PDB-7cm9: DMSP lyase DddX

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7cm9

タイトル

DMSP lyase DddX

要素

DMSP lyase

キーワード

LYASE / ATP-dependent DMSP lyase

機能・相同性

ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE

機能・相同性情報

生物種

Psychrobacter sp. (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.249 Å

データ登録者

Li, C.Y. / Zhang, Y.Z.

引用

ジャーナル: Elife / 年: 2021
タイトル: A novel ATP dependent dimethylsulfoniopropionate lyase in bacteria that releases dimethyl sulfide and acryloyl-CoA.
著者: Li, C.Y. / Wang, X.J. / Chen, X.L. / Sheng, Q. / Zhang, S. / Wang, P. / Quareshy, M. / Rihtman, B. / Shao, X. / Gao, C. / Li, F. / Li, S. / Zhang, W. / Zhang, X.H. / Yang, G.P. / Todd, J.D. / ...

履歴

登録	2020年7月25日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2021年5月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月27日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7cm9.cif.gz	556.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7cm9.ent.gz	452.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7cm9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7cm9_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7cm9_full_validation.pdf.gz	1.8 MB	表示
XML形式データ	7cm9_validation.xml.gz	111.2 KB	表示
CIF形式データ	7cm9_validation.cif.gz	156.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cm/7cm9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cm/7cm9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	7cm9-2 4xz3-d 1ejr-1 1fwj-1 1ef2-1 6kzb-2 1a5o-1 6kzb-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: DMSP lyase

B: DMSP lyase

C: DMSP lyase

D: DMSP lyase

ヘテロ分子

329 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: DMSP lyase

B: DMSP lyase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
165 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: DMSP lyase

D: DMSP lyase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
165 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	143.565, 88.798, 273.263
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 99.940, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	DMSP lyase 分子量: 81695.641 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Psychrobacter sp. (バクテリア) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#2: 化合物	ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP 分子量: 507.181 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₃P₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1126 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.63 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.14 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.1 M lithium sulfate monohydrate, 0.1 M sodium citrate tribasic dihydrate (pH 5.5) and 20% (wt/vol) polyethylene glycol (PEG) 1000

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.979 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月5日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.979 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.249→50 Å / Num. obs: 156349 / % possible obs: 97.3 % / 冗長度: 3.2 % / R_merge(I) obs: 0.083 / R_pim(I) all: 0.054 / R_rim(I) all: 0.099 / Χ²: 0.709 / Net I/σ(I): 4.8

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.25-2.29	3.3	0.415	7721	0.816	0.261	0.491	0.449	95.9
2.29-2.33	3.3	0.382	7639	0.839	0.241	0.453	0.449	96
2.33-2.38	3.3	0.345	7661	0.855	0.219	0.409	0.461	96.4
2.38-2.42	3.2	0.302	7715	0.884	0.193	0.359	0.465	96
2.42-2.48	3.2	0.269	7705	0.906	0.174	0.322	0.496	95.7
2.48-2.53	3	0.237	7576	0.912	0.159	0.286	0.495	95.6
2.53-2.6	3.1	0.212	7680	0.934	0.14	0.255	0.507	96.2
2.6-2.67	3.2	0.185	7702	0.949	0.119	0.22	0.519	96.4
2.67-2.75	3.3	0.168	7761	0.962	0.106	0.199	0.536	96.6
2.75-2.83	3.3	0.149	7726	0.966	0.094	0.176	0.554	96.7
2.83-2.94	3.2	0.126	7750	0.974	0.081	0.15	0.598	96.7
2.94-3.05	3.1	0.107	7776	0.979	0.07	0.128	0.634	96.8
3.05-3.19	3	0.093	7754	0.982	0.063	0.113	0.744	96.8
3.19-3.36	3.3	0.084	7861	0.986	0.054	0.1	0.788	97.8
3.36-3.57	3.3	0.075	7896	0.988	0.048	0.089	0.887	98.5
3.57-3.85	3.3	0.067	7996	0.99	0.043	0.08	0.955	98.9
3.85-4.23	3.1	0.063	8049	0.99	0.042	0.076	1.035	99.5
4.23-4.85	3.4	0.061	8026	0.992	0.038	0.072	1.146	99.9
4.85-6.1	3.3	0.062	8138	0.99	0.04	0.074	1.015	100
6.1-50	3.3	0.06	8217	0.992	0.039	0.072	1.28	99.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.6.4_486	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.249→30.676 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 23.71 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2297	7559	5.02 %
R_work	0.1842	142883	-
obs	0.1865	150442	93.55 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 29.979 Å² / k_sol: 0.323 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 105.28 Å² / B_iso mean: 42.37 Å² / B_iso min: 14.56 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.017 Å²	0 Å²	-1.8226 Å²
2-	-	-3.6405 Å²	-0 Å²
3-	-	-	3.6235 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.249→30.676 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	21243	0	144	1126	22513
B_iso mean	-	-	49.35	39.16	-
残基数	-	-	-	-	2771

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	21771
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.1	29557
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.072	3435
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	3779
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.259	8131

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
2.2494-2.275	0.2783	240	0.2219	4260	83
2.275-2.3017	0.2718	208	0.2217	4312	87
2.3017-2.3298	0.2784	220	0.2265	4430	86
2.3298-2.3593	0.2904	230	0.2248	4429	87
2.3593-2.3903	0.3034	254	0.2262	4455	89
2.3903-2.423	0.2835	238	0.2187	4507	89
2.423-2.4576	0.2811	218	0.2219	4502	89
2.4576-2.4943	0.2849	269	0.2342	4514	89
2.4943-2.5333	0.3038	217	0.2263	4569	90
2.5333-2.5748	0.2663	243	0.2247	4620	91
2.5748-2.6192	0.3025	231	0.231	4631	91
2.6192-2.6668	0.2962	243	0.2175	4687	93
2.6668-2.718	0.2688	255	0.2239	4762	93
2.718-2.7735	0.2922	256	0.213	4658	93
2.7735-2.8337	0.2624	229	0.218	4807	95
2.8337-2.8996	0.2647	262	0.2084	4777	94
2.8996-2.972	0.2431	256	0.2067	4792	94
2.972-3.0523	0.2629	256	0.2062	4832	95
3.0523-3.1421	0.2524	264	0.2042	4858	95
3.1421-3.2434	0.2366	276	0.2114	4878	96
3.2434-3.3592	0.2465	268	0.1987	4885	97
3.3592-3.4935	0.2338	240	0.1903	5001	98
3.4935-3.6522	0.2208	214	0.1801	5093	99
3.6522-3.8444	0.2015	278	0.1701	5008	98
3.8444-4.0848	0.2031	307	0.1583	4999	99
4.0848-4.3993	0.1802	298	0.1442	5083	100
4.3993-4.8405	0.1869	278	0.1393	5077	100
4.8405-5.5374	0.1936	268	0.1615	5178	100
5.5374-6.963	0.2461	277	0.1846	5147	100
6.963-30.676	0.174	266	0.1419	5132	97

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)