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- PDB-7cmp: parE in complex with AMPPNP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7cmp
タイトルparE in complex with AMPPNP
要素DNA topoisomerase 4 subunit B
キーワードANTIBIOTIC / parE / topoisomeraseIV
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA negative supercoiling activity / DNA topoisomerase (ATP-hydrolysing) / DNA topological change / chromosome segregation / chromosome / DNA binding / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
DNA topoisomerase IV, subunit B, Gram-negative / DNA gyrase B subunit, C-terminal / DNA gyrase B subunit, carboxyl terminus / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B, domain 2 / DNA gyrase B / DNA topoisomerase, type IIA / DNA topoisomerase, type IIA, conserved site / DNA topoisomerase II signature. / TopoisomeraseII / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B, C-terminal ...DNA topoisomerase IV, subunit B, Gram-negative / DNA gyrase B subunit, C-terminal / DNA gyrase B subunit, carboxyl terminus / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B, domain 2 / DNA gyrase B / DNA topoisomerase, type IIA / DNA topoisomerase, type IIA, conserved site / DNA topoisomerase II signature. / TopoisomeraseII / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B, C-terminal / Toprim domain / DNA topoisomerase, type IIA-like domain superfamily / Toprim domain profile. / TOPRIM domain / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold, subgroup / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / DNA topoisomerase 4 subunit B
類似検索 - 構成要素
生物種Xanthomonas oryzae pv. oryzae (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.886 Å
データ登録者Jung, H.Y. / Heo, Y.-S.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of parE in complex with AMPPNP
著者: Jung, H.Y. / Heo, Y.-S.
履歴
登録2020年7月28日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年8月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA topoisomerase 4 subunit B
B: DNA topoisomerase 4 subunit B
C: DNA topoisomerase 4 subunit B
D: DNA topoisomerase 4 subunit B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)183,83912
ポリマ－181,7174
非ポリマー2,1228
水1,04558
1
A: DNA topoisomerase 4 subunit B
B: DNA topoisomerase 4 subunit B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,9196
ポリマ－90,8582
非ポリマー1,0614
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6850 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area29840 Å2
手法PISA
2
C: DNA topoisomerase 4 subunit B
D: DNA topoisomerase 4 subunit B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,9196
ポリマ－90,8582
非ポリマー1,0614
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6490 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area30640 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.016, 126.747, 96.044
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 109.610, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A
21chain B
31chain C
41chain D

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111chain AA48 - 3093
211chain BB48 - 3093
311chain CC48 - 3093
411chain DD48 - 3093

-
要素

#1: タンパク質
DNA topoisomerase 4 subunit B / Topoisomerase IV subunit B


分子量: 45429.238 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xanthomonas oryzae pv. oryzae (strain KACC10331 / KXO85) (バクテリア)
株: KACC10331 / KXO85 / 遺伝子: parE, XOO2969 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q5GYJ8, DNA topoisomerase (ATP-hydrolysing)
#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP


分子量: 506.196 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O12P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 58 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.33 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.2 M Ammonium acetate, 0.1 M HEPES pH 7.5, 45% v/v 2-metyl-2,4-pentanediol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 11C / 波長: 0.987 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年7月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.886→50 Å / Num. obs: 37042 / % possible obs: 98.46 % / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 47.33 Å2 / CC1/2: 0.98 / Net I/σ(I): 21.2
反射 シェル解像度: 2.89→2.94 Å / Num. unique obs: 1849 / CC1/2: 0.88

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX1.13_2998精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3LPS

3lps


解像度: 2.886→46.104 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.03 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2599 1847 4.99 %
Rwork0.2016 35195 -
obs0.2046 37042 98.46 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 135.13 Å2 / Biso mean: 52.312 Å2 / Biso min: 18.42 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.886→46.104 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11692 0 128 58 11878
Biso mean--38.92 36.79 -
残基数----1496
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A4572X-RAY DIFFRACTION4.551TORSIONAL
12B4572X-RAY DIFFRACTION4.551TORSIONAL
13C4572X-RAY DIFFRACTION4.551TORSIONAL
14D4572X-RAY DIFFRACTION4.551TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.89-2.96360.37261250.2917246690
2.9636-3.05080.3651330.2942272599
3.0508-3.14920.33751320.2697270999
3.1492-3.26180.33351490.2594271399
3.2618-3.39230.33131370.2435271299
3.3923-3.54670.28521550.2166272699
3.5467-3.73360.25471450.2046270899
3.7336-3.96740.30391200.1884276999
3.9674-4.27350.21250.1794272099
4.2735-4.70320.2451480.1634274899
4.7032-5.38280.21361620.16752726100
5.3828-6.77840.24321630.19682739100
6.7784-46.10.19211530.1646273498
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.895-2.3047-0.2934.506-1.70711.07410.10620.431-0.10730.3001-0.3869-0.2842-0.09950.05850.22390.30240.028-0.07040.2547-0.03510.20435.6511-46.674825.4955
22.86661.2086-0.28851.84320.39652.04950.2948-0.03770.31250.1733-0.1655-0.3897-0.28870.1-0.16180.46790.00180.07180.1815-0.00210.322834.9035-24.349935.6148
33.68340.3606-1.02243.08441.04711.84860.50370.04440.42770.2997-0.21-0.4577-0.29140.4379-0.20440.43590.02110.0420.26080.04610.400839.4668-24.866733.6109
42.3673-0.259-0.50491.04610.21051.9460.65560.39090.565-0.0252-0.25470.1188-0.1319-0.3453-0.2890.48170.09420.04930.26530.09090.300421.2362-24.121733.1105
54.544-0.1194-0.94961.7034-0.21023.3096-0.0081-0.4114-0.23180.3087-0.07470.40280.0699-0.17960.06080.5327-0.04930.0570.2858-0.02280.270911.9078-35.71856.527
63.7557-0.8453-2.58560.24321.59815.908-0.3074-0.6765-0.27760.39010.14250.11550.75620.49420.1550.5807-0.0143-0.05440.48110.08070.272722.0268-39.25956.6506
76.4904-1.2430.01114.9320.35585.07480.4464-0.1727-0.42280.5215-0.71661.55320.0434-1.74760.46950.5642-0.22260.14640.7438-0.12770.4418-0.4904-39.866463.4171
81.0610.5106-0.43444.3866-0.24291.5008-0.0665-0.098-0.16740.6426-0.0999-0.78220.30450.16640.11820.33740.0778-0.13530.2830.03650.408638.4097-61.138537.1992
97.346-0.96580.11922.26530.80283.7589-0.283-0.0717-0.36320.1907-0.2360.920.3486-0.82870.30390.2766-0.07030.09980.3939-0.1550.49636.8148-58.276828.7949
102.98790.54870.61456.4608-0.29191.4466-0.0230.00180.35160.73390.0576-0.8001-0.1969-0.127-0.15480.30550.1139-0.12320.4206-0.07110.343922.4712-15.13779.6216
113.77490.84310.5163.61720.2977.0012-0.154-0.3781-0.5831-0.16750.1170.25910.20310.01070.05320.1983-0.0156-0.01070.29590.09710.2788.6838-36.4268-1.9337
124.4380.39011.28281.60110.10432.71140.0343-0.0524-0.4215-0.07680.1874-0.34360.4020.2705-0.1610.26470.0403-0.06050.2096-0.01030.385819.7385-33.1668-3.0621
132.2741.72550.94163.38711.68523.2133-0.0963-0.0608-0.96650.01810.2522-0.03590.82390.704-0.13870.45010.1808-0.05420.3099-0.02630.533325.7052-43.4351-0.6633
141.04061.09350.12943.00482.06912.61370.4204-1.0712-0.42180.45130.0172-0.7275-0.1093-0.57130.51810.41740.1189-0.10960.46830.32060.25714.0511-33.085912.0173
153.58870.4329-2.02662.27930.52442.9880.2124-0.8744-1.97510.502-1.14750.25130.2955-1.0165-0.41560.4678-0.38240.04040.59840.44720.33210.2375-40.23864.1105
165.04820.00711.79153.6691-1.66761.8808-0.2037-0.7942-0.70020.3549-0.06240.94250.4661-1.21060.20850.2977-0.11560.03890.85290.02930.6231-15.2691-34.8093-3.3194
176.24560.09851.18692.8910.6331.935-0.1375-0.57770.8687-0.2082-0.15310.4562-0.3335-0.78480.25120.32560.037-0.10370.5392-0.1870.42-11.2989-21.7804-9.0983
181.5023-0.23670.10570.9365-0.67630.51680.1175-0.0440.83780.3567-0.16250.7462-0.0333-1.1082-0.06570.33250.1870.07080.9543-0.25140.7809-17.9384-15.9925-6.7895
198.45051.72782.36852.14650.97623.168-0.46540.53220.8776-0.5248-0.07040.7256-0.4218-0.17920.34050.31380.0638-0.08150.370.00980.3725-4.989-19.6098-11.8567
204.8544-1.5975-1.22891.8116-1.50613.11130.5565-0.20230.33990.65170.47640.5603-0.5302-0.41140.6973-0.03350.1535-0.02721.2971-0.62791.2432-27.8663-18.716-6.634
212.4012-1.45240.00656.1712-0.17480.4970.05450.335-0.2337-0.4987-0.2801-0.01350.0036-0.08170.1390.2435-0.04170.02760.2707-0.01110.232317.812-18.4737-9.1225
223.1406-0.6053-0.93021.78731.13492.38490.016-0.39880.28250.19720.1784-0.9472-0.19870.2052-0.08740.2566-0.0041-0.01080.3308-0.1240.719322.77822.8792.8783
232.1604-1.0302-0.28093.57521.06372.40.0745-0.03030.32730.09850.1687-1.0764-0.19820.2534-0.12610.2317-0.0084-0.02520.1904-0.04150.513521.46621.9088-0.2632
243.6967-0.26950.00894.2026-0.94878.15180.39340.61150.6991-0.02390.0069-0.3943-0.6191-0.1436-0.14480.37620.1121-0.0260.3881-0.04040.59519.575314.51773.4555
250.35180.945-0.90692.8799-1.37614.3582-0.4545-0.86561.04470.6120.61470.4065-0.4817-0.1582-0.32050.61270.27070.00670.5881-0.14570.5352-5.07389.05417.516
262.6575-0.9280.26063.0271-0.61552.9192-0.4266-0.9381-0.13190.66490.43210.09690.225-0.156-0.01690.53410.2006-0.00690.5562-0.07780.264-1.6349-4.309421.1573
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精密化 TLSグループ
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1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 48 through 76 )A48 - 76
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7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 404 through 421 )A404 - 421
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 48 through 262 )B48 - 262
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 263 through 421 )B263 - 421
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 48 through 76 )C48 - 76
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 77 through 103 )C77 - 103
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 104 through 176 )C104 - 176
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 177 through 205 )C177 - 205
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 206 through 224 )C206 - 224
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 225 through 257 )C225 - 257
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 258 through 281 )C258 - 281
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 282 through 341 )C282 - 341
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 342 through 367 )C342 - 367
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resid 368 through 403 )C368 - 403
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'C' and (resid 404 through 421 )C404 - 421
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'D' and (resid 48 through 76 )D48 - 76
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'D' and (resid 77 through 136 )D77 - 136
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'D' and (resid 137 through 238 )D137 - 238
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'D' and (resid 239 through 258 )D239 - 258
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'D' and (resid 259 through 281 )D259 - 281
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'D' and (resid 282 through 340 )D282 - 340
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'D' and (resid 341 through 421 )D341 - 421

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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