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- PDB-7cju: Crystal structure of inactive form of chitosanase crystallized by... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7cju
タイトルCrystal structure of inactive form of chitosanase crystallized by ammonium sulfate
要素Glucanase
キーワードHYDROLASE / enzyme
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素; 糖加水分解酵素; 配糖体結合加水分解酵素または糖加水分解酵素 / polysaccharide catabolic process / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds
類似検索 - 分子機能
Glycoside hydrolase, family 8, conserved site / Glycosyl hydrolases family 8 signature. / Glycoside hydrolase, family 8 / Glycosyl hydrolases family 8 / Six-hairpin glycosidase-like superfamily / Six-hairpin glycosidase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Bacillus sp. K17-2 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.74 Å
データ登録者Guo, Y. / Qu, L. / Nishida, N. / Hoshino, T.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)18K07138 日本
引用ジャーナル: Cryst.Growth Des. / 年: 2021
タイトル: Electrostatic Potentials around the Proteins Preferably Crystallized by Ammonium Sulfate
著者: Guo, Y. / Qu, L. / Nishida, N. / Hoshino, T.
履歴
登録2020年7月14日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年7月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年2月10日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glucanase
B: Glucanase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,1892
ポリマ－89,1892
非ポリマー00
水17,402966
1
A: Glucanase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,5951
ポリマ－44,5951
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Glucanase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,5951
ポリマ－44,5951
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)56.949, 92.130, 168.043
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Glucanase / chitosanase


分子量: 44594.703 Da / 分子数: 2 / 変異: S411R,K437T / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus sp. K17-2 (バクテリア) / プラスミド: pET50b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta(DE3)pLys
参照: UniProt: S3JG56, 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; 配糖体結合加水分解酵素または糖加水分解酵素
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 966 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細Sequence reference which is derived from Bacillus sp. K17-2 is not available at UNIPROT at the time ...Sequence reference which is derived from Bacillus sp. K17-2 is not available at UNIPROT at the time of data annotation. The sequence reference used (S3JG56) is from a different strain Bacillus cereus BAG1O-3.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.06 % / Mosaicity: 0.14 °
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: 0.1M Sodium Citrate, 3.4M Ammonium Sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月22日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.739→48.441 Å / Num. obs: 90669 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 7.6 % / Biso Wilson estimate: 19.9 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.158 / Rpim(I) all: 0.061 / Rrim(I) all: 0.17 / Net I/σ(I): 8.1
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.74-1.777.81.3923271242130.5840.5241.4891.693.9
9.52-48.446.30.04241916610.9950.0180.04619.599.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13精密化
XDSデータ削減
Aimless0.1.27データスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdbid 1V5C

1v5c


解像度: 1.74→48.44 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 17.73 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1903 4527 5 %
Rwork0.1554 86000 -
obs0.1572 90527 98.69 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 85.77 Å2 / Biso mean: 21.6695 Å2 / Biso min: 6.97 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.74→48.44 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6188 0 0 966 7154
Biso mean---33.37 -
残基数----776
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.74-1.75830.30961380.2745263393
1.7583-1.7790.28251470.249279096
1.779-1.80070.29551480.2376279899
1.8007-1.82350.26431470.2343280298
1.8235-1.84750.26981500.2149283998
1.8475-1.87280.24691490.2168284399
1.8728-1.89950.25981470.2023279397
1.8995-1.92790.24491500.20442851100
1.9279-1.9580.2211480.1841279998
1.958-1.99010.23971490.1754284099
1.9901-2.02440.23331490.166283698
2.0244-2.06130.21251510.1639285899
2.0613-2.10090.20831490.1585283599
2.1009-2.14380.21531510.1503286199
2.1438-2.19040.18671490.1432284898
2.1904-2.24130.17611500.13752850100
2.2413-2.29740.2041510.1448285998
2.2974-2.35950.16191520.14242881100
2.3595-2.42890.20171490.1432284899
2.4289-2.50730.16721520.1412288699
2.5073-2.59690.20411520.149288999
2.5969-2.70090.18441530.15662906100
2.7009-2.82380.20221520.1678288499
2.8238-2.97270.20871520.1646289499
2.9727-3.15890.18491540.1697292299
3.1589-3.40270.16941540.14692911100
3.4027-3.74510.14811550.12832945100
3.7451-4.28670.14391550.1152957100
4.2867-5.39970.15971590.12313013100
5.3997-48.440.1811650.1669312999

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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