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- PDB-7cmc: CRYSTAL STRUCTURE OF DEOXYHYPUSINE SYNTHASE FROM PYROCOCCUS HORIKOSHII -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7cmc
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF DEOXYHYPUSINE SYNTHASE FROM PYROCOCCUS HORIKOSHII
要素Probable deoxyhypusine synthase
キーワードTRANSFERASE / deoxyhypusine synthase / IF5A / NAD+
機能・相同性Deoxyhypusine synthase, putative, archaeal / deoxyhypusine synthase / deoxyhypusine synthase activity / Deoxyhypusine synthase / Deoxyhypusine synthase superfamily / Deoxyhypusine synthase / DHS-like NAD/FAD-binding domain superfamily / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / Probable deoxyhypusine synthase
機能・相同性情報
生物種Pyrococcus horikoshii OT3 (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Yu, J. / Gai, Z.Q. / Okada, C. / Yao, M.
引用ジャーナル: Int J Mol Sci / 年: 2020
タイトル: Flexible NAD+Binding in Deoxyhypusine Synthase Reflects the Dynamic Hypusine Modification of Translation Factor IF5A.
著者: Chen, M. / Gai, Z. / Okada, C. / Ye, Y. / Yu, J. / Yao, M.
履歴
登録2020年7月27日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
置き換え2020年9月2日ID: 4P63
改定 1.02020年9月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年9月9日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable deoxyhypusine synthase
B: Probable deoxyhypusine synthase
C: Probable deoxyhypusine synthase
D: Probable deoxyhypusine synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)157,5796
ポリマ－156,2524
非ポリマー1,3272
水7,350408
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area20920 Å2
ΔGint-152 kcal/mol
Surface area42060 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)87.280, 89.906, 164.829
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質
Probable deoxyhypusine synthase / DHS


分子量: 39063.066 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pyrococcus horikoshii OT3 (古細菌)
株: OT3 / 遺伝子: dys, PH1397 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O50105, deoxyhypusine synthase
#2: 化合物 ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: NAD*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 408 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.56 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.8
詳細: 100 mM Phosphate-citrate pH4.8, 32% ethanol, 5% PEG 1000
PH範囲: 4.2-4.8

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2012年7月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 66513 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.4 % / Biso Wilson estimate: 29.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 29.1
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / Rmerge(I) obs: 0.479 / Num. unique obs: 6550

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18_3855精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1DHS

1dhs


解像度: 2.2→35.44 Å / SU ML: 0.2171 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.8688
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2299 3322 4.99 %
Rwork0.1752 63191 -
obs0.1779 66513 99.97 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 35.75 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→35.44 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9817 0 88 408 10313
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.006610126
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.931513690
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0641502
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051713
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.75633816
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2-2.230.24961460.19792593X-RAY DIFFRACTION99.89
2.23-2.260.27861480.22561X-RAY DIFFRACTION100
2.26-2.30.29971460.20332623X-RAY DIFFRACTION100
2.3-2.340.25021380.2022563X-RAY DIFFRACTION99.96
2.34-2.380.33741480.20312605X-RAY DIFFRACTION99.96
2.38-2.420.31471440.19892602X-RAY DIFFRACTION99.96
2.42-2.470.23361280.18792590X-RAY DIFFRACTION99.96
2.47-2.520.25891410.18672622X-RAY DIFFRACTION100
2.52-2.570.25931310.18082612X-RAY DIFFRACTION100
2.57-2.630.21181500.17522584X-RAY DIFFRACTION100
2.63-2.70.22131320.16642621X-RAY DIFFRACTION99.96
2.7-2.770.20631170.16262639X-RAY DIFFRACTION99.93
2.77-2.850.23761430.16212607X-RAY DIFFRACTION100
2.85-2.950.19661150.16422645X-RAY DIFFRACTION100
2.95-3.050.21511420.16382616X-RAY DIFFRACTION100
3.05-3.170.24281180.17722642X-RAY DIFFRACTION100
3.17-3.320.24981350.18122638X-RAY DIFFRACTION100
3.32-3.490.22261410.17162655X-RAY DIFFRACTION99.96
3.49-3.710.20671430.16892626X-RAY DIFFRACTION100
3.71-40.24511420.16562662X-RAY DIFFRACTION100
4-4.40.18691130.15172687X-RAY DIFFRACTION100
4.4-5.030.21021500.15272676X-RAY DIFFRACTION99.93
5.03-6.330.20811600.19072698X-RAY DIFFRACTION100
6.33-35.440.23161510.19492824X-RAY DIFFRACTION99.66

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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