 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 17.96 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→19.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1815 0 3 399 2217
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00211899
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.49342564
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0348275
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0014343
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d4.5167258
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6-1.630.28231110.20862051X-RAY DIFFRACTION72.82
1.63-1.670.25441180.2342194X-RAY DIFFRACTION75.75
1.67-1.70.2981990.21912312X-RAY DIFFRACTION79.36
1.7-1.740.23881540.21492424X-RAY DIFFRACTION85
1.74-1.780.32651400.2212600X-RAY DIFFRACTION89.69
1.78-1.830.26861430.22912757X-RAY DIFFRACTION96.73
1.83-1.890.27121820.21042823X-RAY DIFFRACTION98.23
1.89-1.950.25841480.20052819X-RAY DIFFRACTION99.36
1.95-2.020.24531210.19222974X-RAY DIFFRACTION99.68
2.02-2.10.2121390.18292835X-RAY DIFFRACTION99.7
2.1-2.190.24331480.17732892X-RAY DIFFRACTION99.87
2.19-2.310.23451580.18292833X-RAY DIFFRACTION99.73
2.31-2.450.21031620.17162885X-RAY DIFFRACTION99.9
2.45-2.640.28971390.18422891X-RAY DIFFRACTION100
2.64-2.910.22941210.18812909X-RAY DIFFRACTION99.9
2.91-3.330.21331600.16612899X-RAY DIFFRACTION99.87
3.33-4.180.18381820.14032819X-RAY DIFFRACTION99.54
4.18-19.90.19791640.15872860X-RAY DIFFRACTION99.54

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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